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然而，劉秀的欣喜並沒有持續多久，各地反叛的消息又再次攪得朝中一片沸騰，令劉秀重新陷入憂慮之中。
堵鄉（河南方城縣）人董，在宛城發動兵變。他俘虜了劉秀任命的南陽太守劉驎等官員，據守宛城，對抗劉秀朝廷。
得知自己的後院起火的消息，劉秀絲毫不敢懈怠。他馬上緊急派遣揚化將軍堅鐔，進行攻擊，力圖盡快地收回宛城。宛城雖然最終如願被攻克，重新回到了朝廷手裏，但叛賊董率領自己的主力部隊，卻逃回了堵鄉（河南方城縣），繼續與朝廷對峙。
不久，更多的反叛消息也相繼傳到朝廷，更加令劉秀如坐針氈，寢食難安。
起初，大司馬吳漢，也軍紀不振，招致了百姓的怨恨與對立。大司馬吳漢率領的大軍在奪取南陽的土地時，所經過的郡縣人民，都遭受了漢軍的空前的浩劫和蹂躪。
而劉秀因為自己的大軍軍需不易湊集，也放任自己的將士們依靠劫掠來維持大軍的生存。劉秀對大司馬吳漢的暴行置若罔聞，致使事態更加地惡化。
破虜將軍鄧奉，本是鄧晨的親侄兒。少時文武出眾，與鄧禹並稱鄧氏雙壁。
起初，鄧晨娶了劉秀的二姐劉元。劉縯和劉秀兄弟率舂陵兵聯合綠林兵進攻棘陽（新野東北）時，鄧奉隨叔父鄧晨率族人門客起兵投奔劉縯和劉秀兄弟。後在昆陽之戰中，鄧奉隨劉秀擊敗王莽軍隊，並手刃令人聞風喪膽的身高一丈的新軍壘尉巨無霸。
鄧奉英勇善戰，體恤士卒，愛惜庶民。劉秀在鄗縣(今河北柏鄉縣北)稱帝後，鄧奉累功升為破奴將軍。南陽收複後，他請假回自己的故鄉新野去省親掃墓。他親眼看見大司馬大軍的暴行，心中十分地憤怒。
於是，他上書朝廷屢次控告大司馬吳漢的暴行，朝廷卻對吳漢的暴行不聞不問。
鄧奉對自己鄉裏的百姓遭受到大司馬吳漢軍隊的屠戮和痛苦，深深同情。
於是，在暴怒之下，鄧奉就率領自己所屬的宗族大軍，結合鄉民隊伍，對大司馬吳漢的軍隊進行攻擊。吳漢猝不及防，於是鄧奉大破吳漢大軍。鄧奉盡獲吳漢輜重，屯據淯陽（新野以北）。
鄧奉眼見自己的大錯已經鑄成，也已無可挽回。
於是，為了自保，他就與其他反叛的隊伍，如周邊延岑的漢中流民軍、董的南陽流民軍、更始政權的殘部、楚黎王秦豐大軍聯合，共同對抗朝廷大軍。
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聽見破虜將軍鄧奉被逼反叛的消息，劉秀很是著急和生氣。鄧奉是妻子麗華一家的恩人。劉秀沒有想到局勢會如此變化。他對大司馬吳漢的暴虐憤恨不已。
劉秀急火攻心，趕忙任命廷尉岑彭，擔任征南大將軍，任命王常擔任漢忠將軍，命令兩人一道，率領建義大將軍朱祐，賈複、耿弇等七位將領，數路大軍立即攻擊鄧奉和董。鄧奉與在堵鄉（今河南方城縣東六裏）的董互為犄角，手下又兵精糧足。
漢軍大軍出師不利，兩軍剛一交戰，漢軍就失利，岑彭等久攻不下。賈複被鄧奉擊傷，就連建義大將軍朱祐也被鄧奉俘虜。
聞此敗訊，劉秀為自己放任將領殘害百姓，以致引起鄧奉反叛的行為，更加地後悔。
那時，陝西的變民集團首領蘇況，也攻破了弘農郡（河南靈寶縣），大軍向東逼近洛陽，讓劉秀更加地著急。