然而王猛經過一段時間的相處後發現，桓溫隻圖在朝中樹立自己的威望，並無意收複中原，終究不能成就大事，因此不辭而別，投奔到大秦天王苻堅的門下。在得到王猛的幫助後，苻堅興教辦學，致力國家政務，秦國很快強盛。
而東晉方麵，晉穆帝察覺到桓溫的謀反之心，故對其北伐不加支持，甚至於竭力阻撓，他任用殷浩為政，專與桓溫為對，使得桓溫三次北伐都以失敗告終。
在哀帝時期，桓溫因為遷都一事與皇帝和群臣發生爭執，遂決定發動政變。公元371年，桓溫將哀帝廢掉，另立司馬昱為帝，是為簡文帝。
桓溫本意是想要簡文帝禪位於己，然而簡文帝因為被桓溫壓製，心鬱成疾，隻當了8個月的皇帝就撒手而去。在彌留之際，他立司馬曜為太子，史稱孝武帝。桓溫的皇帝夢就此破滅，此後不久，他便病死於家中。在此之後，東晉政壇升起一簇新星，即是以謝安為代表的謝氏家族。
淝水之戰敗前秦
謝安在執政之後，采取“鎮以和靖，禦以長算”的寬仁策略，在朝中實行德政，寬宥小罪，使文武大臣無不聽命於他。此時的東晉朝廷，出現了前所未有的和睦氣象，經濟上也進入了一個中興的繁榮時期。而謝氏家族的威望也如日中天。
然而此時東晉的外部形勢卻不甚樂觀，大秦天王苻堅在王猛的輔佐之下，相繼滅掉前燕、成漢、前涼、戰敗代王。此時前秦王朝基本上實現了北方的統一，甚至連西域諸國都前來朝拜。躊躇滿誌的苻堅，便開始準備南下攻取東晉，以求一舉統一天下。
公元383年7月，苻堅下詔動員全國力量討伐東晉，不到一個月，就調集了近百萬大軍，他以騎兵25萬為先鋒，自領步兵60萬為後，大軍前後綿延一千多裏，浩浩蕩蕩地向東晉殺去。
苻堅出兵的消息傳到建康後，朝野上下陷入驚慌，群臣議論紛紛，分為戰和兩派，爭執不休。謝安力排眾議，堅決主張抵抗。於是孝武帝委其全權處理軍事。
在兩軍交鋒之前，建康城中的氣氛緊張到了極點，許多大族唯恐遭受兵災，便暗中裝運家產，準備逃離京城，就連孝武帝都整日燒香祈禱神靈。隻有謝安絲毫不改顏色，他每天都帶領幕僚遊山玩水，故意談笑風生，在路上把車簾高高挑起，讓行人看到他的神情舉止。城中百姓見到丞相毫不在意，也就將心中緊繃的弦鬆弛下來。
前秦方麵，苻堅認為自己率領百萬大軍奔襲東晉，必成泰山壓頂之勢。他自豪地宣稱，隻要士兵把手中的馬鞭投入水中，就足以把長江堵死，必勝之心昭然若示。
而由謝安子侄謝石、謝玄、謝琰率領的8萬人馬來到前線，見秦軍雖然號稱百萬，卻大部分都在行軍途中，先鋒騎兵不過20餘。三人一致認為，倘若等秦軍到齊，晉軍便很難取勝，不如先發製人，發動突然襲擊，挫傷秦軍銳氣，扭轉不利局麵。於是他們派遣劉牢之率領東晉精銳部隊北府軍5000人向駐紮洛澗的秦軍進攻。
駐紮在洛澗的秦軍將領梁成，曾經吩咐部下加強戒備，但與東晉相持數日，晉軍一直按兵不動，這讓他放鬆了警惕，每天不是騎射行獵，就是飲酒狂歡，絲毫不把軍事放在心上。
一天夜裏，梁成與手下將士又飲酒大醉。正在他們放心酣睡的時候，由劉牢之率領的北府軍悄悄渡過洛澗，向秦軍大營發動猛攻，猝不及防的秦軍很快從睡夢中驚醒，梁成立即上馬迎戰，在亂軍中被晉將射中，墜馬而死。
失去主帥的秦軍無心戀戰，開始四散奔逃，各尋生路。劉牢之率領親兵窮追猛打，一直將洛澗秦軍追趕到淮河流域。5萬秦軍隻有幾十人逃回壽陽。謝石當即又命令北府軍乘勝西進。準備與秦軍決戰。
秦軍在洛澗失利之後，便沿著淝水西岸布防，使得東晉軍隊不能渡河西進。雖然兩軍暫時處於對峙之勢，然而秦軍畢竟占據人數上的優勢，一旦大軍強行進攻，東晉必然難以抵擋。
在這樣的情況下，謝玄向他的叔父謝石說：“我軍如果想取得勝利，仍必須乘秦軍尚未全部集結之時展開決戰，否則很難取勝。”謝石回答道：“現在苻堅新敗，隻是堅守不戰，我們如何是好？”謝玄說：“苻堅為人急燥，自吹‘投鞭斷流’，依仗自己軍多不把東晉放在眼裏。我們可以用激將法，引誘苻堅出戰。”
第二天，東晉給苻堅送來信件，在信中對苻堅說：“將軍率百萬之眾前來攻晉，如今兩軍雖未大戰，將軍卻龜縮不前，不敢出戰，難道這就是您的膽略嗎？如果將軍敢與我軍交戰，就請你們後撤一箭之地，騰出一塊地方，等我軍渡過淝水，再決一死戰。”苻堅見了信之後，立即決定後撤一箭之地，在晉軍渡河的時候發動進攻，一舉把晉軍消滅在淝水之中。
