牛頓是自造幣廠建立以來最出色、最有能力的廠長，他總是認真地對待自己的工作。
雖然人們為科學界從此失去一個重量級人物而歎息，但牛頓卻以實際行動駁斥了“數學家缺乏實際頭腦”的愚蠢說法。
升任造幣廠廠長後，牛頓已經沒有精力繼續從事在劍橋大學的研究和教學工作，他決定不再幹下去了。
可是，這個講座由誰來接替他主持下去呢？當年，牛頓的老師巴羅教授主動將位子讓給牛頓，可謂慧眼識英才，現在，牛頓也想退位了，他必須找一個信得過，又有真才實學的人。
他首先想到了自己的一個忠實的追隨者，此人名叫慧斯頓。
“慧斯頓，我找你來想和你商量個事兒。”
牛頓把慧斯頓叫到家中，和他麵對麵談起來。
“先生，什麼事？您說吧。”
“你知道，我剛剛升任了造幣廠廠長，這個職務雖高，但責任也大，要辦的事比以前多得多。我也漸漸老了，體力、精力都有限，劍橋這邊的事恐怕就沒有精力再支撐下去。叫你來，就是想推薦你接替我在劍橋的職位，繼任盧卡斯數學講座教授。”
“什麼？盧卡斯數學講座教授？”
慧斯頓簡直不敢相信自己的耳朵。
“讓我接替？”
盧卡斯講座的成立源自劍橋大學盧卡斯教授，他在臨終時的遺囑裏設立了這個教席，並且規定，盧卡斯講座必須由三一學院最出色的教授執教，教授每年可以從盧卡斯的遺產中獲得100英鎊的津貼。榮獲這一殊榮的第一位教授便是巴羅，而牛頓則是第二位。
對於任何科學家而言，這個職位無疑都是充滿誘惑性的，它意味著榮譽和地位。
牛頓那堅決的語氣，使慧斯頓增強了信心。在片刻的考慮過後，慧斯頓爽快地答應下來。
“好好幹吧，年輕人，我相信你一定能做得出色，衷心祝福你。”
兩個人緊緊地握了握手，就這樣達成了默契。
1701年12月10日，牛頓正式辭去盧卡斯教授一職，由慧斯頓接替。
雖然退出了劍橋大學，但牛頓並沒有退出整個學術界，他還有許多事要做。
1703年，牛頓的老對手胡克去世了，這為牛頓當選皇家學會會長清除了障礙，11月30日聖安德魯節這一天，他順利當選為皇家學會會長。
1704年2月16日，牛頓以皇家學會會長的身份，給學會帶來了他的第二部巨著，即《光學》。
英國皇家學會成立於1660年，它完全由一流的學者組成，是世界上最早的科學團體之一，它為當時的英國，乃至世界的科技發展起到了推動作用。
英國皇家學會可以稱得上是英國科學的心髒。在當時複雜的政治狀況下，牛頓深知，要幹好這個會長絕不是件容易的事。
牛頓當選為會長後，學會在12月8日召開了第一次會議，可當時牛頓並沒有參加。直到12月15日，他才出現在會場上，之後他即刻執掌了帥印。
牛頓把在造幣廠所表現的品質以及管理才能帶到了皇家學會，同時本能地感到他無法將自己同意承擔的義務棄之不理。在皇家學會曆來的管理上，亨裏·來普斯爵士特別強調，學會的一切事務應該由既有能力又有膽識的領導全局策劃，統一指揮。
由於皇家學會的前幾任會長都是因其政治影響力而當選，所以，在經曆了會長多年來並不露麵的情況之後，學會會員們驚異地看到牛頓全身心地牢牢掌握著學會前進的航向，使其朝著既定的目標乘風破浪，不斷前進。牛頓自己也決意要把學會的理事會管理好，於是，幾乎每次理事會他都出席。
在學會裏，他仍舊保持著一貫的風格：謹慎、沉默。盡管他從不滔滔不絕、口若懸河，但是他卻總是帶著威嚴端坐在會議桌的中間，那樣子就像是家長坐在一群孩子中間。
“各位先生們，我非常感謝你們推選我為皇家學會會長，以接替不幸去世的胡克先生。”
牛頓的聲音在會議室裏回蕩著，緩慢又低沉。
“皇家學會自創辦以來，一直是大不列顛乃至整個歐洲科技研究的核心機構，我們當中的每個人都對它的健康成長有不可推卸的責任和義務，這一點每個會員都應該牢記。”
說到這，牛頓停了一下，清了清嗓子，故意提高了聲音繼續說：“也請大家記住，我們這裏不是議院，我們歡迎的是多做事少說閑話的人。”