一時之間全國的十三個州充滿了黃巾軍，到處都是叛亂和死屍。在這種情況之下，漢靈帝做的第一件事情就是釋放“奸黨”，為什麼呢？他害怕奸黨和黃巾軍聯合起來對抗朝廷，那樣他就真的完了。
做完了這件事情之後，他開始布置兵力討伐黃巾黨。東漢政府雖然亂七八糟，但是因為常年的羌戰和匈奴戰，所以兵力不弱，尤其是西涼軍閥，很有戰鬥力，他們可是在血海刀鋒之中成長起來的。
漢靈帝把大軍分成三路，分別由三名大將統領，北路是北中郎將盧植、西路是左中郎將黃埔嵩、潁川南路是右中郎將朱儁！
黃埔嵩是三支隊伍中的靈魂人物，堪稱一代名將，很有韜略，太西線很快就取得了突破性的進展，和當時的騎都尉曹操一起打破了黃巾軍數萬人馬！盧植也接連打了勝仗，隻有朱儁不是很順利。
後來盧植轉戰廣宗，在這裏和張角決戰，盧植所帶領的全部都是精兵強將。而張角手下則全都是一些沒經過訓練的狂熱信徒，而且沒有高明的將領指揮，很快盧植就把張角團團包圍。
正在這個時候，盧植因為拒絕賄賂宦官大爺，被控貽誤戰機，皇上用囚車把他接了回去，換了一個人來指揮。
此人便是董卓！
董卓耍無賴還可以，打硬仗根本不行，屢戰屢敗。這時候黃埔嵩趕到了，張角正好病死，於是雙方決戰，張角的弟弟張梁十萬大軍被一舉摧毀，黃埔嵩在曲陽城下，斬殺張寶，虜獲十萬人，至此張角兄弟已經全部戰死，這場規模浩大的起義徐徐落幕。
後來黃巾軍餘黨擁護趙弘為元帥，再次進行了一場較量，但是被朱儁打敗。在此次圍攻宛城的戰役之中，有一員將領勇冠三軍，所向披靡，身先士卒奮勇登城，首先拿下了宛城，這個人，就是後來三國時代吳國的奠基人——孫堅。
至此，強大的黃巾軍基本上被全部撲滅，但是他們總有一種活力，野火燒不盡春風吹又生。就在三國時代，黃巾軍還在不停反抗，但是都沒有能夠造成太大的影響，反而被各路軍閥利用。
東漢帝國到了此刻，好似東周後期一樣，開始軍閥割據，董卓跳出來了。而曹操、孫堅這樣的年輕人，也有了展示才華的舞台，以後的天下是他們的天下，他們將分別創造魏國和吳國，劉備也將在不久之後脫穎而出。
三國是個精彩的時代，不過在三國真正開始之前，宦官和外戚還有一次最後的較量，最終同歸於盡。黃巾軍之後，雙方進入了鬥爭的白熱化時期，袁紹要用他愚蠢的計策毀滅東漢的最後一絲希望！