戰亂給社會帶來的足人口銳減，土地荒蕪的狀況，而要發展農業生產，就必須保證有充足的勞力資源，因此朱元璋第一個措施就是增加農業生產的勞動人口，他下令禁止地主蓄養奴婢，所養奴婢一律放為良民。同時還嚴格控製寺院的發展，明令各府州縣隻能有一個大寺觀，而且禁止40歲以下的婦女當尼姑，並嚴禁寺院收兒童為僧。20歲以上的青年願意出家，須經其父母申請，官方批準，出家三年後還得赴京考試，不合格的遣發為民。這些政策的逐步實施，使社會上增加了一支龐大的勞動力大軍。
在得到充足的勞動力後，朱元璋下令獎勵墾荒和實行屯田，免征三年的田賦，個別的永不收稅。使得大量農民由奴隸變成了自耕農，社會地位和家庭生活有了極大的改善。農民的積極性提高了，明初的社會經濟出現了繁榮向上的景象。
發展農業生產，還必須有水利建設的支持。即位的當年，朱元璋就下令，凡是百姓提出有關水利的建議，地方官吏必須及時奏報，這就動員了數以萬計的農民投入水利的建設。到公元1395年，全國共開塘堰40987處，疏通河流4162處，修建陂渠堤岸5000多處。廣西的靈渠、四川的都江堰等，在朱元璋在位期間，都先後修複。這些水利工程的興建，為農業生產的發展提供了有利條件。
朱元璋還鼓勵農民種植經濟作物。他先後下令，凡有田5畝至10畝田地的農戶，必種桑、麻、棉各半畝，有10畝地以上加倍，田多的照比例遞增。這些措施，為紡織業的發展提供了豐富的原料。
在采取措施發展生產的同時，朱元璋還采取了輕徭薄賦的財稅政策，以刺激經濟的發展。他規定民田一般畝征稅糧為三十稅一。徭役一般是每年在農閑時節赴州縣服役3天。公元1387年，他又在全國進行土地普查，在丈量土地的基礎上繪製的耕地總清冊，因圖上新繪田畝圖挨次排列如魚鱗，所以被稱為魚鱗圖冊。它以登記田主姓名和土地位置，作為征收田賦的依據。
在進行經濟改革的同時，朱元璋還采取各種措施，以加強中央集權，鞏固皇帝的統治地位。
公元1376年，朱元璋將元朝設置的“行中書省”
廢除，建立負責行政的承宣布政使司、負責軍事的都指揮使司和負責司法的提刑按察使司等三司，三司互相製約，統屬中書省。又於公元1380年以“圖謀不軌”的罪名處死左丞相胡惟庸，把中書省的權力下放給吏、戶、禮、兵、刑、工六部，六部尚書直接對皇帝負責。朱元璋通過廢除宰相（中書省）製度，將大權集於一身。
“開國第一功臣”李善長的女婿胡惟庸，依仗著李善長這個後台當上左丞相。在朝中大權獨攬，獨斷專行，對政務是經常自作主張，不向朱元璋請示。胡惟庸如此胡作非為，朱元璋決定除掉這個心腹大患，以鞏固皇權。
有一次，胡惟庸的兒子乘馬車時，不小心從車上跌下來摔死了，胡惟庸判車夫抵傘。朱元璋知道後，勃然大怒，胡惟庸以為向車夫家人賠償點東西就行了，可朱元璋堅決不準，非要胡惟庸親自償命，胡惟庸聽了害怕，遂有政變之心。
公元1380年農曆正月，胡惟庸謊稱其宅中井出甘泉，請米元璋去觀看。好大喜功的朱元璋信以為真，便起駕出西華門。途中被內使雲奇提醒，急忙回宮，隨後偵知胡惟庸確有反心，立即下令逮捕胡惟庸，將其抄家滅族。朱元璋又借胡惟庸案將那些危及皇家統治的官員羅織為胡黨，處死抄家，數年間共殺掉了官員三萬多人，就連退休在家的77歲的李善長，也和全家70多口一齊被殺。
在廢除宰相製度後，朱元璋的政務繁重起來，後來簡直是不堪重負。因此朱元璋於公元1382年設立華蓋殿、文華殿、武英殿、文淵殿、東閣等殿閣大學士，由品級比較低的編修、檢討、講讀等官來充任，以幫助朱元璋來閱讀奏章，處理起草文書，以備顧問。
朱元璋特別重視加強對軍隊的控製。朱元璋於公元1380年將原來掌管全國軍權的大都督府一分為五。設立了左，右、中、前、後五軍都督府，分統全國軍隊。各都督府隻管軍籍、軍政，沒有指揮和統帥軍隊的權力。
兵部有頒發軍令、選軍官之權，也不能直接指揮和統率軍隊。發生戰事需要指揮調動軍隊時、由皇帝親自任命軍事統帥，兵部頒布調兵命令。戰事結束後，軍歸衛所，主帥還印。朱元璋還采取分封藩王的製度，把他的兒子分別封到各重要城鎮去做親王，用以監視控製各地的軍事將領，這些分封的藩王按規定都配有護衛兵，少者有3000人，多的可達19000多人。他們還有指揮當地衛所守鎮兵的大權。遇有突發事件，封地裏的衛所守鎮兵，在接到蓋有皇帝禦寶文書的同時，將領們還必須有藩王的令旨，才能調動。