王夫之，清初的哲學大家，把我國樸素唯物主義辯證法的理論形態發展到了頂峰。在哲學本體論中，他提出“太虛即氣，太虛一實”的觀點，認為“氣”的聚散形成宇宙萬物，同時還認為“氣”是真實存在的，是永恒不滅的，否定了佛道的“於無生有”的“空”、“無”論。在辯證發展觀中，王夫之提出“太虛本動”、“變化日新”的觀點，認為運動是客觀物質世界所固有的本質屬性，而運動是絕對的，靜止是相對的，事物的變化是由於事物內部的矛盾性。在知行觀上，他駁斥了前人的“知先行後”的觀點，提出“由知而知所行，由行而行則知之”。
清初除了黃、顏、王三大思想家外，還有顏李學派。這是清初一個提倡實學的學派，由顏元創立，他的弟子李塨將其發揚光大，故稱顏李學派。此外思想家還有陳確、顧祖禹等。
乾嘉思想清初思想呈多元化的發展態勢，然而隨著清朝統治的日益鞏固，考據學開始在學術界中占據統治地位，分為吳、皖兩大派，並在乾嘉時期達到極盛。其中惠棟、戴震、錢大昕、王念孫、王孫之為這一時期思想界的著名人物。吳派創自惠周惕，成於惠棟；皖派創自江永，成於戴震。乾嘉漢學家繼承古代經學考據訓詁的方法，加以條理發展，治學以經學為主，以漢儒經注為宗，學風平實嚴謹，不尚空談。他們在經學、史學、文字訓詁、金石、地理、天文、曆法等各個方麵都取得了輝煌的成就。而兩派中又以皖派的成就為大。
戴震，清朝著名的考據學家、思想家。在哲學上，他認為物質的氣是宇宙本原。理是事物的規律，不能脫離具體事物而存在，而且“理化氣中”。在認識論方麵，他認為人通過五官接觸外部事物，就能發現外物的規律。在學術風格上，戴震既注重漢學師承又銳意創新，以“精專”為最高的學術追求。他認為：“貴精專不貴博，與其知十而皆非真，不若知一而為真。”他和他門下的弟子以求實的精神和嚴謹的態度進行考據，對中國古典文獻的整理作出了很大的貢獻。
清朝後期思想自鴉片戰爭以來，隨著列強入侵的加深，中華民族危機的加劇，湧現出一批向西方尋找救國救民真理的先驅，開辟了我國近代思潮的新階段。
魏源所作的《海國圖誌》是我國近代第一部論述世界各國曆史地理的著作，傳入日本後，被稱為“枕中鴻寶”，對日本的明治維新運動影響很大。他提出的“師夷長技以製夷”是中國近代最早出現的向西方學習的呼聲。雖然他認為西方的“長技”隻限於“戰艦”、“火器”“養兵練兵之法”三種，但在當時清統治階級認為西洋先進的技術乃“奇技淫巧”的時局下，魏源的這種向西方學習的呼聲無疑是具有進步意義的。
從19世紀70年代到90年代，是早期維新思想的發生發展時期，這一時期最具代表性的人物是馮桂芬、鄭觀應。馮桂芬在《校邠廬抗議》一書中詳細闡明了自己的思想觀點。在這本書中，他提出“以中國之倫常名教為本，輔以諸國富強之術”的觀點，同時他認為在向西方學習的時候，必須學習“彼何以小而為強，我何以大而為弱，比求所以如之”。暗示在向西方學習時需要改革我國的某些製度，較之魏源的“師夷長技”有了很大的進步。
鄭觀應也主張學習“西學”，但他對洋務派之著眼於“堅船利炮”持批判態度。他說：“泰西之強，強於學，而非強於人也。然則欲與之爭強，非徒在槍炮戰艦也。”在其名著《盛世危言》中，他全麵解釋了自己的“西學”主張，即：“富強之本不盡在船堅炮利，而在議院上下同心，教養得法。興學校、廣書院、重技藝、考別課，使人盡其才；講農學、利水道、化瘠土為良田，使地盡其利；造鐵路、設電線、薄稅收、保商務，使貨暢其流。”他主張“先立議院，達民情，而後能張國威，禦外侮”。他的這些思想對孫中山有很大的啟發。
甲午海戰後，早期維新學派的改良要求發展成為變法維新思潮，學習西方，變法圖強運動隨之高漲。康有為、梁啟超、譚嗣同、嚴複都是這一時期的傑出代表。他們都繼承了早期維新思想家的觀點，提出了完整的變法綱領和變法措施。康有為的《新學偽經考》和《孔子改製考》、譚嗣同的《仁學》、嚴複翻譯的《天演論》都是維新思潮的代表作。在這些作品中，他們要求實現“君民共主”的政治製度，提出“工商立國”的經濟思想，批判舊學，提倡建立以“新學”為基本內容的道德倫理觀念。而且為了變法的需要，他們積極提倡新學，宣傳近代西方的自然科學和社會科學學說，如生物進化論、天賦人權等思想，促進了民主思想的傳播與人民的覺醒。
戊戌變法失敗後，維新思潮迅速衰落，取而代之的是民主革命思想。章太炎、鄒容、陳天華則是這一時期三位著名的民主革命家。他們都以飽滿的激情宣傳反清革命，產生了巨大的社會影響。19世紀末20世紀初，孫中山的民主革命思想逐漸成熟，並第一次全麵提出了民主革命的綱領和理論，即“民族”、“民權”、“民生”三大主義，最終成為推翻清王朝武裝鬥爭的思想綱領。