這個時期，在肩負中央音樂學院院長、文化部黨組成員等各種事業的領導工作及諸多重要社會活動並堅持教學工作的同時，工作繁忙的吳祖強仍然以極大的熱情堅持音樂創作。他在這個時期的作品，既有沿著《草原小姐妹》和《二泉映月》中西合璧的創作思路相繼改編的琵琶與管弦樂隊音詩《春江花月夜》、二胡與管弦樂合奏曲《江河水》以及稍後的弦樂合奏《聽鬆》和《良宵》，還有許多不同題材的聲樂、室內樂、戲劇配樂和電影音樂作品，如《費加羅的婚姻》、《楊開慧》、《風雪夜歸人》、《複活》、《詹天佑》等。此外還有為民族樂器演奏家移植改編、供音樂會演奏的自外國名曲《恰爾達什》改編的二胡與管弦樂合奏曲。
在這些創作活動中，也許應該多寫上一筆的，是吳祖強對話劇《風雪夜歸人》配樂的創作。與其他作品創作最大的不同是，早在40年前在重慶時，15歲的中學生吳祖強就曾為首演的話劇《風雪夜歸人》擔當了配樂。
話劇《風雪夜歸人》是吳祖強的大哥吳祖光抗戰時期在重慶創作的一部反封建的愛情悲劇，也是他的重要代表作之一。作品於1942年完成，1943年初被中華劇藝社導演賀孟斧排成五幕話劇，2月在重慶舉行首次公演，立即轟動山城。當時在重慶的中共領導人周恩來也非常喜歡這部話劇，他曾多次觀看，後來還把劇本帶到延安，向延安的文藝界人士介紹了這部轟動山城的話劇。
《風雪夜歸人》講述的主要內容是：靠走私鴉片起家的法院院長蘇弘基的四小妾玉春與京劇名旦魏蓮生偷偷相愛，正當他們要私奔逃跑時，被蘇弘基的仆人王新貴告發。蘇弘基一怒之下，將玉春送給了他的朋友、天南鹽運使徐輔成做使喚女奴。結果魏蓮生與玉春私奔未成，魏蓮生也遭到驅逐。20年後魏蓮生回來找玉春，最後在狂風暴雪中，慘死在海棠樹下。
對於很早就生活在大哥的“羽翼”下，在上小學時就為大哥抄寫劇本的吳祖強來說，這個時候的他已不僅僅是一個成長起來的重慶中學生了，在經曆了音樂家張定和與盛家倫的培養教育後，他的音樂天賦和才能早已顯露無疑。因此，對於大哥創作的話劇《風雪夜歸人》，少年吳祖強已不再隻是限於“抄寫劇本”和“客串角色”了。
這一次，15歲的吳祖強不但在《風雪夜歸人》的演出中出演了“乞兒乙”的角色，而且擔當了這部話劇的配樂工作。為了給這部話劇配樂，他找來了當時稱為“國樂”的單旋律簡譜曲牌，從中挑選了十多首比較滿意的作品，定為重慶首演的配樂曲譜。
定好配樂曲譜後，懷著對配樂曲譜的喜愛，少年吳祖強開始認真抄寫。他隻覺得一邊抄寫一邊被配樂的曲調打動，尤其是其中一首被稱為《佛曲》的昆腔和用於第二幕開場配樂的那首《妝台秋思》，它們高雅、優美的旋律深深印入了腦海，讓他始終無法忘懷。
配樂曲譜抄好了，他認真地把一篇篇抄錄的曲譜整整齊齊碼好訂成冊。看著自己精心抄錄成冊的《風雪夜歸人》配樂曲譜，中學生吳祖強覺得似乎還應該做點什麼，於是他又精心地用墨筆畫了一個仿印刷體的標題封麵，終於，一冊近乎精致完美的《風雪夜歸人》配樂曲譜完成了。後來，大哥非常滿意地將這冊得到六弟“點睛”的《風雪夜歸人》配樂曲譜悉心保存了下來。
當20世紀40年代初吳祖光的話劇《風雪夜歸人》在重慶首演引起強烈反響時，可能沒有人會注意到，為這部獲得成功的話劇配樂的，就是在劇中客串“乞兒乙”的那個15歲的中學生吳祖強。