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值得一提的是，漢、蜀兩軍交戰曆時之長，戰況之慘烈，雙方傷亡之巨大，這些都是漢軍主將大司馬吳漢軍事生涯中所未曾遭遇過的；漢軍還為此犧牲了兩名著名的大將：來歙與岑彭。
因此，蜀地人民尤其是成都軍民的頑強抵抗，令吳漢心中積鬱了極大的仇恨。所以他一旦得勢，便開始了瘋狂的不顧一切的報複。何況，吳漢本身就潛藏有野獸般的殘忍性格。因而，最終釀成了對成都無辜平民的大屠殺的慘劇。
吳漢率軍進入成都城，不僅立即誅殺了公孫述的全家，而且更將公孫述的家族滅族，甚至還連帶著使歸順的延岑一族也遭滅門。所謂“殺降不吉”，在吳漢殘忍的心裏，根本就沒有什麼意識。
吳漢大肆放縱士卒在成都城內外擄掠，焚燒宮室，摧殘無辜百姓。吳漢的暴行致使成都城內血流成河，西蜀地區遭受了空前的戰爭浩劫，廣大無辜百姓幾近被殺掠一空。
這一片土地都被鮮血浸透，叫人為之哀歎，痛惜！
建武十三（公元37年）年正月，吳漢振旅浮江而下，帶領漢軍主力撤離了蜀地。
劉秀雖然痛恨大司馬吳漢的暴虐無道，但卻又不得不獎賞他為平蜀所立下的赫赫功勳。
後來，當吳漢率軍攻打宛縣，經過他自己的家鄉時，劉秀還親自下詔準許吳漢回家祭祖，並且還賞賜了他穀米二萬斛，給予他無限的恩寵和榮譽。
雖然吳漢屢有忤逆自己的命令，但是他對於劉秀的一片忠心，劉秀還是看在眼裏的。
吳漢性格倔強，生性殘暴。但他每每跟從劉秀征伐，非常善於揣摩劉秀的心意。隻要劉秀心有不安，吳漢便都會一直侍立在他的身旁，直到劉秀安下心來，所以，吳漢一直深得劉秀的歡心和賞識。
劉秀知道，自己雖然身居帝位，但還是同常人一樣，需要屬下們的馬屁與恭維，以滿足自己的虛榮心，顯示自己的非同凡品。
每次當諸將見到戰陣有所不利時，大家大多惶懼失措，不知如何應對；而惟獨大司馬吳漢卻意氣自若，一邊忙著修整戰備，一邊忙著激勵將士們。
劉秀經常派人暗中查看大司馬吳漢在忙些什麼。使者們便總是回報說，大司馬吳漢在修整戰備。
因而，劉秀常常不得不感歎道：“朕的這個大司馬（吳漢）雖然差強人意，但是仍不失為一難得的幹城之器（隱若一敵國矣）！”
而且，吳漢一向幹事勤勉。每當出師，吳漢總是朝受詔，夕即引道上路，根本就沒有時間，也沒有機會，考慮與料理自己的家事。他也從不拖延出軍的時間，這令劉秀相當滿意吳漢的兵貴神速的性格。
所以，這個吳漢雖然暴虐成性，卻一直能夠獲得劉秀的恩寵，掌控軍權，久居大司馬之位。
當吳漢在朝的時候，他的行事就又顯得敦厚和憨實，大智若愚，更是令劉秀放心。
當他出征在外的時候，他的妻子兒女們如果大肆購買田業，吳漢回家之後就總是會責備他們：“大軍征戰在外，將士們得到的賞賜還經常不足。你們為什麼還要購買，霸占那麼多的田宅地產呢？這不是要彰顯我吳漢的私心嗎？”
於是，吳漢便將這些田業盡數分與昆弟外家。
因此，大家都無不讚賞吳漢的為人。當然囉，這些讚譽，就會更加增強劉秀對他的寵信親近。
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劉秀為了安定西蜀民心，下詔追贈不與成家政權合作的常少為“太常”，張隆為“光祿勳”；征召費貽，任永，馮信，以及成家帝國的將領程烏，李育等到漢朝廷任職；用中牢（豬羊各一）的禮儀祭祀去世的譙玄，李業，王皓，王嘉等，用以籠絡西蜀吏民人心，消除一些因為吳漢屠城給西蜀黎民百姓帶來的傷害。