順治七年，宋琬因其父抗清之事被舉報，遭捕入獄。三個月後平反出獄，官複原職。同年，宋琬奉命監督蕪湖鈔關，累遷吏部郎中。順治十年冬，宋琬由京官外放，任陝西隴右道僉事。順治十四年五月，宋琬調任河北永平副使。順治十七年春，宋琬經吳門調往浙江，授寧紹台道，駐紮於紹興府。順治十八年，宋琬被提升為浙江按察使，駐杭州。
順治十八年八月，棲霞人於七再次起義。起義前，於七的軍師、宋琬之表兄董樵曾去浙江，宋琬作《送表兄董樵》詩。十月，宋琬的族侄宋奕炳因盜竊案發，宋琬長兄宋璠坐視不救，向他借貸又不借給，宋奕炳便暗至京師告密，誣宋璠、宋琬與於七通謀造反。
十一月，宋琬及其妻子和兒女等被囚車逮往京城，再次被捕下獄，被打入西曹刑部大牢。宋琬後來在祭其父宋應亨文中說“罪彰事發，兄璠不救，銜恨入骨，飛章告密，震驚天闕”，以至於“幾膏斧鉞，亙古奇冤，全家縲絏”。
身為重囚，在獄中飽受折磨淩辱。宋琬在獄中雖然熬過了非人待遇的兩年零一天，但隨時都有朝為要囚、夕為厲鬼的可能。他多次寫信向親友告助借貸，並先後賣掉字帖、書畫及硯、盆、衣帽等物。
康熙二年十一月，剛剛繼位的康熙帝，為了穩定全國政局，籠絡漢族知識分子，大赦天下。對於宋琬一案，由大司空蔣國柱親赴萊陽核查，知其冤，力為申雪。
宋琬被釋放出獄。後未官複原職，但朝廷未予起用。此又說明清廷對他並不完全信任。此後的宋琬便賦閑家中。不久，他再次流寓江浙。不料在浙江又起獄案，宋琬再一次被牽連其中，幾乎再度入獄，幸得朋友再施援手，將他保救得釋。
康熙三年，宋琬的弟弟宋珣中進士，任吏部文選司主事。康熙四年後，宋琬先後寓居於杭州、江寧、蘇州等地的友人處所，寄人籬下，備嚐艱辛。
康熙九年夏，宋琬接京傳邸報，準備起用於他。遂乘舟沿京杭運河北上。回京途中，順道路過清豐縣，再拜先君應亨祠。康熙十年奉命入都，下詔起用，授吏漕。康熙十一年秋後，宋琬補四川按察使。京中官吏、詩友多以詩相送。宋琬先歸籍萊陽省親。康熙十二年正月，他攜帶妻子沿長江入蜀赴任。
這年冬，宋琬不顧身體患病，奉命赴京城覲見康熙帝。此時吳三桂在雲南、四川叛亂，攻陷成都，蜀中妻子兒女陷入叛軍之手。京中宋琬聞訊後，驚恐憂鬱，以致氣塞胸臆，逝於京都。宋琬留在成都的家眷顛沛流離數年後，才得以重返家園。