20世紀80年代之前，連雲港(海州)、秦皇島、杭州等地的港口發展史未曾受到重視，中國水運史叢書編纂工作發起之後，這些城市港史相繼得到係統整理。1985年編寫完成的《秦皇島港史(古、近代部分)》(“中國水運史叢書”)對渤海、黃海海上交通網絡的重要海港——秦皇島進行了通史性的考察，填補了先前秦皇島港史研究的空白。1987年徐德濟主編的《連雲港港史(古、近代部分)》(“中國水運史叢書”)論及連雲港(海州)在古代黃海、東海海上交通中的地位。1989年吳振華的《杭州古港史》(“中國水運史叢書”)係統考察了杭州各個時期腹地經濟狀況、港航條件以及市舶管理等方麵的變遷。此外，武漢大學出版社出版的高鼎傳編《江陰港史》首章“古代的江陰港”闡述了古代江陰港的港航條件以及宋代江陰市舶司狀況。
20世紀80年代，一些研究者還撰文對溫州、登州、膠州、上海等港口的曆史做了專題研究。1981年周夢江《宋代溫州港的開辟及其原因》論文認為，宋代溫州港繁榮的原因在於：首先，宋代溫州設有市舶務，成為官方對外貿易口岸。其次，當時溫州農業基礎雄厚，漆器製作、造紙、陶瓷業、造船、製鹽等手工業發達。1988年，張健的論文對宋元時期溫州海外貿易的發展狀況進行了論述。1988年李步青、王錫平的文章探討了登州港的變遷，根據文章觀點，登州港在漢代成為南北沿海交通的樞紐，同時發揮著軍事要塞的作用，這種雙重角色一直持續至清初，之後，其地位被芝罘和青島取代。山東膠州古港在東亞絲綢之路發展上地位並不重要，故而相關研究文章很少。1985年李曉發表專題文章探討膠州港在曆史上的興衰，論文作者認為，膠州港的興起可以追溯至唐代，初唐出於對高麗海上經略的需要，在膠西設板橋鎮，置鎮將掌捍膠州灣。北宋時期，膠西板橋鎮成為宋麗貿易口岸之一，北宋朝廷亦曾遣使自板橋鎮起航前往高麗。1987年張忠民《清前期上海港發展演變新探》一文考察了清朝前期上海港及其沙船貿易的變遷狀況。
福建沿海的泉州、福州等港口，曆史上主要是我國對東南亞海上交通的門戶，但它們在對日本、琉球以及朝鮮海上交通中也發揮了重要作用。20世紀80年代，已有學者對此做過探討。關於泉州在東亞海交史上的地位，1980年陳高華的《北宋時期前往高麗貿易的泉州舶商——兼論泉州市舶司的設置》論文曾有過考察，文章認為，泉州海商群體以及泉州港在北宋-高麗之間貿易中扮演了關鍵角色。1981年，朱振聲的論文闡述了福州在中琉海上交通史上的地位。文章指出，明代最初在泉州設“來遠驛”接待琉球貢舶，15世紀中葉以後，琉球貢舶紛紛改由福州登岸，1474年，泉州來遠驛移至福州，更名為“柔遠驛”，自此，福州港成為中琉往來的樞紐。文章還介紹了福州市內的柔遠驛、進貢廠、球商會館、南郊琉球墓群以及長樂琉球蔡夫人墓、廟等等涉琉遺跡。同時期，考察福州對琉關係的文章還有徐恭生所撰《福州與那霸關係史初探》和《福州倉山區琉球墓初探》。
由於研究條件的限製，長期以來，國內學界對於海上絲綢之路所連接的域外海交要衝的研究一直十分薄弱。1982年，王仁波根據日本學者所贈的曆史和考古資料，結合自己參觀訪問的成果，撰文對公元7至10世紀中日交流門戶——大宰府進行了係統介紹。文中雖無作者自己的探究性成果，但在當時國際學術交流有限、國外學術資料入手困難的情況下，作者能夠將考察的視野擴大到海外，實屬難能可貴。
20世紀90年代，寧波、揚州、溫州、上海、登州等港口城市史的研究進一步深化，而且有關乍浦、台州海門港的曆史研究開始受到關注。
20世紀90年代，林士民《海上絲綢之路的著名海港——明州》和樂承耀《寧波古代史綱》較之1989年推出的《寧波港史》，這兩本書有關古代部分的探究更為深入細致。林士民的著作注重遺跡、遺物資料的運用，而樂承耀的著作則更多借助文獻史料進行總結歸納。另外，賀文彬的《雙嶼港與明代的走私貿易》和毛德傳的《十六世紀的“上海”——雙嶼曆史地理考略》論述了明代寧波近海的私商貿易港口——雙嶼港。這期間，有關寧波舊城天封塔地宮、天寧寺塔、餘姚江濱船場遺址以及月湖周邊遺跡的考古資料得到整理和發表。
1990年代的揚州城市史研究將焦點放在了城市空間格局的考古學和曆史學考察上。