當然，魏源等人的研究，也存在著不少缺陷。
首先，他們都是飽讀“四書五經”的傳統知識分子，所以他們不僅無法擺脫儒家觀念的束縛，而且還會得出一些非常荒唐怪誕的結論。梁廷枏關於儒家學說統治將統治世界的觀點，可謂典型。梁廷枏認為，儒家學說就是人間的唯一真理：“唐虞三代以來，周公、孔子之道，燦然若日月麗天，江河行地。”鴉片戰爭的結果雖然使中國割地賠款，備受恥辱，但在梁廷枏看來，這對於儒家學說在全世界的傳播則是件好事，因為儒家學說可以借助中西交通大開之利，迅速擴展到歐洲。他這樣寫道：“夫周孔之道洋施，本速於傳郵。特前此西海之外，舟車阻之，俟其從容向化，勢已緩矣。今則招徠即廣，望光而踵至者，未嚐限以工賈之輩。邇者皇上擴天地之仁，恩施格外，聽其購求典籍，延致中土儒生，大地同文，兆端於此。他日者，設能盡得聖君、賢臣、孝子、悌弟、義夫、節婦之見於記載者，有以次第講習，牖其愚蒙，引其向往，將所謂思悔轉棄者，直旦暮間事。是蓋聖教普施之漸之，有以發其機而操之券，又安有人心風俗之足害也哉？”“泰西人既知讀中國書，他日必將有陪慧之人，翻然棄其所學，而思從堯、舜、禹、湯、文、武、周、孔、之道，如戰國之陳良者。”所以，雖然目前基督教在西方盛行，但“倘他時聖教所被，識見日開，必將有辨江心之味思冀北之群者”梁廷枏著，駱驛、劉驍點校：《海國四說》，第3、4、46頁。。不過，梁廷枏在撰寫這段文字時，一定沒有想到一個問題：既然孔孟“聖教”是如此的美妙，為什麼以這個“聖教”為正統的中國會被信奉異教的英國人打得一敗塗地呢？他當然做夢也不會想到，在他去世之後的100多年裏，中國大地上多次燃起過“打倒孔家店”的烈火。他更不會想到的是，在21世紀，有人居然還在像他那樣編織著儒家學說將一統天下的神話，宣稱什麼“唯有儒家學說才能救世界”，“21世紀是儒學的世紀”。中國曆史，就是這樣的光怪陸離！
其次，這個時期與海上絲綢之路相關的研究總體上來說是比較少的，而且停留在較淺顯的層次上，並沒有形成完整的係統。鴉片戰爭後，“鄂羅斯兼並西北，英吉利蠶食東南”，中國邊疆烽煙四起，危機不斷。在背景下，邊疆史地研究成了一門“顯學”。不過，學者們更加關心的是西北邊疆，而不是東南海疆。陳高華對此有過論述：“鴉片戰爭對中國學術界是巨大的震動，探究域外史地之學成為一時的風氣，西北、蒙古的曆史地理，中國與中亞及其以西地區陸上交通的研究，名家迭出，成績斐然。而古代海外交通的研究，則相當冷落，沒有引起足夠的注意。”其原因可能有兩個。一是在俄羅斯對中國西北的不斷蠶食，直接威脅到中國的領土完整。相反，耀武揚威的西方列強雖然不斷衝擊著中國的國門，但遠在海外，尚不能直接吞並中國領土。因此，危在旦夕的西北邊疆更加引人關注，而東南海疆問題則沒有顯得如此迫切。另一個原因是，在中國典籍中，關於西北的文獻非常豐富。中國古代學術的一個重要特征，就是以詮經讀史、文獻考據為主要方法。因此，研究西北史地的文獻基礎非常雄厚。中國學者研究西北史地的熱潮始於18世紀末，到了鴉片戰爭前後，已經成為一種學術傳統。而在中國典籍中，關於海上絲綢之路的文獻比較少，學術基礎比較差，更沒有形成學術傳統，這樣，學術研究的難度也就更大了。如前所述，關於海上絲綢之路的學術研究，是在鴉片戰爭之後才真正開始的。特別是，由於這種研究最初“是從反侵略的軍事和外交鬥爭需要出發的”，因此，林則徐、姚瑩等人的著作“帶有較濃厚的情報色彩”，例如，“《四洲誌》純是一部譯作，《康輶紀行》係合日記雜錄而成”。這樣的著作，自然難以“在史學上建立起自己的學科陣地”。魏源的《海國圖誌》、徐繼佘的《瀛寰誌略》在內容上比較充實，但“反侵略的軍事和外交鬥爭”色彩大大超過了學術性。這些著作在體例規範上也不夠完備，例如，徐繼佘雖然千方百計地“將譯音各異名，注於各國之下，庶閱者易辨認”，但最大的缺陷是，他無法注出這些外國地名的外文原文。