哈布斯堡皇室的權勢，在腓特烈三世之子馬克西米連一世(Maximilian I)統治期間(1493年-1519年)，通過皇室聯姻，得以進一步增強。
馬西米連本人，於1477年8月18日迎娶勃艮地公爵獨女瑪利(Mary of Burgundy)。這段姻緣，將屬於勃艮第公國的，自法國南部至荷蘭、比利時的領地通通並入哈布斯堡皇室領地。
馬西米連的兒子美男子菲利浦(Philip the Handsome)，於1496年，迎娶西班牙女王儲胡安娜，開創了西班牙哈布斯堡王朝。不過，菲利浦將母親勃艮地公爵的領地也帶入西班牙王室，種下了西班牙與法蘭西衝突的火種。
馬西米連的孫子，日後的神聖羅馬皇帝費迪南一世(Ferdinand I)於1521年5月25日 迎娶了波希米亞郡主安妮(Anne of Bohemia)，次年，費迪南的妹妹瑪利亞郡主(Maria of Austria)嫁與匈牙利兼波希米亞國王路易二世(Louis II of Hungary & Bohemia)，這兩段婚姻為日後奧地利吞並波希米亞和奧匈合組二元帝國埋下伏線。
馬西米連的兒孫，多與外國王族通婚，哈布斯堡王朝在歐洲的影響，大大增強。
馬西米連精心安排的政治婚姻，使他的孫子查理五世(西班牙稱卡洛斯一世)成為歐洲的霸主。
1506年，查理的父親美男子菲利浦英年早逝，查理便繼承了勃艮地公爵一職，成為了尼德蘭(今日的荷蘭和比利時)的統治者。
1516年，查理的外祖父，阿拉貢國王費迪南二世病逝，查理因此成為了西班牙國王卡洛斯一世。自此，西班牙全國、意大利南部的西西裏島、薩丁島、那不勒斯王國以及西班牙在美洲的殖民地都成了哈布斯堡王朝的管治領域。
1519年，查理的祖父，神聖羅馬皇帝馬西米連一世病逝，查理繼承帝位成為查理五世，並承繼了家族對奧地利和阿爾薩斯的管治。
此時，查理五世成了統治最多領土的歐洲君主，不過仍然不斷出征，如對付基督新教徒以及顎圖曼帝國的入侵。因此，查理五世所統治國家的內政，多由他的代理人處理，在西班牙的代理人是他的兒子菲利浦王子，而在奧地利是他的弟弟費迪南大公。
雖然，哈布斯堡皇朝的領地麵積已冠全歐，但皇朝為擴張而進行的征戰一直繼續。
1526年8月29日，匈牙利兼波西米亞國王路易二世與顎圖曼土耳其蘇丹"奇跡王"蘇萊曼一世，在匈牙利首都布達佩斯附近的摩哈赤激戰，史稱第一次摩哈赤戰役。土耳其軍戰勝匈牙利軍，路易不幸戰死沙場。
但顎圖曼帝國並無長期占領匈牙利，反而在9月時撤軍。此時，神聖羅馬皇帝查理五世的弟弟，奧地利大公費迪南以路易的姐夫身分繼承匈牙利和波西米亞國王。雖然在匈牙利出現了爭位者，但很快便被平定。自此，匈牙利、波西米亞和摩拉維亞一直在哈布斯堡皇朝的管治之下，直至1918年。而西裏西亞(今日波蘭南部)也暫時成為哈布斯堡皇朝的領地。