本來，季山嘉就有讓蔣介石到海參崴練兵，開辟北方根據地的提議，蔣介石即懷疑季山嘉和汪精衛要驅逐他，伍朝樞的話，讓蔣介石緊張起來，便向汪精衛試探說，北伐暫時難以開戰，我即利用整軍的時機到上海或者蘇俄去休息一下吧。經不住蔣介石再三要求，汪精衛同意了，而且汪精衛的夫人陳璧君不斷催促蔣介石，問他到底何時動身，蔣介石深感，“疑我謗我毀我忌我排我害我者，亦漸顯明。”
共產黨員張太雷向向蘇俄派來的布勃諾夫考察團報告說，這個時候的廣州，“形勢與謀殺廖仲愷前夕的形勢相仿，到處是謠言和傳單。”
終於，由於中山艦調動中的一個誤會，導致蔣介石於3月20日采取斷然措施，發生了“中山艦事件”。這件被蔣介石稱為“太離奇、太複雜”的事變，不期然成為蔣介石超越汪精衛、胡漢民，掌握國民黨最高領導權的奇妙機緣。
汪精衛惱羞成怒，立即著手組織“反蔣同盟”。國民革命軍第二軍軍長譚延闖、第三軍軍長朱培德、第四軍軍長李濟深、第六軍軍長程潛，對蔣介石本已嫉恨，在反蔣問題上，願以汪精衛之馬首是瞻。國民政府財政部長宋子文、黃埔軍校教育長鄧演達等，中共方麵的第一軍政治部主任周恩來等，也支持汪精衛對蔣介石采取強硬措施。蘇俄顧問季山嘉也支持汪精衛。
巧的是，此時，蘇共中央委員、蘇聯紅軍政治部主任布勃諾夫正率領考察團在廣州，布勃諾夫的地位遠遠高於季山嘉，更能代表蘇聯和共產國際，而布勃諾夫否決了汪精衛的組織“反蔣同盟”的計劃，主張繼續“利用蔣介石”，維持與他的合作關係，並同意向蔣介石作出讓步，撤銷季山嘉顧問職務，召其回國，平息風波。
事實上，就在“中山艦事件”發生前5天，共產國際第六次擴大全會，剛剛選舉蔣介石為共產國際執行委員會名譽委員。這預示著蘇聯方麵把蔣介石而不是汪精衛或者胡漢民，當做中國革命的代表和合作對象。
汪精衛遭受蔣介石和蘇俄方麵的雙重打擊，遂隱匿不出。任憑蔣介石和諸要人多此敦請，也無濟於事。蔣介石越發相信，汪精衛確實是想害他的，正因如此，才因自知理虧，做賊心虛，不敢麵對他而藏匿的。
汪精衛隱匿期間，因“廖案”被放洋的胡漢民，自蘇俄歸國，喜出望外。但是，蔣介石對胡漢民要他與蘇俄和共產黨徹底決裂的主張不以為然，與胡漢民親近、反共甚堅的右派伍朝樞、吳鐵城、古應芬還受到蔣介石打壓。胡漢民覺得事無可為，不得不灰溜溜離粵。巧合的事，負氣出走的汪精衛，正好也在同一條去香港的船上。
至此，蔣介石事實上成為國民黨的最高實權人物。
離孫中山逝世，剛剛過去一年。
在蘇俄方麵的支持下，蔣介石的冒險行動獲得了國民黨中央的認可。按照斯大林利用蔣介石，像檸檬一樣榨幹後再扔掉的思路，蘇俄方麵為滿足他們認為的蔣介石“喜尊榮、好權力，幻想成為中國英雄”的欲望，支持蔣介石的《整理黨務案》和《北伐案》，支持設立國民革命軍總司令職並由蔣介石出任。
1926年4月16日，蔣介石被任命為國民政府軍事委員會主席；6月5日，被任命國民革命軍總司令。7月6日，選舉蔣介石為中央常務會議主席。蔣介石作為國民黨最高領袖和最高實權人物的身份被逐步合法化。
但是，蔣介石的地位是脆弱的，更大的政治風暴，隨著他的崛起，即在醞釀中。