明朝製度，司禮監權力極大，所有題奏事情，都要先總報司禮監，它還控製著最大的特務機關東廠和西廠，可以說是集行政權和監察權於一身。可是劉瑾仍不滿足，他不願意小皇帝對自己發號施令。他有兩個“征服”小皇帝的“秘密武器”：一個叫“快活”，一個叫“煩惱”。
小皇帝從3歲起就在他的眼睛裏長大，他的性情沒有劉瑾不了解的。少年天子愛玩愛樂，劉瑾就極力迎合。劉瑾命人修建太素殿，修建天鵝房小碼頭，還投資巨款在皇宮外修建了一座新式漂亮的宮院，起名叫豹房。小皇帝在這所新宅裏，與劉瑾選拔的無數色目——北方西方少數民族的女孩子淫樂，觀看優伶作戲，走馬乘舟，日不足則繼以夜，他哪裏還有功夫管什麼軍政奏章或民間疾苦？這就是劉瑾送給小皇帝的“快樂”。
在他玩得興致盎然甚至光身嬉戲之際，劉瑾捧來了大疊文件請他到大殿裏，讓讀章官員慢聲細調地讀，再一本一本地請他批示。起初，皇帝倒還忍著耐性應付，後來，章奏越來越多，終於有一天，他大怒了：“我用你幹什麼的？事事都來煩惱我！”劉瑾要的就是這句話，從此以後，劉瑾便可以堂而皇之地裁決各種奏章了。這是劉瑾送給小皇帝的“煩惱”開始。劉瑾還按規定把擬行的旨意——即他的意見送到內閣起草聖旨。後來劉瑾幹脆不再理睬內閣，而和鬆江市儈張文冕和妹夫孫聰在家中研究擬旨。其實3個人一對半墨水瓶不滿，弄不明白，就叫焦芳提筆潤色。可惜焦芳也“粗鄙無學識”，所以，那幾年的聖旨，大多“狗屁不通”。劉瑾的權力早已超出了人臣的權力，而成了真正的皇權擁有者。
五儲六部長官每天候在劉瑾的門前，等候召見彙報；三品官以下，都要跪著請示；外出公幹的京官離京還京都要到劉瑾家告別和報告，而且漸漸成為製度。所有奏章先用紅本呈給劉瑾，然後，才用白本送通政司，呈報皇帝。都察院奏章寫上了“劉瑾”的名字，他便大怒——也難怪，這幾年，誰都哆嗦著稱“劉太監”，而沒有直呼姓名的。直到向來以整頓綱紀自詡的都察院禦史們跪趴著謝罪劉瑾才罷休。可見劉瑾的勢焰是何等厲害。還有一個邵寶官至總督漕運副都禦史卻從未給劉瑾送過禮，劉瑾派人暗示也不承意。及至召見，“瑾大怒”，嚇得邵寶蹲倒在地，而且撒尿於地下。劉瑾覺得很威風，向人指處說：“這是邵寶撒的尿。”什麼公卿大臣，在劉瑾眼中，雞毛不如。他罵祭酒（國立太學校長）王雲鳳“你算什麼東西祭酒，一嘴豬毛”。絡腮胡子王雲鳳嚇得請他視察太學（太監為人士所不齒，隻有唐朝魚朝恩破例視察過太學）來取悅劉瑾。
明太祖朱元璋曾對子孫有遺訓：“士大夫不為我們所用者，當殺身滅家。”劉瑾也心領神會，殘酷地排除消滅異己分子。
正德元年十月，圍繞大學士謝遷、劉健退休，形成了一係列冤獄。給事中禦史劉玉、左都禦史張敷華、工部尚書楊守隨、十三道禦史薄彥徽、戴銑等上書，請求“留用劉健、謝遷，把‘八虎’明正典刑。”劉瑾大怒，派緹騎把他們逮捕，有的罷官流放，有的廷杖致死。南京兵部尚書為此一聲歎息，被迫退休。頗有名氣的理學大師王守仁（當時是兵部主事），上書替薄彥徽等爭理，劉瑾假傳聖旨痛打50廷杖死而複蘇，貶謫貴州，旋又派人跟蹤謀殺。幸虧王守仁聰明，把草鞋帽子扔在錢塘江邊，寫詩稿塞在鞋裏，詩曰：“百年臣子悲何在，夜夜江濤泣子胥。”特務們看了，以為王已投江自殺，方回京複命。而守仁已逃入了深山，他的父親也被迫退休。
不久，首倡公卿彈劾劉瑾的工部尚書韓文的庫房裏發現了假銀子，劉瑾便以韓不盡職務將其罷官，韓文騎匹騾子連夜逃命。