（1）大多數蔬菜的光合作用在上午9點左右最強。因此，增施二氧化碳最好在上午8點前進行。沼氣點燃時間過長時，棚內溫度過高，對蔬菜生長不利，應及時通風換氣。
（2）控製二氧化碳的增施量。一定量的二氧化碳濃度適宜作物的生長，一般0.5畝大棚隻需燃燒0.6～0.72立方米沼氣即可。
（3）施二氧化碳後，蔬菜光合作用加強，水肥管理必須及時跟上，這樣才能取得很好的增產效果。
（4）要防止有毒氣體對作物的危害。沼氣中含有約萬分之幾的硫化氫隨沼氣燃燒後生成二氧化硫，當溫室中二氧化硫的濃度達到5毫克／立方米時，植株就會出現受害症狀。首先在氣孔周圍及葉緣出現水浸狀，在葉脈內出現斑點，高濃度則會使植株組織脫水、死亡。對二氧化硫比較敏感的有番茄、茄子、菠菜、萵苣等。在日光溫室裏燃燒沒有經過脫硫的沼氣要掌握好燃燒沼氣的量。