世間萬物，皆出自LCL之海，其中也包括第十八使徒——LIlin（人類）
地球，再次迎來了長久的平靜
直到……2000年
2000年9月，人類在南極，設立了葛城科研站
其直接目的，是研究從南極大陸下方發現的第一使徒——亞當
而其根本目的，是將亞當，還原成卵狀並封印，以避免使徒溯源與之相遇後引發第二次衝擊
然而，在對亞當進行研究的過程中
由於工作人員的疏忽，機器拔出了插於亞當胸口的封印——朗基努斯之槍
亞當，就此覺醒
自亞當覺醒後，人類試圖插回朗槍，去抑製其覺醒
結果……朗槍已無法抑製覺醒的亞當
與此同時，由於人性的欲望
亞當基因，與人類（第十八使徒）遺傳基因，互相接觸，產生了『神』的力量
『當人類的智慧之果，和使徒的生命之果結合，就會產生和神同等的力量』
其結果，是釋放出了超出預想值以外的……反AT力場
於是，亞當完全覺醒，並產生了暴走
第二次衝擊，就此爆發
『白之月』也在此次事件中，被徹底破壞
衝擊結束，暴走的亞當，屹立於地麵之上
以人類如今的科技，亞當，會毀滅地球
此刻，『黑之月』與莉莉絲，出手了
二者一同發力，利用自身的力量，將來自未來的紫色機甲，召喚而來
若人類後續用莉莉絲的力量，創造出來的紫色機甲，被稱為EVA初號機
那麼這台來自未來的機甲，就是初號機的完全體
EVA最終號機
這台機甲，被一位橙發紅眼的少女駕駛著
在這名少女手上，EVA最終號機發揮出了它最強大的力量
它的武器，如若按照未來人類的取名標準，可以定義為以下幾項：
遠程武器——電磁步槍（主要用於打穿A.T立場）
匕首——高振動粒子刀（可瞬間劃破A.T立場）
超巨型太刀——備前長船（可劈開A.T立場，產生巨型黑洞）
巨型太刀——孫六式滅絕刀（可以劈開A.T立場，並且在揮砍中產生小型黑洞的超強度武器）
傳說中的長矛——盧克萊修之矛（以最終號機體內靈魂的壽命為能量，以駕駛員認知範圍的極限距離為標準，將想要抹殺的使徒一擊斃命）
最終號機的出現，阻止了暴走的亞當，拯救了地球
此事件過後，最終號機被『黑之月』傳送回未來
而暴走的亞當，也因為那次大戰，失去了光之巨人的體型
其肉體，會被人類回收
並在其被還原成手掌大小的胚胎狀後，封印在樹脂中
人類將會通過自己的努力，為世人創造出足以拯救世界的，三架特殊機體
零號機、初號機、二號機
而剩下的第三至第十八使徒，會被這三架機體，悉數消滅
剩下的，即為人類自己的，欲望之戰
這場戰鬥，決定著人類未來的命運
當駕駛員直視自己的內心，與初號機產生共鳴之際
初號機將會進化成最終機型，為這世間發生的一切，達成完美的閉環。
《死海文書》（正卷）——完