一是我國水運管理機構類型較為複雜，管理主體既有行政機關，也有事業單位。而事業單位實施行政執法行為，於法無據。
二是雖然經過多年改革，很多地方將海事、運政、港政、港監、船檢等諸多職能集中於一家管理機構，大大減少了管理交叉、政出多門的現象，但職能交叉、職能衝突現象依然存在。例如，交通運輸部水運局主要從航運企業經營資質的角度對航運市場進行管理，而交通運輸部海事局則要求航運企業建立安全管理體係。
二者的管理在部分內容上是重疊的，既浪費行政資源，也給行政相對人增加成本。又如，船舶檢驗機構向來被認為是保證船舶安全和數量的第一道防線，但體製沉屙、市場變化等因素使船舶檢驗的監管缺位。國內船舶檢驗機構分為CCS（中國船級社）和地方船檢兩塊。除CCS理清體製、實現國際接軌外，地方船檢因為體製原因，沒有徹底與地方海事、港航部門分開。
三塊牌子（港航、船檢、海事），一套班子，工作經費來源靠收取船舶規費維持。如果不檢驗或少檢驗，各種規費就無依據進行收取，這樣就失去了維持正常工作而賴以生存的條件。不得已迫使監管部門放寬了對有些船舶的準入關口，對一些不該審批的項目進行審批，忽視了同類型船舶數量的增多對航運的衝擊。
三是不同地區的水運管理部門機構設置名稱不統一。由於沒有明確的法律或行政規定，各地水運管理機構的設置存在很大的隨意性。如同為“港航管理局”，在有些地區是管理港口和水路運輸的部門，在有些地區卻僅僅負責水運基礎設施建設。各地水運管理機構設置的差異給各級管理部門在溝通和協調上造成阻礙，也不利於航運企業的業務開展。
建議對目前的水運管理體製進行改革，建立綜合的水運管理體製。在發展綜合運輸體係的要求下，設立水運的綜合管理體製勢在必行。打破目前分散設置的水路運輸、港口管理、航道養護及基礎設施建設管理部門職能分隔的現狀，以服務航運企業的發展為宗旨，設置綜合性的水運管理機構，通過法律或行政法規，明確水運管理機構的性質，並將決策權、審批權與監督處罰權相分離。
5）加大國家政策支持
目前，國家已經加大了對內河水運的政策支持力度。《全國內河航道與港口布局規劃》中，已明確了中央政府建立內河水運建設專項資金渠道、各級地方政府安排財政性投入的建設資金渠道。以建設長江黃金水道為重點，2009年5月，國務院出台《長江幹線航道總體規劃綱要》，計劃未來11年裏投入資金430億元，加強長江幹線航道整治和裝備建設。
但是，除了基礎設施建設，我國還可借鑒歐美的實踐經驗，對內河航運實施傾斜政策，如對內河航運實施補貼、船用燃油不納稅、對船舶製造實行補貼，以行政和經濟手段鼓勵船舶更新和推廣應用新船型，鼓勵水運環保技術的研發和應用、鼓勵水陸聯運、促使公路貨運向水運和鐵路分流。此外，由於內河水運涉及水利、電力、環保、城市發展等方麵，受部門、地方對水資源的不同需求驅動，造成了在水資源開發中形成的合力不足，兼顧不夠，發展內河水運的協調難度大，水資源綜合利用不充分。為此，需要國家出台相關政策，以利於各部門的統籌規劃、協調配合。
6）完善水運相關法律體係
一是要完善內河航運的法律體係。目前，我國雖已出台《港口法》、《水路運輸管理條例》、《內河交通安全管理條例》、《航道管理條例》等，但這些法律法規未完全適應現代航運業的發展。
應盡快建立以《港口法》、《航道法》、《航運法》、《水上交通安全法》、《船員法》等為龍頭，以相應的《港口岸線管理條例》、《航道管理條例》、《水路運輸管理條例》、《國內水路運輸條例》、《內河交通安全管理條例》等為骨幹的配套水運法律法規體係，與《水法》、《環境保護法》等內河水運發展關係密切的法律、法規一起，構築起完備的內河航運法律體係，給內河航運發展提供一個合適的法製環境，有利於消除製度障礙，打破地方封鎖，形成統一的航運市場，建立健全安全監管製度，依法保護合法經營，提高內河運輸經營者的積極性。
3.完善公路網結構與功能