甲午戰爭以中國的失敗而告終，但原黑龍江將軍依克唐阿以其作戰勇猛、顧全大局而受到清政府和朝中大臣的賞識，清政府“以報效軍需三萬賞前黑龍江將軍依克唐阿頭品頂戴”。光緒二十一年閏五月初六（1895年6月28日），清廷“以前黑龍江將軍依克唐阿為鑲黃旗漢軍都統”。依克唐阿自覺身為敗軍之將，無顏麵對提升，因而奏請朝廷收回成命，固辭鑲黃旗漢軍都統一職。朝廷拒絕了這位老將軍的推辭，正式加以任命。這樣，依克唐阿便成為鑲黃旗漢軍都統。《馬關條約》簽訂後，沙皇俄國意識到一旦日本占領遼東半島，將對其向中國東北伸張勢力嚴重不利，便聯合法、德兩國進行幹涉。三月二十九日（4月23日），俄、德、法三國照會日本，勸其放棄遼東半島。在俄、德、法三國的幹涉和威脅下，日本不得不讓步。四月十一日（5月5日），日本宣布放棄遼東半島，但又從清朝政府索取三千萬兩白銀作為贖遼費。當時奉天局勢非常複雜混亂，中日之間雖然已經簽約停戰，但日軍還沒有撤出遼東半島，兩軍之間的摩擦時常發生。同時，參戰清軍的善後工作也很多。在獎勵勇武、撫恤傷殘、裁撤病老、交換俘虜的同時，鑲黃旗漢軍都統依克唐阿始終不忘加強軍備，防止日軍的挑釁和突襲。他認為“倭兵來去無定，而遼南各城尚複興工，莫測其意”，因此奉令“分飭各營，小心防範，並隨時確探敵情”。
他主張“現部各軍未便再行議撤”。六月十六日（8月6日），依克唐阿又向朝廷奏請酌留裁撤各軍器械。得到朝廷批準，“關外防務緊要，槍械購存無多，遇有緩急，每不敷用。即著劉坤一將現在裁撤各軍所攜槍械查點清楚，酌量分別截留。”在七月處理海城甘泉堡互換俘虜一事時，依克唐阿特別注意“隻須按照名數妥速交收，不必過事猜疑，致生別釁”。七月二十二日（9月10日），朝廷電寄依克唐阿，“所奏均悉仍著穩慎固守，毋涉孟浪，所請刊刻關防，著刊用鑲黃旗漢軍都統字樣。”八月，“依克唐阿奏續保打仗出力文武員弁兵勇人數”。由此可見，依克唐阿在擔任鑲黃旗漢軍都統時，不以年老功高自居，忠於職守，兢兢業業，解決了許多實際問題。
中日甲午戰爭雖然結束了，但作為主戰場的遼東地區卻處於一片混亂之中。一方麵，在俄、德、法三國的幹涉下，日本不得不退還遼東半島，並由此撤兵。與此同時，以功臣自居的俄國又虎視眈眈，迫不及待地想在遼東地區獲取特殊權力和利益。另一方麵，戰亂使遼東地區滿目瘡痍，社會經濟遭到嚴重破壞。軍隊需要整頓，防務需要加強，百姓需要安撫，社會需要穩定，經濟需要恢複和發展。這一切都需要有一位德高望重、有著較為豐富的內政外交經驗的軍政大員來擔任盛京將軍，收拾殘局。清廷為此大費腦筋，挑來選去，最終選中了曾經擔任黑龍江將軍而又能征善戰的老將依克唐阿。光緒二十一年八月二十五日（1895年10月13日），清廷以鑲黃旗漢軍都統依克唐阿為盛京將軍。這樣，年已63歲的依克唐阿走馬上任，成為甲午戰爭後的盛京將軍，也是第九十任盛京將軍。
