無公害農產品管理工作，由政府推動，並實行產地認定和產品認證相結合的工作模式。省級農業行政部門負責組織實施產地認定工作；農業部農產品質量安全中心負責產品認證工作。
（一）無公害農產品認證縣級承辦機構
1組織本轄區無公害農產品的申報。
2按照程序文件規定，對申報材料進行形式審查，重點審核和考查申報材料的真實性。
3按照審查分工，完成認證初審並按規定要求填寫“無公害農產品產地認定與產品認證報告”和“認證信息登錄表”。
4參加省、地（市）承辦機構組織的現場檢查，協助檢測機構進行產品抽樣。
（二）無公害農產品認證地級承辦機構
1按照程序文件規定，審查申請書填寫是否規範、提交的附報材料是否完整和“無公害農產品產地認定證書”是否有效。重點對申報材料進行形式審核。
2按照審查分工，完成認證初審並按規定要求填寫“無公害農產品產地認定與產品認證報告”，審核“認證信息登錄表”。
3參加或受省級承辦機構委托組織本轄區的現場檢查，協助檢測機構進行產品抽樣。
（三）無公害農產品認證省級承辦機構（省級農產品質量安全中心）
1對申請材料進行登記、編號，並錄入有關認證信息。
2按照程序文件規定，審查申請書填寫是否規範、提交的附報材料是否完整和“無公害農產品產地認定證書”是否有效。
3組織現場檢查，根據現場檢查情況核實申請材料填寫內容是否真實、準確，生產過程是否有禁用農業投入品使用和投入品使用不規範的行為。
4申請材料初審合格的，通知申請人委托有資質的檢測機構進行抽樣、檢測。
5按照審查分工，完成認證初審並按規定要求填寫“無公害農產品產地認定與產品認證報告”。
6初審合格的申請材料連同“無公害農產品產地認定與產品認證報告”以“報審單”的形式按規定報部中心所屬三個專業認證分中心，同時將“認證信息登錄表”報農業部農產品質量安全中心審核處。
7督促認證申請人補報農業部農產品質量安全中心、三個專業認證分中心審查過程中要求補充的認證材料。
（四）農業部農產品質量安全中心專業認證分中心
1接收省級承辦機構報送的認證申請材料及“無公害農產品產地認定與產品認證報告”。
2複查省級承辦機構初審情況和相關申請材料。
3審查生產過程質量控製措施的可行性。
4審查生產記錄檔案和“產品檢驗報告”的符合性。
5根據審查過程中發現的問題，通知省級承辦機構或申請人補充相關材料，必要時組織現場核查。
6按照審查分工完成認證材料的複查工作並按規定要求填寫“無公害農產品產地認定與產品認證報告”。
7及時將認證申請審查情況和“無公害農產品產地認定與產品認證報告”以“報審單”形式報中心審核處。
8協助農業部農產品質量安全中心製定認證相關規範和技術要求。
（五）農業部農產品質量安全中心
1接受省級承辦機構報送的“報審單”和“認證信息登記表”。
2接受三個專業認證分中心報送的“報審單”和“無公害農產品產地認定與產品認證報告”等材料。
3根據三個專業認證分中心審查推薦情況，組織召開認證專家評審會。
4根據專家評審意見完成整個“無公害農產品產地認定與產品認證報告”內容的填寫。
5督促、落實專家評審意見及整改建議。
6審批、頒發認證證書，並核發認證標誌。
7組織、協調和指導三個專業認證分中心、各省級承辦機構和相關的檢測機構科學、公正地做好無公害農產品認證工作。