公元383年11月，淝水之戰正式爆發，苻堅一聲令下，三軍立即回撤。這時站在東岸觀戰的謝氏叔侄看到秦軍後撤，立即揮動令旗，號令晉軍渡河。苻堅立即指揮騎兵向晉軍衝鋒，然而強渡淝水的精銳晉軍卻頂住秦軍的衝殺，掩護大軍迅速渡過淝水。
苻堅見大事不好，急忙號令人馬掉頭反撲，但是秦軍軍心渙散，不願意為苻堅賣命。而投降秦軍的晉軍將士趁機高喊：“秦軍敗了。”陣地上一時間喊聲四起。秦軍紛紛四散逃命，局麵失去控製，不堪收拾，隻顧逃生的千軍萬馬自相踐踏，死傷不計其數。苻堅對此無可奈何，隻好隨著大部隊向北逃去。為了躲避晉軍的追擊，秦軍專門挑雜草叢生的荒野逃命，盔甲軍械丟落無數。慌忙逃跑的秦軍聽到尖利的風聲和鶴鳴，也認為是晉軍的追兵，以至於後人用“風聲鶴唳”來形容驚慌失措的樣子。
在淝水之戰中，晉軍趁機收複了壽陽，殺死苻堅的弟弟苻融，苻堅本人也中箭受傷，隻帶幾百名騎兵逃回洛陽。他滅亡東晉，統一天下的希望從此也成為泡影。
捷報傳到建康，謝安正在與客人圍棋，接過捷報草草看過，隨手便放在一邊，麵無喜色。客人問戰況如何，謝安淡淡地說了句：“小兒輩遂已破賊”，便再也不說話，繼續下棋。
經過這場大戰，東晉來自北方的威脅暫時得以解除，北方政權短時間內無力再對南方進行大規模進攻，中國南北朝對峙的局麵也正式形成，而南朝的基石，即是繼承了西晉國祚的東晉政權。
第三節王朝特點——主暗臣明終成禍
東晉自公元316年司馬睿登基稱帝開始，到420年晉恭帝司馬德文遜位止，一共經曆了104年。
在東晉立國之初，元帝司馬睿少謀寡智，又是晉室遠支，之所以能重建晉室，主要得益於北方士族王導的全力扶持。他深知晉室複興，全賴王導之力，因此他不僅稱王導為仲父，還將他比作輔佐劉邦的蕭何，態度非常謙恭。然而這樣的行為，卻是對皇權威信的極大損害，民間議論為“王與馬，共天下”。
雖然民間流傳有“王與馬，共天下”的說法，然則司馬家族的權力，遠遠不及王氏家族的勢力。作為一個乾綱獨斷的開國之君，竟然不能獨領至尊，還要請一個大臣同坐受賀，由此可見司馬家族的暗弱已到何種地步。
事實證明，此後東晉政權的存在，並非是因為司馬氏本身象征著一個朝氣蓬勃的新興強力王朝，而是因為南北方幾大家族之間常常為了保持勢力的均衡，共同擁戴司馬家族作為象征來維持著種平衡局麵而已。
“王與馬，共天下”顯示了東晉政權在政治上的特點。縱觀東晉一朝，輔政的士族權臣幾經更換，但這種“主暗臣明”的特點卻始終沒有改觀，在王氏之後又陸續出現庾氏家族、桓氏家族、謝氏家族等權臣，繼續著臣與主共天下的局麵。
東晉統治集團內部最主要的矛盾即為皇權與士族勢力之間的矛盾，如果皇帝安於享受尊榮，不對士族權力加以幹涉，讓豪強間的勢力達到穩定的平衡狀態，那麼政治上就將呈現安定的局麵，反之則會引起強大士族的強烈反對。類似於晉元帝任用劉隗、侵犯王氏家族勢力，變亂局麵便不可避免。
在王氏家族勢力被清除後，司馬氏仍然未能建立其絕對強勢的皇權統治，囿於手中政治力量和軍事力量的薄弱，皇室不得不再次依靠大姓士族來維係其統治，於是庾氏兄弟、桓溫、謝氏家族紛紛入朝秉政。而皇權則始終處於士族勢力的陰影之下。
因此如果要說到東晉在政治上最典型的特色，那麼就是門閥政治。
東晉的門閥政治，是中國古代皇權政治在特定條件下的變形。因為如果沒有一個成熟的有力量有影響的士族社會階層的存在，如果沒有一個喪失了權威但尚有一定政治號召力的正統皇室存在，如果沒有民族矛盾十分尖銳這樣一個外部的條件存在，都不會有江左百年門閥政治的局麵。反之，這三個條件中的任何一個發生變化，都會導致江左門閥政治的相應變化。
縱觀東晉一朝，皇帝垂拱，士族當權，平民出力，在這三方力量的共同作用之下，江左門閥政治才得以維持。換言之，如果皇權、士族、平民這三方力量的均衡發展和共生關係被打破，東晉門閥政治的割據就勢必要終結。這也是東晉滅亡的最終原因。