盛京將軍是統轄盛京地區(也稱奉天地區，今遼寧大部及內蒙一部)的最高軍事長官，其行政長官為奉天府尹。從光緒二十一年八月二十五日（1895年10月13日）到光緒二十五年二月初一日（1899年3月12日），對於依克唐阿來說，人生這最後的三年零五個月的時光是在盛京將軍任上度過的。在這不到三年半的時間裏，臨危受命的盛京將軍依克唐阿做了很多很多事情，在政治、軍事、經濟、外交等方麵多有建樹，使盛京地區的社會經濟發生了巨大的變化。
光緒二十一年九月二十二日（1895年11月8日），中、日簽訂了《交收遼南條約》，中國以交付3000萬兩白銀的代價自日本手中贖回遼東半島。清政府對接受遼南非常重視，一再電令依克唐阿“奉天地方緊要，該將軍到任後，務將應辦事宜，妥為經理”。同時要求他在“遼地歸還後，蠲恤之政朝廷自有恩施，應候旨行。至派員接收，不拘文武，務擇慈祥通敏之人，慎選牧令”。與此同時，隨著日軍的撤離，清政府派宋慶等帶領所部前往遼南各地接收駐紮。當時清軍軍紀敗壞，依克唐阿非常擔心駐軍騷擾百姓，影響地方，因而上奏朝廷，請求“三路派兵，前往彈壓，並自備行糧，勿擾地方”，得到朝廷首肯。接收工作進展順利，飽受戰爭之苦的百姓也免遭第二次兵禍之擾。
盡管如此，年逾六旬的依克唐阿不僅年事已高，而且疾病纏身。麵對遼東戰後百廢待興破敗局麵，他也有畏難情緒，想隱身而退，因而“以才力不逮等詞，奏請開缺”。“朝廷以依克唐阿平日辦事尚屬奮往，是以特簡為盛京將軍，正當激發天良竭誠圖報”，不僅給予拒絕，並加以傳旨申飭。依克唐阿隻得挺起精神，走馬上任。依克唐阿治政和其打仗一樣，有一個共同特點，就是做事要麼就不做，要做就一定做好。
十二月二十一日（1896年2月4日），盛京將軍依克唐阿上奏朝廷，提出了解決善後、治理奉天的大致計劃。依克唐阿指出：“整頓奉天事宜，曰練兵隊，曰築炮台，曰造鐵路，曰製槍械，曰開礦產，曰辦團練。請先借撥巨款，克日興辦，力圖自強。”這個計劃得到了朝廷的批準。清廷還指示依克唐阿：原奏六條，惟礦務最為切要，亟應妥籌辦法，酌量開采，其餘分別緩急，據實妥籌。”於是，依克唐阿開始實施練兵隊、築炮台、造鐵路、製槍炮、開礦產、治團練等六件大事。與此同時，他還致力於賑濟饑民、整頓吏治、辦工廠、建銀行、興辦墾荒等項事業，發展奉天經濟。
依克唐阿非常重視民生，無論是做黑龍江將軍，還是擔任盛京將軍，他始終認為“民為國本，救民為先”。因此他總是心係百姓，為百姓解決疾苦。光緒二十一年十月，飽受戰火蹂躪的遼東半島失而複歸，滿目瘡痍。麵對遼東饑民遍地的情況，剛剛到任的盛京將軍依克唐阿深感“被兵各處，民氣雕殘，良深矜憫”，因此力陳奏準“由盛京戶部發銀十萬兩，速行放賑”，救濟饑民。光緒二十二年正月初九（1896年2月22日），依克唐阿報請朝廷：遼南等處被兵之後，民困未蘇，著將各營用剩之白麥、小米、粳米等，全數散給各州縣，以資賑撫。”清廷批準並指示“該將軍當宣布朝廷德意，務令實惠及民”。
