與此同時，帝國的神經中樞——超級量子腦“雅典娜”下令第二和第三躍遷平台守軍增援首都星。第四躍遷平台守軍迅速占領第一躍遷平台，第五躍遷平台進入一級戰備狀態。封鎖所有通往外界的星門，嚴禁任何艦隻脫離首都圈範圍；命令第7機動艦隊指揮官馬休上將，第11機動艦隊指揮官陶德中將迅速趕往鹹池三丁待命。
12個小時之後，多次高層磋商未果，席爾維斯特下令發動行星登陸作戰，並親自率領陸軍圍攻帝國星際指揮學院。指揮學院的學生奮起反抗，在人員數量，裝備質量都處於絕對弱勢的情況下，失敗已成定局。在最後防線被攻陷前，臨時指揮官沃克下令進入遺跡內部，啟動遺跡戰艦，進行突圍。15艘遺跡戰艦隨即升空，名聲大噪的“蒼穹”號戰艦一馬當先，突破4萬5千多艘高級戰艦的重重包圍，向第五躍遷平台挺進。第五躍遷平台守將尼克得到消息後，下令艦隊收縮陣型，扼守星門要塞，同時命令潛伏在其他四個躍遷平台的附近的得力部下，將所有星門全部炸毀。整個首都圈與外界的聯係全部中斷。
暴跳如雷的席爾維斯特回到旗艦之後，勒令手下的科學家對遺跡進行大規模的挖掘工作，希望能從遺跡當中發現他們所需要的東西。挖掘工作持續了1個多月，一直沒有進展。接到“雅典娜”命令的外圍部隊，也陸續趕到了鹹池三丁，與鎮守第五躍遷平台的尼克將軍對峙。帝國超過60％的艦隊都集中到了一起。
反叛事件發生之後的第47天，鹹池三丁的聯合艦隊對第五星門發起了總攻，一直在首都圈內逃避圍剿的“蒼穹號”率領遺跡戰艦出現在平台守軍的背後，腹背受敵的尼克軍的覆滅隻是時間問題。
走投無路的席爾維斯特,在平台被攻破的同時，下令往遺跡上空投擲核物質炸彈.。一場毀滅性的災難由此產生：炸彈激活了遺跡內部的龐大能量，一場史無前例的空間風暴橫掃首都圈周圍數千光年，上千個星係受到波及，所有電子設備完全銷毀，無數的人在這場風暴中喪生與失蹤。而位於風暴中心的首都圈反而沒受到多大的破壞，隻是產生了一次大規模的時空轉換，單一切都平靜下來之後，昔日繁華的首都圈已經沒有任何一個能活動的生物了，剩下的隻有一片片死寂的遺跡在無聲的控訴著……
更為糟糕的是超級量子腦“雅典娜”，這個人類三千多年的科技結晶毀於一旦。三千多年來，“雅典娜”已經深入了人們生活的各個角落，2200多個人類星係，在她的管理下井井有條，人類已經習慣了在她無微不至的照顧，突如其來的變故令整個人類世界一片混亂。殺人，強奸，謀殺……各種嚴重的暴力事件充斥著整個銀河係。其中，最為猖獗的當數星際海盜了，他們在各個星係之間流竄作案，無惡不作，人們對他們恨之入骨，又無可奈何。
帝國曆3373年2月，在經曆了長達三年的大混亂之後，以人類的母星——地球為依托，雷曼帝國宣布成立，原帝國元帥雷歐－雷坦斯，加冕成為第一任雷曼皇帝。在宣誓典禮上，雷曼皇帝發表第一次聲明：雷曼帝國將以恢複原帝國的榮耀為己任，雷曼帝國的目標隻有一個——原帝國首都圈。
同年6月，原帝國第8艦隊指揮官凱莉－蓋，憑借其強大的艦隊，與身為女性的優勢，獲得了處於母係社會形態的瑪雅氏族的承認，宣布成立瑪雅帝國，成為第一代瑪雅女皇。針對雷曼帝國的聲明表示：瑪雅帝國將永遠處於獨立狀態，如果雷曼帝國想像原帝國那樣奴役瑪雅氏族，那麼瑪雅帝國將不惜與其一戰。
帝國曆1374年1月，原帝國最大的財團－羅斐拉財團，聯合其他幾大財團，成立羅斐拉財團合眾國，羅斐拉財團董事長，天才科學家摩帝馬出任第一任理事。同時宣布羅斐拉財團合眾國將始終保持中立，不支持，不參與，不反對其他各國的任何軍事行動。同時希望各國給予商業上的便利，作為回報，羅斐拉財團將以統一價格提供各國所需的物資，包括軍事物資。
原帝國第2大財團卡得裏家族，憑借手下強大的船隊，以迅雷不及掩耳的趨勢拿下其領地周圍的上百個星係的控製權，於同年5月宣布成立卡得裏集團，家族族長席拉出任首任執行總長。與其他勢力不同的是，卡得裏集團並沒有發表任何宣言，在拿下星係的控製權以後也沒有進一步的行動，隻是默默的進行著星係的殖民與安撫工作。
位於銀河最北方的廣大地區，也是海盜最猖獗的地區，形勢仍然是一片混亂。迫於各方麵的壓力，原帝國上將馬休將軍，聯合周圍的一些殘餘部隊與星係於帝國曆3375年7月，成立了艾爾聯邦，宣布就職聯邦第一任總統，並發表聲明：艾爾聯邦的敵人隻有一個，那就是星際海盜。艾爾聯邦不希望與其他任何勢力發生武裝衝突。
原本混亂不堪的銀河係終於迎來了短暫的安寧，各大勢力都在努力的穩固自己的地盤，清理自己境內的海盜，恢複經濟，發展科技，與此同時，混亂的種子也在悄悄的發芽……