重新召集起來的一千村勇都是有實戰經驗的，所以對他們的基礎訓練並不用太長的時間，經過一個月左右的訓練後劉卓陽直接將他們分散到各隊之中，直接變成了職業軍人。
現在張彪依然統領是三百人的騎兵隊，不同的是現在已經有了戰馬，成了真正的騎兵；王二虎的虎衛隊擴充到八百人，方久成統領八百，而剩餘一百則由李綱從所有軍隊中挑選出精壯之士，訓練為劉卓陽的親兵衛隊。
而光是對軍隊進行重新編製還無法增強軍隊的戰鬥能力，劉卓陽的手下什麼人都有，打起仗來隻能勉強用最簡單的陣行隊列進攻和防禦，行軍之中也是一片的混亂，各隊的號令也是雜亂無章，進攻起來一陣的亂衝，說到底隻是比土匪和沒有訓練的私兵還有臨時招募的壯丁要強上一些，真要碰到專業的大隊官兵，劉卓陽實在不敢想象。
因此劉卓陽接下去馬上又對軍隊的號令進行重新編製。這個時代可沒有什麼電話、無線電、衛星通信，指揮軍隊除了各傳令兵喊話之外，靠的就是金鼓旗幡。鳴金就是戰鬥勝利，結束收兵；擂鼓就是進攻的號令；旗幡則是指揮軍隊行動的工具，沒有了這些東西，軍隊指揮就是一片混亂，到最後所有人馬隻能是各自為戰，因此劉卓陽下了大力氣來統一號令。
每一百人隊就有自己的一麵旗幟，每一個士兵都必須認清自己所在隊伍的旗幟。隻要看到本百人隊的旗幟豎立，就要馬上收拾自己的裝備聽候命令。如果旗幟向左動就是要立即向左前進，向右揮動就要向右前進，向前揮動就要向前前進，向後揮動就要向撤退。而如果旗幟被收了起來，所有人就要停下來聽從命令，如果大旗沒有豎立，那就是天崩裂也不許擅自移動。
除了各百人隊的旗幟之外，先鋒部隊將設有五色軍旗，一般隻允許舉一麵旗。五色旗的主要作用為：行軍途中遇到樹林，就把青色的軍旗高舉；遇到沼澤，就把黑色的軍旗高舉；遇到其他軍隊，就把白旗高舉；遇到山勢險要的方，就把黃旗高舉；遇到煙火，就把紅旗高舉。一旦走過，就要把相應的軍旗收起來。
如果道路隻可以行軍一列，就舉一麵旗幟；如果可以行軍兩列，就舉兩麵旗幟；可行軍三列，就舉三麵旗幟；可行軍四列，就舉四麵旗幟；拔營行軍的時候，就舉五麵旗幟，後麵的部隊依次傳遞。
而如果前麵的哨兵發現敵人，形勢危急，就揮動紅旗；形勢不是很危急，就揮動黃旗；敵人人數眾多，就揮動青旗；人數不多，就揮動白旗；前方無路可行，就揮動黑旗。前麵的士兵揮動軍旗，後麵的就要跟著依次揮動。如果敵人沒有來進攻，就停止搖動軍旗。絕對不允許遇見敵人，揮動軍旗之後，不論敵人是否進攻就一窩蜂後撤，否則軍法嚴懲。同樣如何胡亂豎立和揮舞軍旗，同樣要軍法嚴懲。
統一了號令，那麼接下來就是軍法，劉卓陽現在根本就沒有一個成文的軍紀，不過劉卓陽也是幸運的，因為手下人各自出身的不同，都互相監視著不敢亂來，所以擾民的事情發生得極少，而劉卓陽也一再要求不許屠殺俘虜，看著無數的敵人自動扔掉了手中的兵器，乖乖在那裏投降，嚐到甜頭的手下人也漸漸習慣了不屠殺俘虜，可劉卓陽知道，如此自覺的事情並不會維持太久，一定要有完善正規的軍紀才可以。
“在沒有我的命令和主帥的命令隨意砍伐百姓樹木，糟蹋百姓田產，燒毀百姓房屋，偷盜財物者，初歸還百姓財物，賠償百姓損失之外，還要根據情節大小進行懲罰，最少十軍棍，最高則為一百軍棍！”
“在沒有我的命令和主帥的命令之下，殺戮百姓，婦女，殺戮俘虜和侮俘虜的婦女者，殺無赦！軍隊中嚴禁出現割取陣亡將士之首級，妄殺無辜百姓冒充敵人首級之事，違者殺無赦！”