但從此以後，馬氏的胸前就留下了一塊馬掌大小的傷疤，這就是被烙餅燙傷留下的，這傷疤也成了他們夫妻之間恩愛的象征。
視寶如土
1368年朱元璋建立明朝，定都南京，建元“洪武”。馬氏被冊立為皇後。
無論是做貧民百姓，還是當了至高無上的皇後，馬皇後都以節儉為美。攻下元都北京後，朱元璋的部下搜羅了元宮中大批的珍寶玩物，獻給朱元璋。朱元璋自然是非常高興，並急忙叫來馬皇後一同欣賞，誰知馬皇後見了這些寶貝，卻視為糞土，不屑一顧地說：“這寶物是凶物，元朝就是因為有了這些寶物而不能保住國家的，陛下不是自有很多‘寶物’嗎，要這些做什麼呢？”
原來，朱元璋和馬皇後曾講過一個賢才為“寶物”的故事，朱元璋一聽就明白了，說：“朕知皇後說的是以賢士為寶物啊！”馬皇後忙拜賀說：“陛下有此‘寶物’可得天下，臣妾恭賀陛下！妾與陛下起於貧賤，今貴為帝後，最怕生出驕縱奢侈，危亡起於細微，願陛下繼續以賢士為寶物！”
以珠寶為糞土，以人才為寶物，夫妻二人這樣的思想為安定明朝的江山起了重要的作用。
同時，馬皇後以“賢、德、勤”治後宮，用自己的一言一行，倡導後宮形成節儉仁慈的風尚。馬皇後認為宋代多賢後，因此她命女史官摘錄宋宮嬪妃的言行，用來教育明朝後宮眾嬪妃。有人說：“宋代的皇後也太過於仁厚了！”馬皇後嚴厲地告訴這些人：“過於仁厚，不比刻薄好嗎？”
朱元璋衣食住行，馬皇後都親自料理，使朱元璋吃得舒服，穿得體麵，住得安適，而她自己則布衣淡食，極其儉樸，衣服穿破了也舍不得丟棄，常要補了再穿，穿了再補。雖然位居極貴，但不忘記貧賤時和戰爭年代養成的好習慣。
對妃嬪宮人的子女，她卻一點也不吝嗇，都分配給了豐厚的生活待遇；對宮中下人她也關懷備致，常送些衣物食品及生活用品，以示體恤；最難能可貴的是，每逢文武官員夫人入朝，她都不忘送禮品，並與她們親切交談，就像對待自己的家人。
朱元璋為了報答馬皇後，數次提議賜予皇後族人以高官厚祿，馬皇後不應，總是堅決謝絕，她說：“外戚幹政，易亂朝綱，官職恩賜外家，實非遵法！”因此，明代外戚雖然也享受高爵厚賜，但一般不被授以高職，嚴禁幹預政事，這規矩就是馬皇後訂下來的。
馬皇後還吸取曆代宦官亂政的教訓，給朱元璋出主意，明朝於是嚴格規定，內臣不得兼任外臣文武官職，不得穿著外臣冠服，不得與外廷諸司有文書往來，並名言“內臣不得幹預政事，犯者斬！”如此一來，杜絕了宦官亂政之弊。
馬皇後也是細心的皇後，一次明朝廷早朝議事，議事多就拖到了晌午，按慣例奏事官吏就在殿堂上用餐。馬皇後命人取來午餐菜肴品嚐，覺得味道欠佳，隨即向朱元璋建議：“人主奉宜薄，而養賢宜厚，否則怎能籠絡賢德之士？”朱元璋於是下令改善午餐的質量。這雖是一樁小事，卻使官員們十分感激，當然也就更加盡力於朝廷。
馬皇後不但有賢德，而且有才能，她既當皇後，又當“秘書”。朱元璋所有的劄記，都由她親自執筆記下。每當朱元璋有所感慨和言論，她都仔細地記錄下來，無論事情多麼繁多，她均能排布得條理分明，字句清楚，毫無疏漏之處。
朱元璋盛讚她“可與當年唐太宗的長孫皇後相比，毫不遜色”。
助帝為賢
朱元璋起於貧賤，生世坎坷，因而，表麵上雖然睿智英明，從容納諫，但骨子裏卻藏著猜忌和苛刻。朱元璋後來殺戮漸重，無人敢勸，馬皇後常常勸諫，因此很多人得以保全。
有人傳言參軍郭景祥的兒子想要殺父，朱元璋要殺掉他。馬皇後勸說道：“景祥隻一子，人言或不實，殺之恐絕其後。”這樣朱元璋才沒有下旨，後來經過調查，果然是冤枉了他。