光緒二十二年六月十三日，“大雨滂沱，海水暴漲，以致安東縣大東溝等處居民房屋衝塌，壓斃人口”。與此同時，“海城縣等處、東西沒溝營地方，河水漫溢成災，均有坍塌民房情事，以及蓋平等處，亦均被水災”。依克唐阿得知情況後，一麵委派官員深入災區調查災情，撫恤災民，一麵向朝廷彙報，“惟念海濱民情，本多瘠苦，現又罹此奇災，蕩析離居，實堪憫惻”，請求賑濟。朝廷電寄依克唐阿等：“大東溝東北一帶，海潮漫溢，被災甚重。著該將軍等妥為撫恤，毋令失所。”並要求依克唐阿等“寬籌賑款，查明被災輕重，酌給賑恤”，“妥籌撫恤，以慰災黎”。盛京將軍依克唐阿認真執行朝廷的指令，親自深入遼南災區指揮救災事宜。水災過後，安東、蓋平等處房屋倒塌、糧食緊缺。依克唐阿一麵組織百姓重建家園，一方麵上奏朝廷，“請撥餘存倉米以資賑濟”。同年十月，朝廷“準如依克唐阿所請，截留運通小米，又提撥湘軍未領小米，並各城存留省倉小米，共一千二百八十石，東邊木稅項下撥銀二三萬兩，賑恤災區”。經過依克唐阿將軍的不懈努力，災區百姓不僅得到了糧食供應，而且重建家園，渡過了難關。
依克唐阿擔任盛京將軍後，深刻認識到，“奉天為根本重地，營務吏治，均關緊要”。針對盛京等地吏治腐敗，致使政令不行，民怨沸騰等現象，依克唐阿決心整頓吏治，加強行政管理。因此，無論是軍隊官兵還是地方官員，他都參奏朝廷，予以懲處。光緒二十一年十一月初九（1895年12月24日），依克唐阿經過細致調查，首先參奏庸劣不職之營哨各官高玉鳳等。“據稱性字新軍營官高玉鳳操演生疏，漫無法律。該營哨長郭道源有雇人頂替額兵情事，實屬庸劣不職。”最終“總兵銜盡先補用副將高玉鳳、五品銜直隸試用縣丞郭道源均著革職，永不敘用，並不準投效各路軍營，以昭炯戒”。通過對軍隊中庸劣不職的軍官的懲處，大大改變了軍隊中官兵的風氣，加強了軍隊的整頓。光緒二十一年十一月二十八（1896年1月12日），依克唐阿為整頓地方吏治，奏參劣員餘濬、陳忠偉、英凱等人，請求朝廷調查懲辦。他指出：“奉天候補道餘濬，向充練兵大臣翼長，兼總理文案營務處，攬權納賄，罔上營私。
上年東事方棘，該道沉湎酣嬉，不理軍事，營中官弁，凡有差委，必先索賄，以致餉項虛糜，將士解體。準補營口同知陳忠偉貪婪暴虐，蠹政害民，總理發審，兼辦營務，上年查辦逃勇，不問虛實，有賄則放，無賄則殺。又收遼陽團長謝永發多金，實為貪酷之尤。協領英凱依附餘濬，總理官帖局，擅用官帖，廣收糧豆，壟斷居奇。本年春閑，修理隊伍營房，並為餘濬修治房屋，耗帑勞兵，怨聲載道。請一並革職，永不敘用。”朝廷得知此事，也非常重視，似此貪縱酷虐之員，必應查明實跡，從嚴懲辦”。因而派李培元按照原參所指各節，確切查明。光緒二十二年春正月初七（1896年2月20日），李培元確查具奏：
“候補道餘濬攬權納賄罔上營私，準補營口同知陳忠偉貪婪暴虐，蠹政害民，協領英凱依附餘濬，耗帑勞兵，證諸卷宗，參之輿論，均屬實有其事。請旨懲辦。”朝廷也認識到“奉天營務吏治久形廢弛，若不將此等劣員從嚴懲處，何以挽積弊而資整頓”。因此將依克唐阿所參的“餘濬、陳忠偉、英凱均著即行革職，永不敘用”。並將保舉道員餘濬、同知陳忠偉、協領英凱的福州將軍裕祿交兵部議處。兵部提議將裕祿降二級調用處分，最終光緒帝加恩改為革職留任。
