南宋軍製大體上沿襲北宋製度，仍以募兵為主，禁軍、廂兵、鄉兵等各種軍隊名稱仍然存在。但禁軍作為國家主力軍的地位已為新形成的屯駐大軍所替代，西北邊防的蕃兵，也因陝西的失去而不複存在。
建炎兵製
靖康元年（1126）閏十一月，趙構被任命為河北兵馬大元帥，陳亨伯為元帥，汪伯彥、宗澤為副元帥。十二月（1127），建立大元帥府，趙構把所領軍隊萬人分前、後、左、中、右五軍，這是南宋建軍之始。靖康二年五月趙構即位後，另設禦營司，由宰相、執政兼任正、副使，其下設都統製，統管禦營軍，禦營軍分為五軍。建炎三年（1129）四月苗傅和劉正彥兵變失敗後，劉光世的禦營副使軍和韓世忠的禦前左軍、張俊的禦前右軍，均脫離禦營軍而獨立成軍，禦營軍分而為三：禦營副使軍、禦前軍和禦營軍。而禦營軍仍有五軍。此時，禦營司僅能管轄禦營五軍，禦營副使軍與禦前軍則與禦營司脫離關係。建炎四年（1130）六月，禦前軍改為神武軍，禦營軍改為神武副軍，禦營副使軍改為禦前巡衛軍，統歸樞密院領導，撤銷禦營司，恢複北宋舊製。
紹興兵製
紹興元年（1131）以後，南宋在江南穩定了統治，軍製也漸趨穩定。當時，除川陝的吳蚧大軍外，東南地區的大軍為劉光世的禦前巡衛軍、韓世忠的神武左軍、張俊的神武右軍、王躞的神武前軍、陳思恭的神武後軍，楊沂中的神武中軍。後來王理、陳思恭部並入神武左右軍。由宗澤餘部發展起來的嶽飛軍，於紹興三年用神武後軍的番號。這樣，南宋軍隊在紹興初年便形成了吳王介、嶽飛、張俊、劉光世、韓世忠為主帥的五支屯駐大軍，其次則有楊沂中的神武中軍、王彥的八字軍等，總兵力30萬。吳王介是川陝大軍主帥，劉光世是禦前巡衛軍主帥，韓世忠是神武左軍主帥，張俊是神武右軍主帥，嶽飛是神武後軍主帥。
紹興五年（1135），屯駐大軍的番號改為行營護軍。韓世忠為前護軍，嶽飛為後護軍，劉光世為左護軍，吳王介為右護軍，張俊為中護軍。各支大軍都分成若幹軍，軍級統兵官有統製、統領等。軍下設將，將一級有正將、副將、準備將，總稱將官。在將之下，還有部與隊的編製，設有部將、擁隊、押隊等職。
紹興七年（1137），劉光世被解除兵權，其部下大將酈瓊率4萬人降齊，餘部8000人由王德統率，並入中護軍，左護軍名存實亡。紹興九年（1139），吳王介病死，右護軍分裂，由吳磷、楊政、郭浩三大將統率，因此，右護軍的地位降低。於是，隻剩下嶽飛、韓世忠、張俊三帥地位最高。紹興十一年（1141），宋高宗和宰相秦檜推行投降路線，罷韓世忠、張俊兵權，殺害嶽飛。此後，將四支屯駐大軍陸續改編成十支屯駐軍，部署在長江沿岸和川陝交界處，統稱為“禦前諸軍”，為南宋的主力軍。
三衙和班直
南宋初，三衙機構仍然保留，但不統兵。班直也保留充當宿衛。紹興五年（1135），楊沂中的神武中軍改為殿前司軍，三衙始有兵將，且兵力不斷增加。紹興十一年以後，三衙軍成為與禦前諸軍平列的屯駐大軍，不再有隸屬關係。三衙軍的編製，與禦前諸軍相同。南宋的三衙軍與北宋時有所不同，侍衛馬軍司並非全統馬軍，侍衛步軍司也掌管部分馬軍。三衙各軍的情況是：