而東晉王朝中的地主階級，也希望從這些農民中吸收一些勞動力，來為自己的莊園經濟服務，失去土地的北方農民，更希望借助世家大族的幫助，得到一些土地來維持生存。在此情況下，經過司馬睿和王導等人的協調，世家大族出讓一部分土地給北方農民，從中收取租稅，北方農民也有一部分投入士族莊園，成為佃農。在政府的倡導之下，北方農民以其先進的生產技術，在南方刀耕火種的舊法基礎上，采用糞肥與鐵犁相結合的新技術，廣修水利、開墾水田、培植桑苗、大興絲織，為東晉社會創造了大量的物資財富，使江南地區在農業發展上邁出了一大步，往日凋敝的景象也一掃而空，取而代之的是“地廣野豐，民勤本業，一歲或稔，數郡忘饑”的豐收局麵，也為中國經濟重心的南移奠定了基礎。
在政治方麵，東晉在南方建立政權後，因為晉室初建，對南方望族如顧榮、紀瞻、賀循等人禮遇有加，跟隨司馬睿南渡的北方望族如王、謝、庾、桓之流也仍然被司馬睿所倚重。王導雖然推辭了與皇帝共坐天下，但司馬睿的舉動對東晉群臣無疑是一次巨大的震動。從此，王導在東晉朝中便擁有極其特殊的地位，不僅位至首輔，掌握中央行政大權，他的兄弟王敦也手握重兵，鎮守荊州要地，整個王氏家族，都在東晉政權中擔任要職。當時，人們習慣將司馬家族簡稱為“馬氏”，把王氏家族稱為“王氏”，王家與司馬氏幾乎達到了同執權柄的地步，於是民間就流傳有“王與馬，共天下”的說法。
司馬睿本人向來缺少才智，因此胸無大誌，他隻想偏安一方，將自己的富貴帝王生活長時間地進行下去，而自比管仲的王導，實際上也並非有成就霸業的願望，而是隻想建立一個以王氏家族為主導的地方性小朝廷。因此，他們的目光隻著重於東晉朝廷內部的權力鬥爭，此外則是沉湎於酒食。對於進行北伐，光複舊土收複失地完全不感興趣，這些大族不僅不做北伐的準備，相反他們還反對北伐，對於主張北伐的人橫加排斥。
在東晉朝中有一位名叫周嵩的官員曾經上書晉元帝要求整頓軍隊，修整武備，收複北方失地，結果被晉元帝下旨駁斥，險些喪命。士族官僚熊遠也上書表示相同的看法，結果被外放為地方官員。在這些人中，最著名的要數祖逖，他從小苦練武藝，常常聞雞鳴起床，“聞雞起舞”也因此成為千古佳話。
祖逖堅決主張北伐，但司馬睿卻擔心他在北伐中會耗費東晉的國力，從而影響自己富足的帝王生活，因此他隻給祖逖千人，讓他自募兵員，自造武器。在祖逖屢次擊敗石勒軍隊，收複黃河以南大片失地後，元帝又派戴淵為征西將軍接替祖逖，致使已經收複的失地又盡數丟掉。而此時朝中權貴王敦又開始與晉元帝公開對抗，內亂一觸即發。在這樣的情況下，祖逖感到恢複山河無望，遂憂憤而死。
在北伐軍事陷入暗淡之時，南渡士族內部終於爆發了尖銳的矛盾，在322年爆發王敦之亂。這一事件是東晉曆史上第一次的內亂，也從此將王氏家族專權的局麵加以改觀，以至於有後來的庾氏家族登上東晉政治舞台。
庾氏專權亂晉政
王敦是王導的堂兄弟，此人性情堅忍。在西晉時曾與其兄王導一起去巨富石崇家赴宴，王導不善飲酒，因怕勸酒的美女被殺，隻好連飲數杯，當場醉倒；而王敦雖然酒量過人，但美女勸酒時，卻執意不喝，接連三位美女被石崇殺掉，王敦卻麵不改色。當王導指責他殘忍時，王敦回答說：“他殺他家人，關你何事？”
在司馬睿登基稱帝後，王敦憑借兄長的威望，官至大將軍，負責荊州防務，手握重兵。司馬睿晚年擔心王氏權勢過重，威脅自己的統治基礎，便有意削弱王氏家族勢力，重用北方大族劉隗、刁協等人，暗中部署軍事，希望牽製王氏的勢力，王導也因此被疏遠。王敦因此大為不滿，上書元帝指責他的行為。
在祖逖死後，王敦更加無所忌憚。永昌元年，即公元322年，王敦借清君側為名，在武昌舉兵起事，上表討伐劉隗。由於建康城防務空虛，王敦的大軍輕而易舉地進入城內，兵臨皇城，縱兵搶劫。
在皇宮大殿中，司馬睿脫下盔甲，改換朝服，無奈地感歎道：“王敦想要我的天下，隻需要上表奏明即可，何必如此擾亂百姓呢？”過了幾月，司馬睿便在憂憤中死去，太子司馬紹即位，年號太寧，是為晉明帝。
司馬紹自幼聰慧機智，富有謀略。太寧三年七月，明帝趁王敦病重先發製人，他命人發布消息，假稱王敦已死，下詔曆數王敦種種罪行，發兵對其進行征討。不久，王敦便在恐慌中死去，餘黨也被剿滅，內亂得以平息。
