一天，一個叫做小琦的初中生正在玩耍。突然，一道雷電襲來，打中了小琦，小琦當場就暈過去了。
等醒過來，自己就在一個森林中，創世主就在自己身邊。“你醒了？感覺怎麼樣啊！”創世主說話了。“嗯，還行啦。我這是在哪啊？”小琦回答道。“現在你在我的關東地區的聖地。”創世主回答道。“那我就在神奇寶貝世界了哦。怎麼可能，我怎麼回到神奇寶貝世界呢？”小琦又問。“是我把你帶到神奇寶貝世界的。我要你幫我完成個任務。”創世主眼神很堅定。“哦？創世主還有自己完成不了的任務？要我這個人類來完成嗎？不是吧，你可是創世主啊，隻要隨便叫個神奇寶貝來完成就可以了啊。神獸都可以啊！”小琦不解了。“其實，這個任務的的確確神奇寶貝是完成不了的。”創世主無奈的說道。“哦？那是什麼任務啊？”“我要你幫助我的小兒子成長，我想將來要他繼承我。當然,我還會把將來輔佐他的各個將士交給你保管的。”“哦？那小亞爾修斯在哪裏啊？”說罷，一隻亞爾修斯就撲倒了小琦，似乎很喜歡小琦。
“對了，這是將來輔佐他的神獸。為了方便，我已經先把它們收進了大師球裏麵。不過，他們都可以說話和從神奇寶貝球裏麵看外麵的能力。你看它們就在你的正上方啊。”創世主說完指了指上麵，就把幾個大師球扔給了小琦。小琦向上一看，分別是一隻冥王龍、一隻迪亞魯加、一隻帕魯其亞、一隻鳳王、一隻超夢、一隻雪拉比、一隻代奧奇希斯、一隻洛奇亞、一隻裂空座都是半透明的。不過，小琦很吃驚，沒想到創世主會把這些神**給他。“別小看他們哦！他們雖然年紀不大，但是已經是各家族的精英了。還有三個不在，你在旅途中應該會見到他們的。”創世主解釋道。
“但是，超夢怎麼會在，我記得他是火箭隊創造的啊？”小琦才發現。“這樣啊，其實超夢是夢幻的進化型呢。神獸有進化型的確很不可思議，其實，夢幻隻要來過我的聖地就可以進化成超夢。對了我還要把我兒子的護法交給你，你們出來吧！”創世主解釋完後就交出了護法。小琦一看，竟然是三神鳥。接著三神鳥就大喊一句“初次見麵，以後還請多多指教。”“不會吧，三神鳥也會說話啊。”小琦大吃一驚。“當然了，作為未來創世主的護法，雖然沒有那些“將士”的能力，但還是要一點文化的嘛。”閃電鳥先說道。眾神獸大笑，小琦也笑了，難道會說話就是有文化嗎？
“好了，現在就幫你做完最後一件事，你想見一下你原世界的親人嗎？”創世主說道。“算了吧，我怕我見了以後會更難過的。你就把他們關於我的記憶全部消除掉吧。這對於你來說不是很難吧。那就謝謝了”小琦回答道。倒是讓眾神獸很驚訝。“好吧，我待會就做。你先把三神鳥收回絕緣球、零度球、耐熱球吧。”說罷就把這三個球扔給了小琦。小琦於是就把三神鳥收服了。“對了，這個是可以回複神奇寶貝的寶石，我怕哪天你那些神獸受傷了沒地方治療。還有我要把心靈感應的方法給你。”創世主說完就把一個圓球給小琦戴在了脖子上，然後就把一股光傳入小琦的體內。小琦用了一會會功夫就已經可以運用自如了，於是就放心的把小琦送走了。
小琦醒來，發現自己已經在一個房間裏了，身邊就是幾個大師球和三個特殊的神奇寶貝球，自己脖子上的能量水晶也還在，說明自己剛才不是在做夢。小琦收回神奇寶貝球，走出了房間。卻看見四天王的科拿和森坐在沙發上，旁邊還坐著一個小女孩。
科拿看見小琦在樓梯上，似乎很開心，立刻站起來了。“你醒了啊。”科拿問道。“嗯。你不會就是四天王的科拿大師吧？”小琦小心翼翼的問道。
“哼，你這孩子真是的，昏迷了幾個小時就糊塗了。我可是你媽呀，怎麼叫我大師了啊！”可那抱怨道。
馬上，小琦就呆了，亞爾修斯也是出來說話了：“我爸把你弄成了四天王的兒子了，還有那個森就是你爸啊。”馬上亞爾修斯就把那記憶傳輸給了小琦，小琦興高采烈，沒想到可以當四天王的兒子。“爸爸，媽媽。”小琦一下撲進他們的懷裏。不過四天王的森和科拿竟然被小氣騙過去了，實在有點不可思議，於是，小琦也就不去管它了。接著，小琦就被那個小女孩叫去玩了。小琦才從記憶裏知道那個女孩叫小雪，是小琦的鄰居，不過看著小雪，小琦不免有點心動。