平羅理藏
青海和碩特蒙古人，原為居住在新疆的厄魯特四部之一，該部首領固始汗在明末率眾進入青海和西藏，其後裔在西藏的為拉藏汗，在青海的為鄂齊圖汗，在河西的為阿拉山王。爾後，厄魯特準噶爾人興起，噶爾丹滅掉鄂齊圖汗，阿拉山王投降清廷，康熙命他們在賀蘭山遊牧。當康熙親征噶爾丹時，固始汗子孫八家台吉往見康熙，康熙封固始汗子達什巴圖爾為親王，其餘授予貝勒、貝子、公等爵，至此青海和碩特接受清朝統轄。康熙末年，準噶爾的策妄阿拉布坦派兵入藏，殺拉藏汗，清軍分兩路進藏平亂，達什巴圖爾子羅卜藏丹津在康熙六十年（1721）隨軍殺敵，勝利後返回青海。因為進藏的功績，固始汗子孫勢力複振，羅卜藏丹津襲爵親王，又以固始汗嫡孫自居，希望成為青海和碩特諸部的首領。於是暗中與策妄阿拉布坦勾結，在雍正元年夏天，召集諸部頭領於察罕托羅海，令眾人放棄清朝封爵，恢複舊日稱號，自稱達賴混台吉統馭諸部。和碩特另一親王察罕丹津、郡王額爾德尼額爾克托克托鼐不從，羅卜藏丹津率兵進攻，他們逃到甘肅河州地區，得到雍正的安置。這時羅卜藏丹津詭稱察罕丹津等陰謀割據青海，所以對其用兵，以此麻痹清廷。青海和碩特自康熙中期歸清，已三十年，如今卻與世仇準噶爾相勾結，可見羅卜藏丹津是野心家，分裂主義分子。
康熙在西藏問題解決後，即把用兵重心轉向準噶爾部，大軍移駐河西走廊。羅卜藏丹津事發，雍正因即位不久，朝中需要處理的事務較多，不希望在邊疆用兵，於是作兩種部署，一方麵派在西寧的侍郎常壽往羅卜藏丹津處，令其罷兵，一麵任命川陝總督年羹堯為撫遠大將軍，準備用兵。
羅卜藏丹津不僅不聽從勸告，還將常壽扣留，又同西寧附近的塔爾寺大喇嘛察罕諾門汗聯係，希望得其援助。塔爾寺是喇嘛教聖地，它的大喇嘛深得青海僧眾的信仰。察罕諾門汗決定幫助羅卜藏丹津，於是歸附他的有二十萬人，羅卜藏丹津遂大肆叛亂，進攻西寧。在甘肅、四川的藏人也應聲作亂。
雍正得知這一惡訊後，決心討逆，諭令在西北的平逆將軍延信，邊防理餉諸大臣，四川、陝西、雲南的督撫提鎮，軍事事務都告知年羹堯，以統一行動。年羹堯令四川提督嶽鍾琪率兵駐鬆潘，以便進剿。嶽鍾琪於九月三十日折奏，以軍機不可預料，恐有新情況，請不必同年羹堯合期並進，以便相機行事。雍正回稱：“朕信得你，但凡百以持重為上，西邊有年羹堯、你二人，朕豈有西顧之慮，願你等速速成功，朕喜聞捷報。表明他堅決對羅卜藏丹津用兵，並把此事交由年羹堯負責，對未來的立功者嶽鍾琪予以高度的信任。
年羹堯受命之後，對戰爭作了周密的部署，他從甘州軍營移駐西寧，派兵駐守永昌和布隆吉河，防止叛軍進入甘肅內地，分兵固守裏塘、巴塘、黃勝關，截斷叛軍入藏通路。與此同時，又奏請雍正敕令靖逆將軍富寧安屯兵吐魯番和噶斯口，隔絕敵軍與準噶爾的聯係。與此同時，開展對叛軍的進攻。羅卜藏丹津見狀恐懼，送還常壽，請求罷兵。雍正因此諭令年羹堯堅持武力平叛的態度。
