隴西雖然平定，但在經曆了多年戰亂之後，當地遭到了嚴重破壞，百姓饑荒，流民遍地。更危險的是，原本已經安穩很久的羌族部落開始人心浮動。隗囂經營隴西以來，很注意對羌族部落的安撫，對他們的首領更是開展了大手筆的公關，所以羌族各部落都願意聽從他的號令。現在隗囂死了，隴西來了新主人，羌族部落頭領們可不管那麼多，立馬翻臉不認人。五溪、先零等實力較強的幾個部落屢屢出兵搶劫，鄰近州郡深受其害。主政隴西的來歙果斷反擊，率領蓋延、馬援等人在金城附近擊敗羌部落軍隊，殺死和俘虜幾千人，繳獲牛羊一萬多頭，穀數幾十萬斛。接著又剿滅了襄武一帶的流民軍。除了軍事打擊，來歙還注意安撫百姓，他將公家倉庫中的糧食運送到各縣救濟百姓，民心逐漸安定。
建武十一年，準備南下攻蜀的來歙舉薦馬援為隴西太守。馬援率步騎兵三千人進擊臨洮（今甘肅臨洮縣），屢次大敗先零羌部落，繳獲大量糧食牲畜。劉秀大慰，親詔賜他牛、羊幾千頭，馬援全部分給了部下。剛剛擊退羌人進犯，頗具戰略眼光的馬援又把視線投向了西邊更遠的地方。他向朝廷上書，建議經營金城破羌以西的區域，整固城池，屯田據守，為隴西獲得一個可靠的防禦縱深，劉秀深以為然。馬援在金城以西修城郭，設官吏，造土城，開墾水田，鼓勵百姓耕種放牧，郡中人無不樂業。
穩定了隴西的形勢，劉秀開始謀劃平蜀之戰。當時，除了盧芳勾結匈奴占據九原一帶外，其他割據勢力已相繼被蕩平，盤踞巴蜀的公孫述勢單力孤。
劉秀打蜀地的主意早已不是一天兩天了。早在建武五年，征南大將軍岑彭掃滅田戎，攻占夷陵，就曾經想過乘勢西進蜀地，但終因三峽險要，漢軍戰船和軍糧不足作罷。建武八年，劉秀覺得隴西之戰已進尾聲，返回洛陽前又以書信指示岑彭等將：“兩城若下，便可將兵南擊蜀虜。”他還在信中發出了“人苦不知足，既平隴，複望蜀”的感歎，平蜀之迫切可見一斑。建武九年，公孫述趁漢軍主力正在隴西作戰，派田戎、任滿率數萬人東出江關（今重慶奉節），攻占荊門。為防備漢軍的進攻，蜀軍在荊門一帶橫跨長江建造浮橋、戰樓，又在江中打下大量木樁阻斷水道，在長江兩岸構築起一道立體防線。劉秀則爭鋒相對，派大司馬吳漢、誅虜將軍劉隆、輔威將軍臧官、驍騎將軍劉歆等征發荊州兵六萬人、戰馬六千匹，與岑彭軍會師於荊門，準備攻蜀。
身在隴西的來歙同樣看到了攻蜀之戰已迫在眉睫，他上書給劉秀建議：“公孫述以隴西、天水為藩蔽，故得延命假息。今二郡平蕩，則述智計窮矣。宜益選兵馬，儲積資糧。”按照來歙的建議，平隴之戰進入尾聲之際，漢軍即以汧縣為基地，囤積軍糧六萬斛，整訓兵馬，緊鑼密鼓地準備攻蜀之戰。
如今的劉秀對公孫述已具有壓倒性的優勢，但他並不敢大意。對攻蜀之戰，劉秀可謂深思熟慮，籌劃精密，他決定出兵兩路，兩個拳頭打人。北路命來歙率隴西諸軍自隴道南下，東路以岑彭率荊州兵馬由荊門西進。深諳兵法的劉秀還細致地對兩路大軍的進攻次序做了指示：東路軍首先發動攻擊，待其越過三峽天險，進占江州後，北路軍即對河池一帶發動進攻。一北一東兩隻鐵拳同時對公孫述的老巢成都發起向心攻擊。
荊門，位於湖北中部，北通京豫，南達湖廣，東瞰吳越，西帶川秦，素有荊楚門戶之稱。如今漢、蜀雙方在這裏大軍雲集，大戰一觸即發。
大司馬吳漢挺立於船頭，極目遠眺，仔細觀察隱約於江霧中的敵軍防線。忽一陣風浪，船身歪斜，吳漢一個趔趄，險些栽下船去，岑彭急忙扶住：“船頭浪大，大司馬不適風浪，還請下船暫息。”吳漢自覺丟臉，穩住身形，重重一拍岑彭肩膀，豪氣勃發道：“些許風浪何足懼哉，君然勿憂，大破荊門，一血隴右之恥，便是此時。”話音未落，隻覺一陣反胃，吳漢反身便往舷外大嘔起來。
岑彭趕緊將嘔得神情恍惚的吳漢請下船，扶上戰馬。騎上馬的吳漢很快恢複了生氣，看著江畔，吳漢忽又茫然問道：“君然，此是何物？”岑彭順指望去，隻見一船立於江中，不過此船頗為怪異，船長八十餘尺，船體瘦長，船舷兩側各開十六孔，船槳自孔洞伸入水中，甲板上覆數層房屋，如樓宇立於其上。見吳漢此狀，岑彭笑道：“大司馬生於北地，自未得見，此為露橈戰船，始於前秦，可容數百軍士，外可擋箭支，內可設弓弩、跳板，船速極快，且吃水淺，不懼暗樁，進可攻，駐可守。”吳漢當即登船，忽登樓眺望，忽鑽艙四顧，摸這撫那，似好奇寶寶般。驀然驚歎：“君然乃神人也！”岑彭謙笑：“大司馬過譽，曾聞公孫造十層赤樓帛蘭船巡幸四方，吾今造露橈，卻為戰陣。”