此後，39歲的陳修良與時任華中分局城工部部長的丈夫沙文漢悲壯作別，隱姓埋名潛入南京。
華中分局副書記譚震林負責傳達中央的任命。譚在江蘇淮安的一處農舍裏約見了陳修良。
麵對當時國民黨蓄意破壞政協協議、全國內戰一觸即發的極為嚴重的局麵，譚震林談話的重點是地下市委如何站穩腳跟，保障安全。
在如何開展有效鬥爭這一問題上，譚也直言不諱地講到了這方麵的巨大困難。
南京是名副其實的虎狼之地。國民黨當局對“國都”的特務統治，到了空前絕後無以複加的程度。
全市的96萬餘人口當中，國民黨的黨、政、軍、憲、特的機關人員就占了11萬多，其中專職特工有9700餘人。
不管白天黑夜，哪條街道上都找得出三五個化了裝的軍警特務。正是在這樣一座白色恐怖的都市裏，從1927年蔣介石“清黨”以來，中共在南京的地下組織連續8次遭到敵人的毀滅性破壞，先後有8名市委書記獻出了生命！陳修良做為第9位書記，華中分局也為她捏著一把汗。
到1946年初，原中共南京工作委員會發展有地下黨員約140人，蘇南區黨委係統還有黨員40多名，淮南區黨委係統有30多名。擺在陳修良麵前的問題就是如何充分發揮這220名黨員的作用。
但是，作為一名市委書記，陳修良深深地知道，任何一個小小的疏忽，都可能導致一場個人以及組織的滅頂之災。
很快，陳修良召開了重組後的南京市委第一次會議。那時候的南京市委僅5個人：書記陳修良、副書記劉峰，委員朱啟鸞、方休、王明遠。
地下黨黨員張傑的父親是一位同情革命的進步人士，他在磨盤街45號有一座獨門獨戶的小院，於是在這個靜謐的後院裏召開了重新組建的南京市委第一次委員會議。
會議開得簡短緊湊。陳修良在傳達華中分局對南京市委的指示之後，對南京市委組織機構與工作方法提出了一係列革命性的建議。
兩軍對壘，情報的靈通、準確與否對於戰爭勝負的重大意義早已為古今中外的政治家、軍事家所矚目。
作為1933年即參與共產國際遠東情報隊伍的陳修良，對此當然有著深刻的理解。
根據華中局的指示，陳修良在市委專門設立了以盧伯明為負責人的情報係統；1948年又專門設立了以沙廣威為首的策反係統。這兩個係統都由她單線聯絡，並直接向上海局報告。