元世祖忽必烈至元八年(1271年)定國號為元，建立了元朝。到至元十六年(1279年)，元滅南宋，統一全國。
《元史地理誌》記元朝的疆域北逾陰山，西極流沙，東盡遼左，南越海表，唐所謂羈靡之州，往往在是，今皆賦役之，比於內地。
元朝政府的組織大都遵用漢法。在中央設中書省統領全國行政，樞密院管理軍事，禦使台負責監察。在地方設行中書省，簡稱行省或省。行中書省各設翠相一人，凡地方，軍政大事無不統領。行中書省下為路，路下為府，府下為州、縣。路、府、州、縣皆設達魯花赤(親民官)，掌管並督察轄區的行政。
早在南宋寶佑四年(1256年，蒙古憲宗七年)，原屬於矢部的彝族首領益智(烏蠻暴蠻部阿台、於矢部阿旺仁後人)附蒙古，蒙古於是在益智勢力範圍置於矢萬戶府，命益智為萬戶，世襲。
元至元十三年(1276年)，元朝政府在雲南設置行省，下設路、府、州、縣，又設置若幹軍民總管府。雲南地區(包括興義及黔西南部分地區)從南北朝以來的長期割據局麵至此結束。是。年，元改於矢萬戶府為普安路總管府，治所為如今貴州省盤縣東部舊普安鎮，轄地有今貴州省普安、興仁、盤縣、安龍以及宋時屬自把國的興義，還包括雲南省富源等縣市的一部分。興義地區重歸中央政權管轄。此時，興義元建置，稱為普安路黃草壩地。
元至元十四年(1277年)，普安路總管府升為普安招撫使，司。元至元十六年(1279年)，南宋滅亡，普安招撫使司改為普安宣慰司二一二年(1285年)複改為普安路總管府，隸雲南行省曲靖等處宣慰司。
元代的貴州尚未建省，分屬湖廣、四川、雲南3個行省之邊遠毗鄰地區，民族情況複雜，社會經濟發展滯後，土官的設置特別密集，成為一個重要的土司地區。當時貴州土司主要有以下幾個。
1.八番順元等處宣慰司管轄下的順元路軍民安撫司，領蠻夷長官司22個。它以今貴陽為中心，包括修文、息烽、開陽，東回至龍裏，西迄黔西，南接惠水，地處貴州中部各重要驛道交會處，為軍事重鎮，設有都元帥府控攝。八番九安撫司及蠻夷長官司即在原八番之地設立9個安撫司和3個蠻夷長官司，但其地，狹小，9個安撫司的治所均集中在今惠水縣。其轄境包括惠水全境、平塘西部、長順東部、羅甸北部和貴定南部。管番民，總管府之總管為惟元代有的一種土官職銜。領有金竹府、都雲軍民府、乖西軍民府及11州、39蠻夷長官司，後改都雲軍民府為都雲定雲安撫司，在今黔南自治州境內。恩州軍民安撫司設治水德、江(今德江)，後遷龍泉坪(今鳳岡)，又因司署毀於火，移治清江(今岑鞏)，稱新治為思州，而稱故思州為思南。領1府、14州、1縣、52長官司，轄地甚廣，包括今銅仁地區及黔東南自治州的一部分。