但她還是倔強的稱自己為國王的合法的女兒，而不是什麼私生女。這使得亨利八世十分憤怒。他取消了女兒所有可能的親事，並對她限製行動自由，因此瑪麗頻繁的生病，連禦醫也“虐待”她。瑪麗和亨利八世的關係日益惡化，他們三年不曾說話。盡管瑪麗和她的母親都在病中，但她仍然不能去見自己的母親。1536年凱瑟琳病故之後，瑪麗極為傷心，凱瑟琳被安葬在彼得伯勒大教堂，瑪麗隨後也在赫特福郡開始半隱居的生活。
1536年，瑪麗的後媽安妮博林，最後因為亨利八世的厭倦與沒有為亨利八世產下男性繼承人被以通奸罪處死。於是又有了新的後媽，伊麗莎白公主也淪為成了後宮的保姆。伺候她弟弟愛德華六世。皇後簡西摩渴望國王能與瑪麗和解，亨利堅持要求瑪麗承認他是英格蘭教會的首領，並且斷絕與教皇的聯係，還要承認亨利與凱瑟琳的婚姻無效，還得接受自己是私生女的事實。瑪麗在經曆一番掙紮之後，最終不情願的簽下協議答應亨利的所有要求。協議簽署之後，瑪麗得以繼續了他在宮廷的生活。之後北部英格蘭發生叛亂，叛亂分子包括領主赫西（瑪麗的前任管家）他們起義反對亨利八世的宗教改革，他們的要求之一就是恢複瑪麗的公主身份。他們的叛亂史稱“優雅朝聖之旅”（Pilgrimageof Grace），並被冷酷的鎮壓了，領主赫西最終被處決。
1537年皇後簡在生下愛德華之後死去，瑪麗成為愛德華的教母，並且成為皇後的主送葬人。亨利允許瑪麗擁有一些仆從，包括她最信賴的貼身女仆蘇珊，她還被允許住在皇宮。這期間她花了不少錢在好衣服和賭博上麵，她還收到來自巴伐利亞公爵菲利普的橄欖枝，不過由於公爵信仰的是路德教，因此求愛沒有成功。
1539年，首相托馬斯克倫威爾與克裏夫斯公國磋商聯盟，因而建議瑪麗嫁給同齡的克裏夫斯公爵，不過失敗了。最後讓亨利八世娶了克裏夫斯公爵的姐姐安妮。當亨利八世在1539年底第一次看到克裏夫斯的安妮的時候，他很失望，但是出於外交原因和他找不到合適的借口因此不能取消婚姻。克倫威爾因此失寵，並於1540年6月被控叛國。針對他眾多指控之一是他密謀自己去娶瑪麗。克裏夫斯的安妮因為沒有圓房同意取消婚約，克倫威爾被斬首。
1541年亨利處決了瑪麗的教母兼老師，瑪格麗特波爾索爾茲伯裏八世伯爵夫人，因為她私通天主教會，並且牽連她的兒子雷金娜德波爾。她的劊子手是個惡劣的，浮躁的人，他將伯爵夫人的頭和肩膀砍成碎片。1542年，在處決了亨利八世第五個老婆（凱特琳霍華德）之後，在亨利沒有老婆的這段時間裏，瑪麗成了皇宮的女主人。1543年亨利娶了凱特琳帕，她讓這個家族關係更加和睦。亨利通過1543年王位繼承法案，讓瑪麗和伊麗莎白重新獲得了王位繼承權，不過這兩人在法律上還是私生女
1547年亨利八世死後，愛德華繼位為愛德華六世。瑪麗繼承了諾福克，薩福克，埃塞克斯的莊園。由於愛德華六世年紀尚小，因此由新教徒組成的攝政把持朝綱，他們試圖將自己的信仰灌輸全國。例如1549年信仰統一法案規定教會使用新教儀式，使用托馬斯克蘭麥寫的新祈禱書。不過瑪麗依然信仰天主教，她尋求他表兄查理五世的庇護，讓她得以在自己的小教堂裏信奉自己的宗教。
在愛德華六世一朝中，瑪麗大多數時間都在自己的莊園，鮮少現身宮廷。1550年5月到7月間，瑪麗計劃出逃到歐洲大陸尋求庇護，不過這一計劃流產了。1550年的聖誕，30幾歲的瑪麗與愛德華，伊麗莎白重聚在一起，此時13歲的愛德華指責瑪麗罔顧國王關於信仰的法律，讓她很尷尬。瑪麗一再拒絕愛德華六世讓她放棄天主教信仰的要求，而愛德華六世始終堅持。在1551年9月逮捕了三個瑪麗的家人之後，帝國公使Jean Scheyfve介入此事，不過愛德華六世拒絕了公使的插手。