依克唐阿對貪官汙吏極為憤恨，一經發現，必定嚴厲查處。光緒二十二年五月，依克唐阿開始奉旨查辦奉天東邊道張錫鑾把持稅務案。“奉天東邊等處稅捐，前經依克唐阿奏準，派員會同征收。現派候補道王頤勳等前往設局會征，乃東邊道張錫鑾並不會同商酌，自行分派總辦幫辦委員經收。所有稅款均送道署，並未解省，似此任意把持，顯有希圖中飽情弊。”同年八月，依克唐阿經過詳細調查，將查辦意見上報朝廷，建議“張錫鑾著交部議處”。九月，吏部提出了最終處理意見：開缺奉天東邊道張錫鑾，著照部議即行革職。所有該革員侵吞稅務款項，著依克唐阿查明實在數目，嚴行勒追。”
在整頓吏治方麵，依克唐阿不僅親自辦案，也經常委派屬下官員辦理相關貪官腐敗案件。“署複州城守尉候補協領佐領成春任用劣胥，句通領催等，遇事賄囑情托，侵吞倉米，勒罰平民。”依克唐阿接到舉報後，立即委派要員進行調查。結果確有其事，證據充分。依克唐阿立即將署城守尉成春貪婪不職之事上奏朝廷。最終朝廷下旨：“成春著即行革職，並著查明倉庫各款，如有虧短，嚴行懲究。”這樣，又一個貪官被繩之以法。
由於辦理了一係列官員貪弊失職等案件，使奉天吏治為之一新。光緒二十三年二月（1896年4月），依克唐阿奉旨查辦了錦州協領文楷營私舞弊案。錦州協領文楷在署副都統負責管轄大淩河馬群時，“信任門丁，營私舞弊，喂養官馬草豆，委主事英華等合謀包折，該協領亦有勒索情事。”同年三月，依克唐阿有查辦了哨官巡查遼河槍斃事主案。“奉天後軍左營哨官補用都司唐玉清帶隊巡河，輒疑被劫船隻為賊，遽令兵丁開槍，致將事主已革山西候補知府王兆槐轟斃。所供疑賊情形，亦有不確。”最終將“唐玉清著即行革職，歸案嚴行審訊”。七月，禦史楊崇伊上奏稱在奉天鳳凰廳、岫岩州兩處有枉征租賦及遼南州縣勒索規費現象。朝諭令依克唐阿、鬆林進行查處。依克唐阿“查明複奏：遼南州縣尚無勒索規費情事。惟應行減緩糧賦之處，該委員防校等官，既不照司議分別緩征，又不遵章減收三分，實屬辦理不善。鳳凰城鑲紅旗防禦寶筠著即行革職，署鳳凰城鑲黃旗防禦驍騎校純玉、岫岩城鑲紅旗防禦恩慶、正白旗驍騎校得音均著交部議處。鳳凰城守尉端嶽、署岫岩城守尉佐領慶祿失察屬員，違章收租，亦屬疏忽，均著交部察議”。十月，依克唐阿又查處了天中前所職官隱漏捐款據案。“奉天中前所路記佐領官清，隱匿厘捐，收多報少，實屬貪劣不職”，將“官清著即行革職，仍將漏捐錢文悉數追繳，以重公款”。
光緒二十五年（1899年）春正月，依克唐阿派委員前往查辦了蒙古劄薩克圖郡王旗協理台吉明東克巴勒珠爾遣控劄薩克圖郡王烏太之父卜彥圖私自賣荒斂財斃命案件。但“該郡王任用群小，袒護親屬，從中阻撓，致使案懸難結”。依克唐阿一麵奏請朝廷將被控之“協理台吉色楞汪保、管旗章京達瓦桑保、梅倫催木丕勒即宣、布勒凡森呢瑪、布彥托克塔虎均著即行斥革，會辦委員協理台吉誨拉布、梅倫多隆武均著即行革職，郡王烏太暫行撤去劄薩克印務，一並聽候查辦”，一麵“遴派妥員，提集人證，秉公訊辦”，最終順利了結此案。
