永祿十一年十二月二十八日晨，逃到阿波國的三好三人眾（三好政康，三好長逸及脫逃的石城友通），趁著年末眾人不備，秘密從和泉國上陸，首先攻擊了從屬於織田家的家原城，隻有數百兵將的守兵寡不敵眾，當日即告失守。守將寺町左近將監，雀部治兵衛，澤田備後守等地侍盡皆討死。消息傳到堺後，對織田信長不滿的足利義榮一係；反對織田信長統治的部分會和眾；以及正在堺的齋藤龍興，長井隼人等失去領地的浪人紛紛加入。一月二日，三好勢從堺出發，進入倒戈的南山城。趁著熟悉山城國地理，加上洛陽城兵力薄弱的機會，穿透各地防守，於一月三日逼近洛中。
“既然三好三人眾十二月二十八日就登陸和泉國，你們怎麼直到三日，三好家逼近洛陽城了才想起來報告，我留你們在京都何用？”青山長虎恨恨的問。
“雖然正月元日即有傳聞，三好家登陸和泉，但是正值新年，大家都以為有人開惡意玩笑，誰都沒想到三好家會在這樣的天氣出海登陸和泉，加上新年期間人手缺乏。所以，直到三日才確認這個消息無誤。沒想到三好家動作這麼快，也不顧山城國各座城都不在手中，就直襲洛陽。臣罪該萬死。”溝口秀勝連連告罪。
青山長虎隻是心中煩悶，倒也沒有真要降罪的意思。三好家此次孤注一擲，冒著全軍覆滅的危險，在新年的時候強行登陸，確實讓人很難想到，隻能說織田家這次確實是被打了個措手不及。
就連溝口秀勝也在心裏暗暗慶幸不已，當時自己得到這個消息時，根本不顧一屑。如果不是神子田正治堅持要親自去堺查看，結果在半途救下剛從堺逃出來的鬆井有閑，恐怕三日的時候，還不知道有一支兵馬正在接近洛陽。
到了下午，福富秀勝帶著毛受勝照從岐阜趕來。果然木下小一郎還沒有趕到岐阜，對於平安京出現的劇變，一點都不知道。溝口秀勝經過兩日夜的疾行，身體已經極為虛弱，很難再經受一次奔波。好在福富秀勝也沒有強人所難，在関城詳細的問明了經過後，就趕了回去。並交代青山長虎立刻集結兵馬，明日就要抵達岐阜。
六日，當青山長虎率領集合起來的五百兵馬到達岐阜時，得知木下小一郎也在兩個時辰之前趕到岐阜，幾乎與此差不多的時間，其他渠道也陸陸續續傳來京都被三好家攻打的消息。如果新任將軍被殺或是被掠走，那麼織田家可就真成了天下的笑柄。
算上青山長虎的五百人馬，合起來還不到三千人的織田軍，顧不上天寒地凍，頂著還在飄落的雪花以及足有數寸厚的積雪，再次踏上上洛之路。
與此同時三好家領兵大將三好康長領著剩下的約兩千騎兵馬，望著阻擋在前方的東寺駐軍暗暗發愁。
這次三好家發難，是由家中一直堅持抵抗的筱原長房策劃，三好三人眾負責實施。率領阿波僅存的三好家精銳五千二百騎，冒險反擊。
計劃一直到兩天前都非常順利，四日三好家分成兩隊，一隊由三好三人眾率領，負責阻擊援軍，基本上都是由不滿織田家的近畿地方勢力組成；另一隊則是三好家精銳，進入洛中，把新任將軍足利義昭及其部屬包圍，足利義昭被逼入本圀寺。聽降服者所言，跟隨者不過細川藤賢，三淵藤英，佐久間信盛，織田左近，野村越中，赤座七郎右衛門，津田左馬丞，阪井與右衛門，明智光秀，森彌八郎，山縣源內，宇野彌七等十數名侍大將跟隨，兵馬不會超過八百人。
按照計劃從五日開始，三好康長率領的兩千五百騎以藥師寺九郎左衛門為先頭，攻擊本圀寺南大門；另外兩千五百騎則由三好日向守，三好下野守率領，沿著大宮向北口兩方門發起攻擊。如果沒有意外，一天時間足以攻下。
偏偏意外發生了，自從天文法華之亂後，京都的寺院為了防止兵亂，都挖了壕溝設置了院牆，這倒也沒有什麼奇怪的。但是足利義昭進的這個本圀寺的壕溝和院牆竟然剛剛休整好不到半年，各項機能極為完善。
上午巳時開始的弓矢合戰，從開始就處於極為不利的形勢，各方麵都不占優勢。好不容易燒毀了南大門前的建築，但愣是沒有攻進去。其中屬於幕下若狹眾的山縣，宇野軍竟然反衝入先頭的藥師寺軍中，討取數十人。但對方畢竟兵力不足，戰鬥進行到午後，若狹眾漸漸露出敗相，這是整場戰役中最好的機會。就在自己準備派兵加把勁時，不知從哪裏冒出一小隊人馬從背後殺入藥師寺軍，引起先頭部隊的混亂，大好形勢全毀。也使得若狹眾及那一小隊人馬得以從容退回寺內休整，讓自己恨得牙癢癢。
小隊人馬的旗指物一是‘葉菊’，一是‘三星一文字’；‘三星一文字’想都不用想就是桂川渡邊氏，這回又是他們壞了三好家的好事。老主公一時心軟，後患無窮啊。但不知葉菊是哪家家紋，應該不是近畿的，想來是鄉下來的土包子中的一員吧，時機倒是掌握的剛剛好。要是三好康長知道指揮這隊人馬的不過是個剛剛十七歲出頭的少年，恐怕更要閉不上嘴了。
可惜機不可失失不再來，失掉這個機會後，三好康長雖然組織隊伍，準備再嚐試一次。不想激戰時，勝龍寺城城主細川藤孝，斯波家家老長穀川橋介，下京奉行丹羽長秀，木下藤吉郎領兵千人前來救援。見到援軍到來，本圀寺的南大門和北口兩方門同時打開，進攻中的三好軍勢陷入夾擊。