清算公司按照“銀貨兩訖”、“即期交收”和“實行T+3交收”的原則組織B股的中央結算和交收。
投資者在向結算會員申請開立B股股票賬戶時，要填寫清算公司統一製作的投資者開戶登記表，由清算會員蓋章後與投資者的有效證件複印件送至清算公司，清算公司將開戶登記資料輸入股東數據庫，並通過結算會員以“開戶確認書”形式向每一個投資者提供一個股票賬戶代碼。
對於投資者因B股上市公司發行新股、派紅股等認購和獲得的B股，清算公司將根據承銷商編製、提交的認購清單和經核準的上市公司分配決議辦理股權登記，對交易市場B股買賣引起的股權變更，由清算公司根據結算會員的交收指令辦理股權登記。
7.深交所B股交易指南
深交所的B股交易方式分為集中交易和對敲交易，分別在交易所的集中交易和對敲交易係統中完成。
（1）集中交易指在B股交易時間內通過深交所的集中市場交易係統達成的交易。
（2）對敲交易指B股證券商在開市後至閉市前5分鍾將其接受的同一種B股買入委托和賣出委托配對後輸入，經交易所的對敲交易係統確認後達成的交易。對敲交易僅限於股份托管在同一證券商處且不同投資者之間的股份協議轉讓。每筆交易數量須達到50000股以上。申報內容包括證券代碼、買賣方股東代碼、買賣方合同序號、對敲價格、對敲手數，對敲交易經對敲交易係統接受後，不可撤消。對敲交易的價格幅度為“前一交易日收盤價加20個價位與當日價中取一個最高價為上限”，“前一營業日收盤價減20個價位與當日最低價取一個最低價為下限”。例如，某支B股前一交易日的收盤價為HK＄5.80加20個價位（0.20）為6.00，當日最高價為6.10，則當日對敲交易價格上限為HK＄6.10；反之，減20個價位（-0.20）為HK＄5.60，當日最低價為HK＄5.70，則當日對敲交易價格下限為HK＄5.60。境內居民個人與非居民之間不得進行B股協議轉讓。境內居民個人所購B股不得向境外轉托管。
深圳B股的交收期為T+3日，即在某一個交易日成交的股票將在第四個交易日完成股份的過戶及資金的收付。在交易所買進並確認成交的股票可於當天全部或部分賣出，但股份及資金淨額的最終交收需在T+3日完成。
結算公司根據交易所成交資料及結算會員指令進行股份及資金的結算交收。
結算公司根據交易所交收指令的對盤與配對的成功來保證交易所發生的每筆交易如期交收，並實現“貨銀對付”。
（1）指令及報送方式
用於完成同一投資者在不同結算會員之間進行股份轉移的指令為二類指令（目前僅適用於境外B股經紀及1托管銀行）。
證券商及托管銀行通過B-COM（結算公司客戶終端服務係統）或傳真在B股中央結算係統規定時限內向結算公司發送各類交收指令。
（2）結算交收程序
①在交易所達成的所有B股交易記錄在當日收市後傳送至結算公司的B股中央結算係統。在T+1日，結算係統根據成交資料生成交收指令。
②T+2日中午12：00前，使用二類指令的結算會員需將該指令發送至B股中央結算係統，係統將於T+2日下午完成二類指令的配對，不配對指令的，修正需在T+2下午完成。二類指令配對完成後，進行試交收，打出試交收報告及各參予結算會員。
③T+3日中午12：00前，應付款結算會員須將應付資金劃至結算公司指定賬戶。T+3下午4：00前，結算公司進行股份及資金的最終交收，打出應交收確認書通知各參予結算會員。
股份托管於境內證券商處的客戶辦理轉托管時需填寫轉托管申請表，填寫轉托管資料，包括：股東代碼、股東姓名、證券代碼、證券名稱、轉出股數、轉出\/轉入券商名稱和代碼。申請表需交由轉出或轉入證券商簽章確認，如於工作日12：00前傳給結算公司，該筆轉托管將第二天到賬。結算公司向轉入證券商處委托賣出，獲確認的轉托管股份，投資者即可在轉入證券商處委托賣出。轉托管費為每次每戶100港元。