明帝在平息王敦之亂後，愈發戒備王氏家族，他通過親近庾氏家族來起到壓製王氏的目的。在太寧三年，晉明帝忽然暴病身亡，他年僅5歲的兒子司馬衍即位稱帝，是為晉成帝。
成帝即位之初，由於年幼不能理事，因此明帝遺詔中明令王導與中書令庾亮、領軍將軍卞過壼共同輔政。不久，皇太後庾氏臨朝稱製，重用其兄庾亮，兄妹二人共掌朝綱，排斥王導。王導審時度勢，及時隱退以避殺身之禍。從此朝中政事全由庾氏裁決，東晉的政治格局因此發生了重大變化。
與王導的行政風格相比，庾氏家族行事嚴峻，恃權放肆，用法不避苛律，在朝中排除異己，元帝明帝時期的許多重臣都遭到其殘酷迫害。南頓王司馬宗為近支王室，因為不滿庾氏專權，與庾亮發生齟齬後被其殺掉。此人滿頭白發，為人厚重溫和，因此深得小皇帝司馬衍喜歡，尊稱其為白頭翁。在他被殺掉之後，司馬衍許久不見司馬宗上朝，便問庾亮：“怎麼許久不見白頭翁上朝？”庾亮說：“此人有意謀反，我把他殺了。”司馬衍悲傷地流著淚說：“舅舅說誰反，誰就被殺，如果有人說你謀反，又當如何處置呢？”
庾亮自忖有太後為其後盾，且手中握有重兵，非但不收斂行為，反而變本加厲，加緊黨同伐異。曆陽太守蘇峻，因為討伐王敦有功，威望甚高，加以手中握有兵權，對庾氏家族專擅朝政很是不滿。因此庾亮視其為眼中釘，以大司農之位召其入朝，希冀以此奪其兵權。
蘇峻在得知這個消息後，決定擁兵自守，抗詔不從，並於公元327年先發製人，攻進建康，討伐庾亮。在控製了京城後，庾亮僥幸逃脫。但蘇峻之亂也很快被平定。
在這次變亂之後，東晉王室再次遭受重大打擊。由於蘇峻放任兵士搶劫、放火燒屋，京都建康幾乎化為焦土，民生凋敝，怨氣連天，無法自處的庾亮為了平民憤，隻好自請外調以逃生。公元329年，庾亮以豫州刺史銜出鎮蕪湖，朝中大權遂複歸王導之手。
盡管庾氏家族放棄了朝中的權柄，卻並不意味著他將從東晉的政治舞台上消失。庾亮在外期間致力北伐，名為收複舊土，實則在於取得軍政大權，企圖建立屬於庾氏家族的霸業。
庾亮與其兄弟庾翼勢力日豐，在兩人相繼死去之後，朝廷決定徹底清除這一族的勢力，於是調派譙郡的桓溫前去平亂，然而這種驅虎趕狼的策略，必然會產生更惡劣的影響。桓溫在去除了庾氏勢力之後，勢力急劇擴大，野心也昭然若揭。
桓溫夢碎皇帝路
東晉在立國幾十年之後，連遭幾次變亂，元氣大傷。自成帝之後，在四十年中連續傳位五任皇帝，皆短命而亡。在晉廢帝即位後，朝中有會稽王司馬昱處理內務，外有大司馬桓溫統帥軍隊，這個廢帝人如其名地成為了一個有皇位而無皇權的傀儡皇帝。
桓溫是晉明帝的女婿，在他驅逐了庾氏勢力之後，威名日盛，野心勃勃，他所統轄的八州地域，所有的人力物資都不服從朝廷的調配，以國中有國的形態，儼然成為獨立於東晉政權中的小王國。他曾經恨恨地說過：“雖不能流芳百世，亦當遺臭萬年。”
因此，他為了讓自己的謀反行為更加方便，便力主北伐。當他得知中原大亂，便給朝廷上了一個表章，要求抓住戰機，出兵北伐，以圖收複中原。在永和十年，即公元354年，朝廷以桓溫為征討大都督，統帥水陸大軍4萬，從江陵北上，大舉北伐。
桓溫統帥北伐大軍，一路勢如破竹，連克上洛、青泥，一直打到霸上，並在此駐軍休整。在得知晉軍到來的消息後，地方百姓長吏都陸續到軍中請降，但是唯獨不見地方上的豪強士族。正當桓溫為此疑慮之時，有一破衣書生前來拜見。
這個書生名叫王猛，自幼聰明好學，但卻風流倜儻，不修邊幅，所以世人皆輕視他。他這次聽說桓溫有備而來，便特意來求見，希望能夠得到賞識，建功立業。
王猛在明確分析了天下形勢之後，為桓溫指出了戰略目標，在座的人都對他深表佩服。然而他一邊說話，一邊把手伸到衣服裏抓來抓去，原來他在抓身上的虱子。盡管旁人對此暗暗譏笑，但王猛卻旁若無人，說得十分起勁。桓溫發現王猛雖然傲慢無禮，但卻滿腹才華，因此對此人十分佩服。他問王猛，為何豪強士族都不前來歸附。王猛回答道：“將軍不遠千裏，士族不知將軍究竟是計劃一舉收複失地，重建大晉，還是為圖私利，半途而廢。因此不敢前來。”這句話說到了桓溫的心裏，於是他當即任命王猛為軍谘祭酒。