年羹堯經過雍正元年冬天的征戰，使叛軍十萬眾投降，羅卜丹藏丹津逃往柴達木。年羹堯與諸將商議進軍方略，意欲調兵二萬，分四路征討。嶽鍾琪認為青海地區遼闊，敵軍尚有十萬，若深入其境，它分散誘我，擊此失彼，反會四麵受敵，不如以精兵五千，直搗賊巢。雍正認為嶽鍾琪的剿賊方案可行，命他為奮威將軍，參讚軍務。二年（1724）二月初八日，嶽鍾琪等進擊，猛烈追殺，俘獲羅卜藏丹津母親和妹妹，叛亂頭子吹喇克諾木齊、阿喇布坦鄂木布和藏巴劄木，羅卜藏丹津改著女裝逃跑到準噶爾部。戰鬥到二十二日結束，為時十五天，這是草原上的大戰少有的速度。三月初一軍隊凱旋，四月十二日，雍正命舉行獻俘儀式，祭告太廟、社稷、康熙景陵，晉封年羹堯一等公、嶽鍾琪三等公。
平羅戰爭結束，年羹堯在五月提出處理善後事宜十三條，經總理王大臣討論，雍正批準實行。年羹堯還條奏禁約青海十二事，雍正認為他條劃周詳，也都批準了。
平定羅卜藏丹津的叛亂及善後處置，清朝政府加強了對青海地區的統治。康熙雖封固始汗子孫，但對青海多數地區乃是間接的管理，甘肅、四川一些地方也因和碩特人和藏人的聯合使清朝削弱了控製力，平定羅卜藏丹津，則大大改變了這種情況。雍正在青海派駐辦事大臣，處理蒙藏民事務，把西寧衛改為西寧府，下置西寧縣、碾伯縣、大通衛，將青海的重要地區直隸於中央。又改甘肅省的涼州衛為涼州府，新設武威縣，改鎮番衛、永昌衛、古浪所為縣，改莊浪所為乎番縣，改甘州左衛，右衛為張掖縣，改高台所為縣。隨著建製的改變，清朝中央政府對青海地區的統治得以鞏固了。
青海問題，主要是解決青海蒙古人的問題，同時也涉及到西藏人，由善後十三條事宜中的有關規定可以看出了。青海、西藏毗連，清廷加強對青海的治理，有利於對西藏的進一步經營。
雍正平叛以後開展屯田，興辦農業，促進少數民族地區的經濟發展，這也具有積極意義。
在青海的迅速勝利，出乎雍正的預料。他在年羹堯奏折上指出：“前青海勢湧，正當危急之時，朕原存一念，即便事不能善結，朕不肯認此大過，何也？當不起，原是聖祖所遺之事，今如此出於望外，好就將此奇勳自己認起來，實實麵愧心慚之至”。他在裏提到這是聖祖康熙的未竟事業，這是值得注意的。青海和碩特自康熙中期與清朝加強聯係以來，越往後越密切，這對它本身的發展、對清朝加強在青海的統治都有益處，而且這也是曆史發展的趨勢，羅卜藏丹津不順應這個曆史潮流，卻要搞分裂割據，不得人心，自身也曾舉棋不定，叛亂後，一些和碩特人歸順清朝，曆史發展注定他要失敗。而清朝政府，開始想和平解決，一旦發現這是不行不通的，即決定用兵，中途不再接受投降，以利徹底解決問題。平叛工作的最高決策者雍正，態度堅定，用人得當；前線總指揮年羹堯調度有方，善後措施得宜；深入敵營的嶽鍾琪，有膽有識，建立奇功。雍正君臣的種種活動，都為這一事件的順利發展作了積極貢獻。
青海問題解決後，雍正把目光轉向西藏。早在康熙委年，請軍進藏，驅逐了準噶爾勢力，留蒙古兵兩千名駐守，封參戰有功的藏人康濟鼐、阿爾布巴為貝子、隆布奈為輔國公，以康濟鼐總理前藏事務，授頗羅鼐為劄薩克一等台吉，管理後藏事務，他們還都擔任噶布倫。
雍正即位時，四川巡撫蔡珽奏請安定八旗人心，以為從西藏撤兵是必要的方法。雍正的態度，是以蔡珽的建議為謬妄，說那樣做是不妥的，是“以皇考舉行此事為非”。這不是當日朱批的實錄，是篡改過的。原來他說蔡珽的看法，“與朕意、廷臣議同，正在此辦理。是”。事實上，他在元年（1723）就把駐藏部隊撤回內地了，隻在四川的察木多（今西藏自治區昌都）留軍駐守。
