由於朝廷的推崇，各地僧侶紛紛慕名來唐禪院學律求戒。為了供養各地來的僧侶，在鑒真的呼籲下，天平寶字元年（757）十一月二十三日，天皇把備前國（今日本岡山縣）的水田一百町（一町相當於中國14.88畝）賜給唐院。接著，鑒真又在天皇於755年十一月所賜的新田部親王舊宅上，修建一所新的佛寺。759年八月落成，天皇賜額“唐招提寺”。該寺占地四町，有金堂、講堂、東塔、開山堂、觀音堂、經樓、鍾樓、彌陀堂、僧房等建築，其中金堂至今猶存，是唐代建築藝術的寶貴遺產，被視為日本的國寶。
唐招提寺建立不久，朝廷又以越前國（今福井縣）水田六十町和備前國旱地十三町撥給鑒真等人，作為他們傳教的費用。後來天皇又將平城宮中的東朝集殿，賜給唐招提寺。至此，唐招提寺規模更加宏偉。
有了這麼好的弘法基地，鑒真在日傳戒授律的信心大增。這時，天皇宣旨全國，凡出家人必須首先來唐招提寺學習律學。然後才可以選擇自己的宗派。如此一來，四方僧徒雲集寺中，唐招提寺成為弘揚律學的中心，由此創立了日本佛教的一個重要宗派——律宗。而律宗的創立，使日本佛門之律儀，漸漸嚴整，使本不太規範的日本佛教走到了正宗佛教的軌道上來。而鑒真在日本開創的律宗，正如史料所載：“師師相傳，遍於寰宇”，被譽為“一燈燃百千燈，暝者皆明明不絕”。
鑒真對日本的貢獻，並不僅僅限於佛門之內。756年，聖武天皇患病，共有一百二十六名精於醫術的和尚給他看病，其中鑒真等人的診治效果最好，為此受到朝廷的褒獎。761年十月十五日，弟子法進在日本大安寺講授鑒真的醫藥法。鑒真還著了一部《鑒上人秘方》，其中的一些驗方流傳至今。那時，日本醫師在施藥時，常常把藥名和藥物搞錯，鑒真憑手模、鼻嗅、舌嚐、耳聞、牙嚼等方法對日本流行的草藥進行了重新辨別，並傳授了藥品收藏、炮製等方麵的知識。鑒真在醫學方麵的作為，使得日本醫界在十四世紀前一直奉鑒真為始祖，直到德川時期以前，日本藥袋上還都貼著鑒真的像，否則就不成靈藥。
在建築、雕刻、塑像、繪畫、書法、語言文學甚至日常生活習俗等許多方麵，鑒真對日本也作出了貢獻，產生了深遠的影響，致使許多行業都將鑒真奉為祖師，如豆腐店的老板就以鑒真為祖師。
日本天平寶字七年（763）春日某天，鑒真的弟子忍基忽作一夢，夢見寺中講堂的棟梁折斷。醒來之後，忍基十分驚懼，他猜想這是鑒真大師的遷化之相，也就是說大師快要逝世了。忍基將此告知思托等人，大家十分吃驚，但緣法定數，又不得左右。於是思托等人根據鑒真大師之形象為他塑造了一座等身坐像。像高二尺七寸，屬於幹漆夾苧造像。塑像體格魁梧，神態堅毅，麵含笑容，溫和可親。此像一直保存至今，被定為日本的國寶。
五月六日，一代律學大師鑒真，在唐招提寺住處，結跏趺坐，麵西而逝，終年七十六歲。
日本朝野為之震驚，佛門之內更如巨星隕落，頓時陷於一片悲痛之中。日本朝廷下敕，料理完鑒真的後事之後，將再派遣使臣赴華報喪。次年八月，使臣來到揚州，沉痛報告了大師去世的消息。揚州僧俗各界聞之大駭，噩耗隨即傳遍千家萬戶。三天後，揚州僧俗父老在鑒真長期居住過的龍興寺，舉行盛大追悼大會，眾人穿戴喪服，痛心垂淚，麵對大師去世的日本方向，連續舉哀三日，以表達對一代高僧的無限懷念。氣氛之凝重，規模之宏大，難以盡言。