僖宗退入內宮，細思滿朝從賊將相，如何處置的話，便立刻下旨，密令神策軍監，在京師地方，搜捉從前從賊諸將相，所有親族，一齊處斬。但那時田令孜自居功高，在朝愈見驕橫，每遇朝會，隻有令孜一人的說話，卻不許天子有所主張。僖宗心中敢怒而不敢言，隻對著左右流涕。那將士們見令孜如此驕橫，人人怨恨！秦宗權，便率兵反出長安，劫略外府州縣。朱全忠、李克用也紛紛逞兵，國內幾無寧日，人人以清君側為言，擾攘數年，才得大局初定。僖宗啟駕回宮，沿途蒼涼滿目，觸景生悲。及入都城，更覺得銅駝荊棘，狐兔縱橫。趨至大內，隻有幾個老年太監，出來拜謁，所有前時宮女，都失散不知去向。便是懿宗在世最寵愛的郭淑妃，此時也杳無下落了。僖宗十分傷感！那田令孜又處處逼迫著僖宗，連行動也不得自由。京兆尹王徽，雇用人夫五萬人，修治宮廷，整葺城垣，才得初定。忽報李克用叛兵又逼近京師，田令孜大驚！也不由分說，立刻要挾僖宗出走鳳翔。長安宮室，複為亂兵所毀，蕩然無存。李克用見僖宗已出走，便還軍河中，上表請皇上還宮，仍乞誅殺令孜。僖宗見表，亦有還宮之意。那田令孜偏又在夜間，引兵入行宮，脅迫著僖宗，轉幸興元，黃門衛士，衛從隻數百人。太子少保孔緯，奉太廟神主出京，在中途遇盜，神主盡行拋棄。那宰相蕭遘，見令孜劫奪車駕，便令朱玫率兵五千，欲追還聖駕。令孜見後有追兵，又劫僖宗西走，命神策軍使王建為清道斬所使，沿途多係盜賊，王建率長劍手五百人，前驅奮擊，才得殺退眾賊，開出一條道路來，迤邐前進。看看走至大散嶺下，車馬不能通行，僖宗便取傳國璽，交與王建負著，君臣二人手拉住手，登大散嶺。一行人走著山中崎嶇小道，甚是遲緩，行到傍晚，忽見朱玫兵馬追至，放火焚燒閣道，頓時煙焰薰天，迷住去路，那棧道已焚去丈餘，勢將摧折。王建肩負僖宗，向煙焰中一躍而過，幸得脫險。夜宿板下，君臣二人摟抱而眠。僖宗頭枕著王建膝上，略得休息一夜。至天色微明，王建扶著僖宗，從草際起身，僖宗不覺大哭！哭罷，僖宗即解禦袍，賜予王建道：“上有淚痕，留為他日紀念。”到日午，一行人進了大散關，閉關拒住追兵。朱玫攻城，數日不下，隻得退兵。路過遵塗驛，見肅宗玄孫襄王煴，病臥在驛舍中，朱玫即扶之上馬，同回鳳翔，召集鳳翔百官會議。朱玫厲聲說道：“我今立李氏一王，敢有異議的，立即斬首。”百官麵麵相覷，不敢發言。朱玫便奉襄王煴，權監軍國事。李玫自任左右神策十軍使，次年改立襄王為帝，改元建貞，獨攬大權。他部將王行瑜，朱玫原令他帶兵五萬，進攻大散關的。至此時，行瑜忽然回至長安。朱玫見他擅自回師，不覺大怒！召行瑜入內，朱玫怒目相視，大聲喝道：“汝擅自回京，欲造反耶？”行瑜亦厲聲答道：“我不造反，特來捕殺反賊。”說至此，便舉手一揮，門外擁進一群武士，擒住朱玫，立刻斬首。又殺朱玫同黨數百人，又殺死襄王煴。