雍正五年（1727），西藏噶布倫阿爾布巴、隆布奈、紮爾鼐等忌妒康濟鼐掌權，舉兵殺害了他，又陰謀投奔準噶爾。雍正自從西藏撤軍，深知對西藏的控製力削弱了。阿爾布巴叛亂的發生，認為這是一個彌補前咎的機會：“當趁此機，先將西藏事宜料理清楚，以為邊防久遠之計。”他的辦法就是出兵平叛，中心任務就是“將達賴喇嘛移至西寧，則西藏可永遠無事矣。”當時雲貴總督鄂爾泰對出兵持保留態度，希望雍正以撫為上，剿殺次之，羈縻為上，駕馭次之。雍正不聽他的意見，表示一定要出兵，而且不惜費用。於是下令準備進軍。不久，他考慮到，若一發兵，阿爾布巴畏懼而挾持達賴逃亡準噶爾，事情就複雜了，還不如暫不進兵，因而下令停止出師。
叛亂發生後，管理後藏的頗羅鼐即統領後藏和阿裏的兵士九千，一麵截斷叛匪逃向準噶爾的道路，一麵進軍拉薩，擒獲阿爾布巴等首逆。雍正獲悉頗羅鼐的成功，他斷定達賴不可能去準部，於是決定揮師進藏，命左都禦史查郎阿率領陝西、四川、雲南駐軍一萬五千人進藏，繼續平叛。六年（1728）秋，查郎阿至拉薩，誅殺首惡。雍正封頗羅鼐為貝子，總管前後藏事務，後又為他晉爵貝勒。
雍正吸收了上次撤兵的教訓，為鞏固在西藏的統治，設駐藏大臣，正副二人，留兵二千，分駐前後藏，歸駐藏大臣統轄。因駐藏大臣係固定職務，不便頻繁更換，又怕內地官員入藏後，在生活上不適應，於是定三年一換辦法。這時的駐藏大臣重要任務是管理清軍，穩定藏中政局。與乾隆後期定的駐藏大臣同達賴共管藏中事務製度有所不同，但它卻是這一製度的發端。駐藏大臣是清朝政府的代表，是中央政府與西藏地方政府聯係的橋梁，密切著雙方關係，有利於我國統一多民族國家的鞏固。
在阿爾布巴叛亂的同年，準噶爾的策妄阿拉布坦死，子噶爾丹策零承繼，揚言送還康熙間擄去的拉藏汗的兩個兒子，他是要幹涉藏中事務。雍正下命嚴防。準噶爾進藏有三條道路，一為西路，由葉爾羌至阿裏，此道至前藏迂遠，藏中易於準備。一為東路，走喀喇河，然需經過青海，通行不便。一為中路，經騰格裏海，到西藏最便捷。因此，駐藏部隊每年夏天到騰格裏海駐防，冬天因大雪封山而撤離。達賴喇嘛為藏人、蒙人所信仰，然而也成為蒙、藏貴族爭奪的對象，把他利用為掌權的工具。雍正怕噶爾丹策零入藏劫持達賴，就把達賴六世遷到他的家鄉打箭爐（今四川康定）西邊的噶達，用幾十萬兩銀子建造規模雄壯的惠遠寺，供他居住。不久，又把他遷移到泰寧寺（康定西北），派兵一千名護守。十二年（1734），雍正因同準噶爾的關係有所改善，派禮親王允禮迎達賴六世進京，達賴因未出痘，不便遠行，於是又把他送回西藏。
巴塘、裏塘地區，康熙時已由清朝治理，雍正初年因從藏中撤兵，這裏遂由西藏地方政府管理。平定阿爾布巴之亂以後，雍正命於巴塘、裏塘建立宜慰土司，歸四川省統轄。又設維西、中甸二廳，歸屬於雲南省。後來章嘉呼圖克圖以巴塘、裏塘為達賴六世出生地，請將該地仍隸前藏，雍正以當地每年商稅銀五千兩賜之，而地仍為四川轄區。
西藏隸屬於清廷轄區，大體上經過三個時期，崇德、順治為開創期，康熙、雍正為發展期，乾隆為鞏固期。雍正初年撤軍，雖有客觀原因，但明顯缺乏遠見，後來積極平叛，設立駐藏大臣，彌補了過失。
