除了行政區劃的調整，為了鞏固中央集權，清政府不但在清初實行了削藩，並且在雍正年間開始實行大規模改土歸流的政策。所謂改土歸流，即指在西南一些少數民族地區廢除土司製度，實行流官製度的改革。前麵我們介紹過，自元朝開始就形成了土司製度，但是，這一製度弊病很多，常常造成土司對中央叛服不常，進而騷擾與其轄地接壤的漢民此外，各土司之間也不斷發生戰爭。例如清順治年間平西王吳三桂統治西南地區開始，各地士司、士目或依附南明、大西軍等反清力量，或各自以轄區勢力為主進行反清目活動。清順治十七年八月二十八日(1660年10月2日)吳三桂向朝廷奏言貴州水西土司安坤久蓄異謀，近聞刑牲祭鬼，將為不軌。又馬乃土目龍吉兆兄弟，私受李定國偽敷，繕器稱兵，逆形已彰為了解決相括日久的土司割據積弊，明清兩朝的統治者太多主張實行改士歸流政策。即在條件成熟的地方，取消土司世，襲製度，設立府、廳、州、縣，派遣有任期限製的流官進行轄地管理。由於各土司勢力強橫，在改土歸流過程中，經常出現武裝對峙，甚至大規模的戰爭。如明代廢普安安撫司置普安州，就是以普安安撫司慈長謀不軌為由。而清廷也正是在平定了各目路土司武裝後，再一統西南江山。如雲貴總督趙廷臣於清順治十八年(1661年)七月平定普安州馬乃土司。
康、雍、乾時期，清朝國力強盛，雍帝又是銳意進取的君主，因此，大規模推行改士歸流的條件巳趨成熟。
清雍正四年(1726年)雲貴總督鄂爾泰數次上書，全麵闡述改土歸流的必要，奏請立即推行。他建議對不法土司用計擒為上，以兵剿為次使其自動投獻為上，勒令納土為次既要用兵，又不專恃用兵，以武力相震懾，力爭以政治手段解決。他要求調整雲、貴、)1/等省邊境的不合理的行政區劃，以便統一事權，使地方官相機行事。雍正對此甚為讚賞，令其悉心辦理。同年五月，首先平定貴州長寨土司的叛亂，設立長寨廳(今貴州長順)。不久，清廷將原隸屬四川的烏蒙、鎮雄、東川三土府劃歸雲南。鄂爾泰派遊擊晗元生領兵摧毀了叛亂的烏蒙土知府祿萬鍾、鎮雄土知府隴慶侯的勢力，改設烏蒙府(後改稱昭通府)、鎮雄州。清雍正五年(1727年)，清廷以威懾力量革去淚城土知府岑映艇的職務，在其屬南盤江以北地區設置永豐州(今貴州貞豐縣)，劃歸貴州統轄。雍正帝為使雲南、貴州、廣西的改土歸流回事務得以統一籌劃，特於清雍正六年(1728年)底任命鄂爾泰，為雲、貴、廣西三省總督。同年，命貴州按察使張廣灑在黔東南推行政土歸流政策。張廣淚帶兵深人黎平府古州(今貴州椿江縣)、都勻府丹江今貴州雷山縣)苗、伺等族村寨，設廳，置同知。與雲南、貴州、廣西接界的湖南、湖北、四川等省的土司，本來就靠近內地，勢力有限，在形勢壓力下紛紛請求交出世襲領地及土司印信，歸政中央。對土司本人，根據他們的態度給以不同的處理。對自動交印者，多加賞賜，或予世職，或給現任武職。對抗拒者加以懲處，沒收財產，並將其遷徙到上述六省以外的內地省份，另給田房安排生活。在設立府縣的同時，添設軍事機構，如貴州增加古州鎮、台拱鎮[其意義與現代的鄉鎮有別。清乾隆十八年(1753年)後，總兵始定品軼，官階為正二品，受提督統轄，掌理本鎮軍務，又稱總鎮。其直接統轄的綠營兵稱清政府在改土歸流地區，清查戶口，丈量土地，征收賦稅，建城池。原來土司隻交納很少的貢賦，而將殘酷掠奪屬民所得的大量銀兩盡收於己改士歸流後，變革賦役方法，廢除原來土司的征收製度，與內地一樣，按地畝征稅，數額一般少於內，地，土民所受的剝削稍有減輕。改土歸流的地區，包括滇、黔、桂、川、湘、鄂六省，其中貴州省政土歸流的地區之廣，大約相當於原設府縣的麵積。改土歸流涉及的民族很多，有彝族、苗族、布依族、壯族、伺族、哈尼族、瑤族、水族等。