這樣吵吵鬧鬧約一年後，雙方在1964年1月24日協議離婚，陶希聖當證人，贍養費為徐賢樂主張的50萬元，農複會房舍、股票均需交還，但徐賢樂已經提走的二十多萬現金則不予計較。盡管已身無長物，由於蔣夢麟隻求簽字止訟，還是由友人代簽支票償還贍養費，前後總計花費77萬元（1960年台灣平均每人國民所得僅新台幣5666元，有存款百萬即被興譽為富翁），終於結束兩年六個月的夫妻關係。
蔣夢麟對記者說：“（從結婚）到現在一年多，我失望了，我受到人生所不能忍的痛苦；家是我痛苦的深淵，我深深地後悔沒有接受故友胡適之先生的忠告，才犯下錯誤。我愧對故友，也應該有向故友認錯的勇氣，更要拿出勇氣來糾正錯誤。”同時，蔣夢麟竟不怕難堪，把胡適1961年6月18日寫給他的那封長信公開發表。
麵對沸沸揚揚的社會輿論，蔣夢麟十分坦然：“這是我個人的私事，我發現錯誤便應該改正，所謂‘人作孽，不可赦’，我願麵對事實，接受不幸的後果。”解除婚約後，蔣夢麟又精神煥發，專心投入到石門水庫的建設中去。
蔡元培一生有過三次婚姻。蔡元培的第一次婚姻，完全是奉父母之命媒妁之言的舊式婚姻。他的第一位夫人王昭是由母親為他選擇，蔡元培在婚禮之前甚至從來沒有和王昭見過麵。
1889年，蔡元培迎娶了王昭。王昭有潔癖，而且花錢極節省。蔡元培卻生性豪放、不拘小節。他更有大男子主義，常常要求王昭在所有事情上對他無條件服從。兩人婚後經常發生口角。在最初的幾年裏，蔡元培似乎難以接受自己的妻子，就更別提愛她了，婚姻的契約隻讓他義務性地待在妻子身邊，當一個所謂的丈夫。就這樣一晃過了7個年頭，直到王昭為他陸續生下了兩個兒子，他們才慢慢找到了夫妻生活的感覺。王昭是舊社會的婦女，在蔡元培麵前，總要謙虛地稱他為“老爺”。為此，參與百日維新的蔡元培還嗔怪她：“你以後可不要再叫什麼‘老爺’，也不要再稱什麼‘奴家’了，聽了多別扭呀？”而王昭總是溫順地說：“唉，奴家都叫慣了，總是改不過來呢。”1900年，接受了西方新思想的蔡元培開始重新思考女權的定義，他寫出了《夫妻公約》，重新調整與妻子王昭的關係。這對結婚十多年的夫妻逐步互相理解、修複感情的裂痕。蔡元培與王昭維持了一段幸福的婚姻，蔡元培還告訴好友：“伉儷之愛，視新婚有加焉。”
1894年11月13日，長子阿根出生。在王昭夫人坐月子期間，蔡元培留在紹興家中悉心照顧。滿月後，蔡元培返京。三個月後，王昭夫人攜子來京。初到北京，對天寒地凍的北方氣候一時“水土”不服，阿根體弱也時有不適。好在蔡元培早為夫人和兒子雇到一位善解人意的女仆承擔家務，蔡元培有時亦在工餘時間陪阿根到醫院就診。1898年3月30日，次子無忌在北京繩匠胡同出生，家裏更熱鬧了。
甲午戰爭後，蔡元培目睹清政府腐敗無能，加上康有為、梁啟超變法失敗，遂毅然棄職攜眷返回紹興，走“教育救國”之路。然而，不知何故，王昭夫人回鄉半年多來經常低燒不退，每日午飯後便喜睡，口渴，飲水後即嘔吐。一天，蔡元培正在浙江嘉興商辦會館、義塾時，得到王昭夫人病重的口信，匆忙趕回紹興，亟亟延醫診治。煎了藥，王昭夫人僅能喝兩三口藥湯而已，多喝便嘔吐，仍整天嗜睡。1900年6月5日，蔡元培派三弟去請醫生，他自己在房門外不時看看王昭夫人是否醒來。傍晚時分，醫生尚未請來，蔡元培叫無忌的奶媽進房間去問問王夫人喝不喝開水。奶媽進房後，呼之未應，伸手至鼻已無氣息，驚呼：“不好了！不好了！”蔡元培急忙來到床邊，撫脈，脈微動。醫生趕到時，脈亦停止，已無回天之術。
王昭夫人病逝，年僅35歲。蔡元培忍著悲痛，為王昭夫人寫了祭文與挽聯，沉痛悼念，稱頌她有“超俗之識與勁直之氣”，讚揚她淡於名利，曆盡妻子、母親之責，不以丈夫中進士、點翰林為喜，不為丈夫辭官回鄉而怨。王昭夫人生前曾問：“人死後之幽靈當居何處？”蔡元培在挽聯中寫道：“有子二人，真靈魂所宅耳。”