朱由校記得曆史上提到，明末西洋傳教士在中國活動，尤其以利瑪竇、湯若望等人最為著名。記得他們給當時的中國帶來新的地理和當時歐洲興起的天文曆法等知識，具體劇情他並沒有多少了解。聽到徐光啟和沈紘就南京教案爭論起來後，他倒是真的想知道南京教案是怎麼回事了。他就示意讓徐光啟講下去。
“利瑪竇等進入我朝之後，開始進行傳教。行為與道佛兩家並沒有什麼不同，一樣都是勸世人向善。當然也尊重我朝的風俗習慣，對我朝祭祖敬孔聖人並不反對，這就是利瑪竇規矩。一直執行的很好，耶穌會修士之前在京城也有過活動，對我們修訂曆法和製造火器大炮提供過幫助。利瑪竇就埋在了北京，這也是當時朝廷同意的。”徐光啟看皇上想聽，就開始詳細敘說起來。如果得到皇上的支持說不定可以為南京教案平凡。
朱由校對徐光啟說這些並不陌生，這些他在穿越前的曆史課本上都有學到過。這些應該是南京教案發生之前的事情，看來應該發生了事情，才導致了南京教案的發生。沈紘想打斷插話，朱由校示意徐光啟繼續還說。
“利瑪竇死後，耶穌會出現了分歧，個別修士如龍華民等在南京有過激言行。當時就在南京為官的沈大人就一連上了三道奏折，對耶穌會修士進行全麵否定，最終出現了南京教案，最後朝廷把所有的耶穌會修士全麵驅逐到澳門。臣同樣認為龍華民等個別的行為是極其錯誤的，對我朝的大不敬。但是像龍華民這樣有過激言行的隻是耶穌會極少數幾個人，其他人還是都遵從利瑪竇規矩的。所以臣認為不能因為龍華民極個別少數幾個人就把整個耶穌會傳教士都否定了。”徐光啟仔細回顧了南京教案後並表達了自己的觀點。
朱由校對此事並不了解，雖然他對西洋傳教士帶來科技知識很是歡迎。但是他同樣也知道這些人是傳教士而非科學家，這些來中國的根本目的還是為了傳教，後世清末民國西洋傳教士也在中國為非作歹過。所謂兼聽則明偏信則暗，朱由校等徐光啟說完後就示意沈紘說。
沈紘聽到徐光啟說起南京教案的情況後早想反駁了，畢竟他是南京教案的始作俑者。之前他想說被皇上組織，現在得到皇上的示意後，頗為激動的說到：“徐侍郎當然要替這些西方傳教士辯解，當初徐侍郎就和他們走的很近，據說徐侍郎還成為他們的教徒。當初在南京，龍華民等人的確蠱惑老百姓不得敬孔聖人和祭祀祖先，毀壞我朝的傳統，簡直就是大逆不道。”
“是有個別人有大逆不道的行為，是應該給予懲罰，但是也不能把所有人都懲罰了。眼下，我朝遼東軍情吃緊，紅夷大炮製造和購買耶穌會修士都可以幫上忙，現在曆法誤差不小，耶穌會修士能提供幫助，讓曆法更準確，為什麼不讓他們進京？”徐光啟看沈紘抓住龍華民這些的過激行為不放，覺得平凡南京教案估計很難。於是他不再在南京教案上糾纏，直接提出重新允許西洋教士重新入京眼下更為實際更為重要的事情。
沈紘看皇上快要被徐光啟說服了，馬上進一步說到：“徐光啟用西洋製定曆法的方法來修改我朝曆法，有違我華夏一直以來以堯舜製定曆法之傳統，於禮不合。”沈紘知道，在傳教士幫助製造購買紅夷大炮這個問題，不好反對。畢竟自從薩爾滸之敗到現在三年時間裏，軍情一直吃緊，於是他故意對這個問題避而不談。而是集中反對讓傳教士幫助修訂曆法這件事上，並開始就搬出上古的堯舜為自己站腳助威。
他開了個頭，把問題最後上升到傳統、祖宗之法、禮儀上。很多之前對南京教案等具體問題不熟悉不好發表意見的浙黨之人，史繼偕、朱國祚也發表意見，支持沈紘批評徐光啟。三個內閣大臣一起批駁徐光啟，徐光啟頓時就顯得勢單力孤了。
朱由校也有點心急，聽到他們幾個說什麼祖宗之法不可變之類的言論，朱由校就反感。可是他一時卻沒什麼好理由辯駁，難道告訴他們未來的世界的會有驚天動地的變化。死抱著所謂的祖宗之法，最終變得落後挨打？
就是在朱由校有這種想法的時候，韓爌開始說話了，“臣同意徐侍郎的話，那些個別過激分子予以懲處就好，大部分耶穌會傳教士還是很好的。而且眼下軍情緊急，正是用人之際，應該給耶穌會傳教士們一個機會。”
韓爌一方麵之前和西方傳教士接觸過，他族裏就有人成為了天主教徒他就沒有反對，他覺得應該應該為西方修士說句公道話。更重要的一麵是，浙黨反對西方傳教士進京，那麼東林黨就要支持西方傳教士進京。這就是政治鬥爭經常見到的一種現象，為了反對而反對，敵人支持的我們都反對，敵人反對的我們都支持。