然而，新的煩心的軍政事務，又很快推上了日程。而這些事情，都需要劉秀的親自處理才行。看著這些事務，劉秀有時覺得，真是煩惱已極，皇帝並不是那麼好當的，尤其是想要做一個稱職的皇帝。
恰在此時，又一件棘手的事情，促使劉秀勃然大怒，憤懣不已。
大司空王梁，依仗自己功勳卓著以及劉秀的寵愛與信任，屢次地違背劉秀的旨令，令劉秀很是生氣，惱怒。
當初，王梁與吳漢共同攻擊檀鄉變民部隊。劉秀曾經下令，所有的軍事行動，都全部交由大司馬吳漢全權負責。
可是，王梁仗勢自己是大司空，他沒有經過大司馬吳漢的同意，就擅自征調野王縣的地方部隊。劉秀聞訊，立即下旨，命令王梁在原地停止前進。王梁不理，居然以“將在外，君令有所不受為由”為由，抗拒劉秀的詔令。
如今，劉秀終於忍無可忍了。他立即派遣尚書宗廣，“持節”，前往軍中，打算逮捕大司空王梁，就地處決。
宗廣去到軍中，傳達皇上的旨令，逮捕大司空王梁，用囚車押送王梁到洛陽領罪。
這時，劉秀的怒氣已經漸漸地平息下來。他覺得處死王梁的處罰實在太重，於是最終下旨，赦免王梁，重新任命他為中郎將，派遣他到北方去鎮守箕關。
劉秀對宗廣出使時，對王梁的妥善處置很是滿意，就大大地獎勵了宗廣。
這時，鄧禹大軍進入長安的勝利消息傳來，劉秀的心情才輕鬆了一些。
其時，一月末到二月初那段時間裏，長安城裏，民間的糧食終於被赤眉大軍徹底耗盡。而赤眉大軍的四周，又麵臨著無數的敵人。
樊崇等赤眉高級將領感受到，自己的大軍受到的壓力越來越大，已經無計應付這些強大的敵人。
於是，他們一起商定，決定放棄京師長安，向西撤離。他們打算回到自己的山東老家，重操舊業。
計議已定，赤眉大軍就滿載著擄掠搶奪的金銀珠寶，押送著搶來的女人與奴仆，匆匆地向西前行。
臨走之前，他們又對長安大掠了一通，並縱火燒毀宮殿，以及民間住宅等。他們再乘火勢蔓延的混亂之境，任意搶劫黎民百姓的財物，甚至婦女。
人民死傷逃亡，蓋世繁華的帝都長安，霎時變成了一片廢墟，不見一個人蹤。
樊崇的赤眉部眾，流竄向西，號稱擁有百萬大軍。他們沿著秦嶺山脈前行。所經過的郡縣，都被他們擄掠搶奪一空。
最後，赤眉百萬部眾，終於流竄到了安定郡，北地郡轄境。
得知赤眉百萬大軍完全撤離的消息，鄧禹才率領自己的西征大軍，進入劫後的京師，駐軍昆明池。
他祭拜高祖劉邦的神靈，並把漢室十一位皇帝祭廟的牌位，送往京師洛陽，交給皇帝處理；他巡視曆任皇帝的墓園，設立官員及衛士守護。並把長安的情形，如實地報告給了皇帝劉秀。