在西藏事件中，雍正總把西藏問題與蒙古問題聯在一起考慮，在他看來，西藏和準噶爾的關係是：準噶爾安寧，西藏則不會生事；西藏不平靜，也會引起蒙古的騷動。造成這種相互關係的是喇嘛教。雍正又說：“蒙古之人，尊信佛教，惟言是從，故欲約束蒙古，則喇嘛之教亦不輕棄”。也就是說蒙古人不安靜，可以用喇嘛教撫綏，而要利用喇嘛教，就不得不注意西藏問題。注重喇嘛教，首先要籠絡教王達賴，這就是雍正以能否控製達賴為前提決定是否進軍西藏的原因。
康熙也持同樣的見解，所以在命令允征討準噶爾的敕書中說：“朕欲保護黃教，拯救生靈，特命爾為撫遠大將軍”。清朝前期的皇帝多能如此，史學家趙翼說清朝優待喇嘛教，“正所以帖服外夷，乃長駕遠馭之深意。由此可見，雍正在處理西藏問題時，兼顧準噶爾問題，具有全局觀念，是正確的且具有深遠意義的。
改土歸流
雲南、貴州、廣西以及同它們鄰近的湖南、湖北、四川居住著許多少數民族，他們經濟落後，生產方式不同，與中央政府關係疏密不一。大體上說，元、明以來，實行土司製度，土司管轄各該民族，他們的承繼行世襲法，然需中央政府批準；土司在內部自行征納賦役，僅向中央進貢少許銀物；土司自定成文的和不成文的法令，對屬民生殺予奪，中央政府概不過問，在這裏實現的是土司的意誌，而不是中央的政策。還有一些少數民族，連中央政府承認的土司也沒有，隻受該族頭人的統治，可以說是土舍製。但他們往往受鄰近的土司控製。
土司、土舍是大大小小的割據者，因而產生中央要加強對他們轄區的統治與他們維護舊製度的矛盾。明朝以來，中央政府就在條件成熟的地區，取消土司世襲製，設置府廳州縣等地方政權，派遣一定時間進行調換的流官前往治理。這就是改土歸流。這種辦法，明朝和清初偶或實行，所以，土司製嚴重的問題仍然存在著。到雍正統治時期，由於弊端的積累，暴露得更清楚了。
土司對屬民任情役使，賦稅是“一年四小派，三年一大派，小派計錢，大派計兩”。他們掠奪的，遠比向中央進貢的多得多。土司恣意虐殺屬民，對犯其法而被殺害者的家屬，要征六十兩、四十兩、二十四兩不等的銀子，還名之曰“墊刀銀”，真是凶惡至極。
土司之間，為了爭奪土地、人畜，互相廝殺，經年不解，世代為仇。如廣西西隆州古隆地方土司王尚氏等與貴州普安州捧酢地方的土司阿九等常年爭奪歪染、烏舍、壩犁、魯磉等寨，雍正二年（1724）告到官府，因事涉兩省，地方官互相推諉，到四年（1726）還沒有審理。又如湖南永順地方的諸土舍，於雍正元年相互仇殺。
明代土司還發動過對中央的戰爭，清代雖無此事，但土司、土舍到鄰近州縣搶劫，屠殺漢民的事卻屢屢發生。於是出現雙重矛盾，一是土司屬民與漢民的對立，屬民往往成群結夥騷擾漢民，有的在夜間乘人不備，焚屋屠戮，但他們又害怕漢民，一離開村寨，就怕被漢人殺害。土民、漢民問題基本上還是土司造成的，土司與地方政府也是矛盾重重。有的漢人犯罪，逃匿土司，為其保護，州縣官隻有“用銀錢買求”，才能得到，這就破壞了地方政府的司法權。有的地方官無端欺淩土司，土司繼承，需要州縣官轉呈，有的州縣官借機勒索，否則多方刁難。有的土司向州縣官送禮，若被上司知道，州縣官反誣土司行賄鑽營，若不送禮，“則加以傲抗之名，摭拾小事，申報上司，”使土司左右不是。有的地方官向土司要錢，致使土司不敢到府縣城裏，怕被拘留勒逼。這些弊病，令土、漢民遭殃，致使中央政令不能統一貫徹，因而導致地方吏治敗壞。