兵有了，就該建軍了！
鄭成功大致了解現代的軍製，但明朝的武將們不清楚啊！為了省事，鄭成功直接承襲了明朝軍製，建立前、後、左、右、中五軍都督府，是主力作戰部隊。每軍設都督一名，負責軍事指揮。每軍有五鎮，各鎮設遊擊將軍一名，每鎮有五衛，各衛設衛指揮使司一員，每衛設十戶，每戶設百戶指揮司，每戶設十班，班設班長，每班10人。
各鎮用中衛作預備隊，前後左右，四衛配置相等兵力，戰時不管受任何方便敵人的進攻，都可有充分兵力進行進攻或防守。在各衛中有刀、盾、弓箭各式兵種，相互配合作戰。
除了作為主力的五軍部隊，鄭成功還設立留守司，將那些個老弱病殘者都賽到留守司裏麵，湊下人數，嚇唬一下不知情的敵人也是好的。
老部隊，加上新參軍的，再算上那些老弱病殘，鄭成功現在擁軍兩萬多兵馬。
可除開留守司、留守在安平、石井的部隊，鄭成功隻能建起5鎮的陸軍，2鎮的水師。導致除了中軍都督府配齊外，其他四軍都督府都設立不起來，也隻好留待日後兵力充足時再設立了。
除五軍外，另設虎衛營、虎賁營兩軍。這兩軍人數很少，各有五百名，是鄭成功的親軍。虎衛主守，虎賁是騎兵主攻，隨鄭成功同行出征，護衛左右。虎衛、虎賁的兵將都是鄭成功親自在各鎮當中嚴格挑選的武藝精熟者組成，是軍中最勁銳的部隊。
2鎮水師當中除水兵外，每艘四桅福船配藤甲兵40名，三桅福船配20名，沙船配十名，用以跳邦、登陸時戰鬥，可算作是大明版的海軍陸戰隊。
藤甲兵——鄭成功組建的鄭家軍最具特色的兵種
看過三國演義的人都清楚，藤甲兵防禦好，輕便，甚至有時候可以當作救生圈。當然缺點也很明顯，就是怕火。不過這點，在鄭成功看來絕對不是個問題。海上，哪會找不到水。著火了，跳水就行了，反正淹不死人的。
選用福建山區產的藤，用油浸泡，編織成藤甲、盾牌。除了能能抵禦矢石、銃彈外，它的浮力大，遊泳時都不必耗力泅水。藤甲可謂是海軍陸戰隊的不二神器。
而且這個時代的火器不夠犀利，在銅製子彈出現前，不能有效壓製住騎兵。甚至在二戰時期，大規模殺傷性武器出現了，很多國家還存在騎兵建製，發揮過重要作用。更不用這個時代，騎兵這當世最具有殺傷性的兵種。
現在最適合對抗騎兵衝擊的還是騎兵，因此鄭成功也曾希望能購買到大量馬匹，可惜南方喂養不出合適的戰馬，滇馬更適合用來做運輸馬，而不是用來當作戰馬。
最適合用作戰馬的三河馬、伊犁馬、蒙古馬等都在北方，這些戰略物資受到滿清的控製，根本就不可能大量買進。就算鄭成功銀子大把，就是買不到足夠馬匹。
原有的一千七百匹戰馬，當中挑選出最優秀的五百匹組建了虎賁營，剩下的還要分出百來匹良馬做將領的坐騎，三百多匹又要分散開來給各鎮做探子夜不收，導致鄭成功費盡腦汁才勉強組建了一騎兵營。而且鄭成功手下將領也沒有會運用騎兵的將領。鄭成功隻好先讓黃悟先帶著，邊訓練，邊熟悉騎兵的運用了。
沒有騎兵，福建曆來鋼鐵產量就不高，再加上現在地盤少的可憐，僅有的一點鋼鐵都要用來鍛造刀劍等兵器，根本就沒有多餘的鐵來打造耗費巨大的鐵甲。
導致一開始鄭成功為了海軍陸戰隊特別建立的藤甲兵。現在也隻好引入五軍當中，作為一個正麵防禦兵種使用了。藤甲兵是容易著火，是比鐵甲兵差，但防禦絕對是高過布衣的輕步兵。現在資源緊缺，悠著點用就好。
隨著軍製的建立，軍隊紀律的遵守與執行也讓鄭成功花費了一番心思。
鑒於大明軍隊一向是重視親兵，漠視普通士卒的做法。鄭成功做了規定，不再準許有親兵這種情況發生。取之代之的是警衛隊，鄭成功規定一定的等級的將官就配備一定人數的警衛。在這些警衛最主要的任務是保護其主將，主將亡，而警衛未亡的，斬！所有警衛的薪水統一由發出，其薪水相當如班長，警衛長官等於百戶的餉銀。
同時他製定了“殺擄大敵中敵賞格”，規定每次戰役結束後，主將都要召集將士進行分析總結，公開議定官兵功罪，賞功罰過，獎懲嚴明。