三讓兒子景龍四年（710）六月，中宗被韋皇後和女兒安樂公主毒殺。改立少帝李重茂，改元唐隆。起初，宰相十幾人集體商議並由上官婉兒執筆的中宗遺詔是由韋後以皇太後臨朝稱製，而以時為安國相王的睿宗加太尉參謀輔政。後來，韋後的黨羽認為不應該用相王輔政，實際上是韋後想仿效武則天把持朝政，把睿宗當作了一大障礙，是對曾經做過大唐皇帝和皇嗣的睿宗心懷疑忌。睿宗在先有中宗顧托遺誌，而韋後自懷私心剝奪其輔政權力的時候，他也從沒有正麵爭鋒，一如既往地恭儉退讓，避免遭到已經把持了朝政的韋後的陷害。這說明睿宗在躲避政治鬥爭漩渦的衝擊時，具有尋常人不曾具備的高超本領。
由於倒行逆施，韋後最終走上了末路窮途。睿宗的三子李隆基、妹妹太平公主等聯絡禁軍將領擁兵入宮，將韋後誅殺，廢黜少帝李重茂，擁立睿宗重新登基。根據史書記載，在這場宮廷政變成功後，王公百官上表，認為國家多難，應立長君，認為睿宗眾望所歸，推舉他即位。在少帝下詔讓位的時候，睿宗依舊上表推讓。在眾人的強烈要求下，他才勉強同意。唐隆（710）元年六月二十四日，睿宗即位於承天門樓，大赦天下。
由於少帝李重茂自六月初七即位，二十四日就遜位，前後不足一個月，加上這期間還有韋後臨朝，他實際上並沒有掌握權力，所以無論是唐朝曆史上還是在曆史年表的譜係上都沒有把他當作一任皇帝。
睿宗這次即位後的第二個月，就把誅韋有功的三郎李隆基立為皇太子，同時，改元景雲。到延和元年（712）八月二十五日，在位26個月的睿宗再次讓位，把皇位傳給了太子李隆基，自稱“太上皇帝”。至此，睿宗的第三次讓位也宣告完成。
綜觀睿宗的三讓天下，他一讓母親，應係情非得已；二讓皇兄，原是事出有因；三讓兒子，可謂實屬無奈。不過，睿宗三讓天下，均保自己平安如初，有驚無險，就連司馬光也評價說：“相王寬厚恭謹，安恬好讓，故經武、韋之世，竟免於難。”然而，睿宗是不是真的“好讓”，倒也未必。隻是他這最後一讓，竟讓出了一個新君玄宗，唐朝在玄宗時期步入了一代太平盛世，倒也不能不說是一大成果。畢竟，開元盛世的來臨，是在睿宗之後的曆史延續。
“太極”，是睿宗第二次在位期間的年號。景雲三年（712）正月初一，睿宗拜謁了太廟的列祖列宗，第二天才在正殿接受了群臣的新春朝賀。之後，他又舉行了南郊祭天大禮，大赦天下。“太極”的年號是在完成了這一係列舉動之後才更改的。
這年五月，睿宗又在北郊祭祀，並改元為“延和”。也就是說，僅僅這一年，睿宗就使用了景雲、太極、延和三個年號。而這一年中，睿宗作為皇帝也是飽受折磨，原因是他要在兒子李隆基和妹妹太平公主之間尋求權力的平衡。雖然“太極”年號隻使用了不到半年，但睿宗在這一階段一直是在大耍太極功夫。
睿宗再次登基以後，在選擇繼承人時也犯過難。三郎李隆基因為誅殺韋後、安樂公主以及擁立睿宗有大功；而李成器（李憲）是嫡長子，睿宗第一次稱帝時曾經被立為皇太子。在二人之間取舍，他一時也不便輕易表態。好在李成器明白事理，提出“國家安則先立嫡長，國家危則先立有功”，主動退避。
睿宗選立李隆基為皇太子以後，太平公主和太子之間就因為權力之爭發生了矛盾，展開了較量。
太平公主自恃功高，企圖獨攬大權，同樣因功而被立為皇太子的李隆基明察果敢，非等閑之輩，他們之間勢必會有所衝突。很快，太平公主就發現自己低估了太子，不免對其過人的英武有了幾絲忌憚。從此，太平公主就把太子李隆基看成了自己政治上的對手，很想利用自己的權勢換一位暗弱易製的人取代他。
睿宗在公主和皇太子之間，遇事遷就，采取不偏不倚、擺平兩方的平衡政策，不願意也無法偏倚任何一方。每宰相奏事，睿宗總是會先問：“嚐與太平議否？”再問：“與三郎議否？”當得知了公主和太子的意見以後他才做決定。