王行瑜一麵迎僖宗返蹕鳳陽，一麵奏請奪田令孜官爵，流為端州令。次年，僖宗又從鳳陽回京，人民流亡，城郭已墟。進得宮來，更是滿目荒涼，井敗垣頹。僖宗連年奔波，受盡恐嚇，吃盡辛苦，如今眼見著這淒涼景象，便終日悲傷！從來說的憂能傷人，僖宗入宮的第二日，便已抱病，勉強趨謁太廟，次日疾病大作，臥床不起，不上一個月，竟致不起，群臣入宮會議大事。因僖宗子年幼，便欲立皇弟吉王保為嗣皇帝。獨楊複恭請立皇弟壽王傑，傑原是懿宗的第七子，為懿宗後宮王氏所出。僖宗一再出奔，傑隨從左右，常得倚重，至是由楊複恭寫了壽王名字，趨至僖宗榻前。此時僖宗口已不能言語，隻略點首。僖宗當晚駕崩，遺詔命皇太弟傑嗣位。百官率禁軍從壽王邸中，迎新皇帝入宮，在柩前即位，稱為昭宗。
昭宗體貌雄偉，時露英氣，又喜文學，常與文學大臣親近。每與丞相孔緯說起僖宗威令不行，朝綱日落，有恢複前烈的意思。立淑妃何氏為皇後，立戒不得寵任宦官。但宦官專權，已曆數代，一時積重難返。當時宮中有一宦官劉季述，最是奸險陰惡，數千太監，都是他的同黨。如今見昭宗的行為，處處與宦官為難，心中十分憤恨！便與王仲仙，樞密王彥範、薛齊偓等，陰謀推倒昭宗，立太子為嗣皇帝。恰巧昭宗在苑中圍獵，多飲了幾杯酒，醉意甚濃，回至宮中，天色已是昏暗。一小太監與二三宮女，在殿頭捉迷藏，不提防萬歲駕到，一個小太監箭也似的跑過來，與昭宗撞個滿懷。昭宗大喝一聲，那小太監慌得忙趴在地下，不住的叩頭。昭宗便拔下佩劍，親自去砍下太監和宮女的腦袋來，血染袍袖，怒衝衝的跑到皇後宮中，責何皇後約束不嚴。何皇後也伏地請罪！誰知昭宗殺死一個小太監，竟惹起宮中數千太監的公怒，到了第二天一清早，那宮中太監，相約不開宮門，盡把六宮鎖匙收藏起來。劉季述在外麵帶領禁兵千人，把兩扇宮門，打得應天價響。劉季述親拔佩刀，劈門而入。那宮中太監，一齊圍住劉季述，訴說皇帝殺死小太監的情形。劉季述大怒，立時把在朝的文武大臣喚進宮去，對著眾大臣說道：“主上所為如此，豈可複理天下事，廢去昏君，另立明主，為社稷計，理之當然。”眾大臣均諾諾連聲，不敢讚一詞。季述又召禁中將士，在殿前列成陣勢。樞密王彥範起草立表章，請太子監國，逼著百官皆署名在表章上。將士們大聲呼喚，一擁入思政殿。昭宗正在書房，覽群臣奏狀，見眾將士紛紛奪門而入，不覺大驚！劉季述亦佩刀入宮，手持表章，擲予昭宗觀看。大聲說道：“此非臣等所為，皆南司主張，眾情不可遏也。”昭宗見此情形，不覺長歎起立，繞室而行。劉季述到此時，其勢不能罷休，便上去扶住昭宗。昭宗怒憤填胸，大聲喝罵。季述不作一語，扶皇帝走出書房來，瞥眼見眾太監，亦扶著何皇後，從內宮出來。可憐這何皇後，早嚇得玉容失色，珠淚交流，當階推過一輛禦輦來。季述手持佩刀，逼著昭宗皇帝，與皇後同上禦輦，後麵妃嬪十餘人，涕泣相隨，直入少陽院中來。季述餘怒未息，用刀尖畫地，曆數皇帝罪惡，親手鎖閉少陽院門，又熔鐵灌入鎖眼，使不能開，在牆上開一洞，以通飲食。季述轉身出外，矯天子詔，迎太子入宮，立為嗣皇帝，奉昭宗為太上皇，何氏為皇太後，加百官爵秩，優賞士卒。季述自為大將軍，凡宮人左右，前為昭宗寵信者，一律搒死。可憐昭宗與何皇後二人，被幽禁在少陽院中，寫詔與劉季述，欲得錢帛使用，書籍誦讀，一概不與。其時天適大寒，嬪禦公主，俱無衣衾，號哭之聲，直達戶外。司天監胡秀林，私取衣被，從牆穴中送入。便有人去報與季述知道，季述命捕胡秀林，用繩子捆綁，送入大將軍府中。胡秀林見了季述，大聲說道：“中尉幽囚君父，尚欲多殺無辜耶？”季述卻也無話可說，令鬆綁聽秀林自去。