依克唐阿在整頓吏治時，對貪官汙吏嚴加查處，絕不手軟，但在處理相關案件時，他還是非常細致的，避免了許多冤假錯案的出現。例如，光緒二十二年（1896年）十一月，有人舉報：“盛京刑部司員學習主事權承、檔房筆帖式德煜與書吏潘鶴皋等，及門丁劉峻峰朋比為奸，於奉天城東石木子村宋英、甯遠縣趙姓、遼陽連家屯李中元命盜各案，均有受賄提案情事，請飭查辦。”刑部司官承審案件時藉端受賄，這不僅嚴重違反例禁，而且性質惡劣，影響重大。依克唐阿在受命查處此案時，因案情重大，進行了較為細致的調查審理，結果與舉報人所說的大相徑庭。他在上報朝廷時指出：權承、德煜等被舉報各案，或查無實據，或案經早年完結，並未經手，或有案而兩造未齊，既無唆訟情形，亦無勒賄證據，應請均免置議。”
作為盛京將軍，依克唐阿非常重視人才的使用。他在查處那些貪官汙吏及裁汰庸員的同時，也特別注意培養和重用稱職和有才能的官員。光緒二十二年（1896年）三月，盛京將軍依克唐阿上奏朝廷：自倭氛不靖，事繁人驅，現在裁並局員，節省經費，歲可省銀二萬一千餘兩。”開始對盛京等地的冗員和庸員加以裁汰和合並，這樣既精簡了機構，又節省了開支，提高了效率。同年四月，依克唐阿等又上奏朝廷：“奉省辦理善後，差委乏人。請將投效人員通判馬駿顯等十員各以本班留奉補用。”這一請求得到朝廷的批準，此後，依克唐阿將軍便千方百計收攏人才，充實盛京等地的官員隊伍。
光緒二十三年（1897年）五月，盛京將軍依克唐阿等奏：奉天差委乏人，援案請將分發試用同知祥德等二十二員，各以本班留於奉天補用，如有應行補交班次分發捐離改職銀兩，照章補交，分別給谘赴部驗看引見，以符例章。”考慮到當地的具體情況和依克唐阿的求才心切，朝廷予以批準，“此次姑允所請，仍隨時察看，如不得力，即行谘回。”這樣，依克唐阿將軍便將大批人才留在盛京。直到光緒二十五年（1899年）二月，盛京將軍依克唐阿還奏請以工部主事張光鼐留在奉天以供差遣，得到朝廷的批準。與此同時，依克唐阿對於為官清正，辦事有功的官員也給予相應的獎勵和提拔。如光緒二十二年（1896年）十二月，依克唐阿上奏，請將經征稅務各員量予獎勵。朝廷在批準依克唐阿的文件中指出：奉天東邊昌圖等處稅厘，經依克唐阿派員整理，收數加增至數十萬之多。在事各員，不無微勞足錄。奉天候補道王頤勳著交軍機處記名，遇有缺出請旨優先放留奉補用；通判德麟著俟補缺後以同知在任候補補用；同知吉林候補知縣查富璣著俟歸同知班後，賞加知府銜；奉天候補知縣塗景濤著俟補知後以同知在任候補。以上各員，業經照該將軍所請，給予獎敘，毋庸再行送部引見”。與此同時，依克唐阿在任期間，還多次向朝廷保舉優秀人才，得到朝廷嘉獎。光緒二十二年（1896年）四月，依克唐阿遵旨保薦候選直隸州知州晉昌，得到朝廷認可，“著交吏部帶領引見”。