僖宗退入內宮，細思滿朝從賊將相，如何處置的話，便立刻下旨，密令神策軍監，在京師地方，搜捉從前從賊諸將相，所有親族，一齊處斬。但那時田令孜自居功高，在朝愈見驕橫，每遇朝會，隻有令孜一人的說話，卻不許天子有所主張。僖宗心中敢怒而不敢言，隻對著左右流涕。那將士們見令孜如此驕橫，人人怨恨。秦宗權便率兵反出長安，劫略外府州縣。朱全忠、李克用也紛紛逞兵，國內幾無寧日，人人以清君側為言，擾攘數年，才得大局粗定。
僖宗啟駕回宮，沿途蒼涼滿目，觸景生悲；及入都城，更覺得銅駝荊棘，狐兔縱橫。趨至大內，隻有幾個老年太監，出來拜謁，所有前時宮女，都失散不知去向。便是懿宗在日最寵愛的郭淑妃，此時也杳無下落了。僖宗十分傷感。那田令孜又處處逼迫著僖宗，連行動也不得自由。
京兆尹王徽，雇用人夫五萬人，修治宮廷，整葺城垣，才得粗定。
忽報李克用叛兵又逼近京師，田令孜大驚，也不由分說，立刻要挾僖宗出走鳳翔。長安宮室，複為亂兵所毀，蕩然無存。
李克用見僖宗已出走，便還軍河中，上表請皇上還宮，仍乞誅殺令孜。僖宗見表，亦有還宮之意。那田令孜偏又在夜間，引兵入行宮，脅迫著僖宗，轉幸興元，黃門衛士，衛眾隻數百人。
太子少保孔緯，奉太廟神主出京，在中途遇盜，神主盡行拋棄。
那宰相蕭遘，見令孜劫奪車駕，便令朱玫率兵五千，欲追還聖駕。令孜見後有追兵，又劫僖宗西走，命神策軍使王建為清道斬斫使；沿途多係盜賊，王建率長劍手五百人，前驅奮擊，才得殺退眾賊、開出一條道路來，迤邐前進。看看走至大散嶺下，車馬不能通行，僖宗便取傳國璽，交與王建負著，君臣二人手拉住手，登大散嶺。一行人走著山中崎嶇小道，甚是遲緩。行到傍晚，忽見朱玫兵馬追至，放火焚燒閣道，頓時煙焰薰天，迷住去路；那棧道已焚去丈餘，勢將摧折。王建肩負僖宗，向煙焰中一躍而過，幸得脫險。夜宿板下，君臣二人摟抱而眠。
僖宗頭枕著王建膝上，略得休息一夜。至天色微明，王建扶著僖宗，從草際起身，僖宗不覺大哭。哭罷，僖宗即解禦袍，賜與王建道：“上有淚痕，留為他日紀念。”
至日午，一行人進了大散關，閉關拒住追兵。
朱玫攻城，數日不下，隻得退兵。路過遵塗驛，見肅宗玄孫襄王煴，病臥在驛舍中，朱玫即扶之上馬，同回鳳翔，召集鳳翔百官會議。朱玫厲聲說道：“我今立李氏一王，敢有異議的，立即斬首。”
百官麵麵相覷，不敢發言。朱玫便奉襄王煴，權監軍國事。李玫自任左右神策十軍使，次年改立襄王為帝，改元建貞，獨攬大權。他部將王行瑜，朱玫原令他帶兵五萬，進攻大散關的，至此時，行瑜忽然回至長安。朱玫見他擅自回師，不覺大怒！召行瑜入內，朱玫怒目相視，大聲喝道：“汝擅自回京，欲造反耶？”
行瑜亦厲聲答道：“我不造反，特來捕殺反賊。”
說至此，便舉手一揮，門外擁進一群武士，擒住朱玫，立刻斬首。又殺朱玫同黨數百人，又殺死襄王煴。
王行瑜一麵迎僖宗返蹕鳳陽，一麵奏請奪田令孜官爵，流為端州令。次年，僖宗又從鳳陽回京，人民流亡，城郭已墟。
進得宮來，更是滿目荒涼，井敗垣頹。僖宗連年奔波，受盡恐嚇，吃盡辛苦，如今眼見著這淒涼景象，便終日悲傷。從來說的憂能傷人，僖宗入宮的第二日，便已抱病，勉強趨謁太廟，次日疾病大作，臥床不起，不上一個月，竟致不起，群臣入宮商議大事。因僖宗子年幼，便欲立皇弟吉王保為嗣皇帝。獨楊複恭請立皇弟壽王傑，傑原是懿宗的第七子，為懿宗後宮王氏所出。僖宗一再出奔，傑隨從左右，常得倚重，至是由楊複恭寫了壽王名字，趨至僖宗榻前。此時僖宗口已不能言語，隻略點首。僖宗當晚駕崩，遺詔命皇太弟傑嗣位。百官率禁軍從壽王邸中，迎新皇帝入宮，在柩前即位，稱為昭宗。
昭宗體貌雄偉，時露英氣，又喜文學，常與文學大臣親近。
每與丞相孔緯說起僖宗威令不行，朝綱日落，有恢複前烈的意思。立淑妃何氏為皇後，立戒不得寵任宦官。但宦官專權，已曆數代，一時積重難返。當時宮中有一宦官劉季述，最是奸險陰惡，數千太監，都是他的同黨。如今見昭宗的行為，處處與宦官為難，心中十分憤恨！便與王仲仙，樞密王彥範、薛齊偓等，陰謀推倒昭宗，立太子為嗣皇帝。恰巧昭宗在苑中圍獵，多飲了幾杯酒，醉意甚濃，回至宮中，天色已是昏暗。一小太監與二三宮女，在殿頭捉迷藏，不提防萬歲駕到，一個小太監箭也似地跑過來，與昭宗撞個滿懷。昭宗大喝一聲，那小太監慌得忙爬在地下，不住地叩頭。昭宗便拔下佩劍，親自去砍下太監和宮女的腦袋來，血染袍袖，怒衝衝地跑到皇後宮中，責何皇後約束不嚴。何皇後也伏地請罪！