對於封建君主專製的批判，是黃宗羲學說的核心部分，《明夷待訪錄》就是代表他的社會政治思想的一部力作。“明夷”是《易經》中的一個卦名，離下坤上，象征著希望。卦辭為“夷之初旦，明而未融”，黃宗羲借用“明夷”表明對現實的認識，從周敬王甲子年到現在，都在一亂之運，是黎明前的黑暗時期，而“大壯”的太平盛世就像黎明曙光已經從黑暗中隱隱薄出。“待訪錄”是借用箕子受到周武王見訪的典故，表示對“大壯”時代到來的信心與熱切期待，並暗示他的學說必將有用世之時，作此書是為了等待著人們的訪問。
《明夷待訪錄》全書共21篇，重點在《原君》《原臣》《原法》《置相》《學校》等篇。在這些文章中，黃宗羲突破了綱常名教的束縛，提出“天下之治亂，不在一姓之興亡，而在萬民之憂樂”；專製君主“荼毒天下之肝腦，敲剝天下之骨髓，離散天下之子女，以奉我一人之淫樂”，“然則為天下之大害者君而已矣”！他說，在上古時代，君主的最初確立，是由於天下興“公利”、除“公害”的需要，有人“不以一己之利為利，而使天下受其利；不以一己之害為害，而使天下釋其害”，於是被人們推戴為君主。君主與萬民的關係是“以天下為主，君為客”，君主所做的一切都是為了有利於天下人民。隨著封建專製主義的發展，這種關係顛倒為“以君為主，天下為客”，君主“以為天下利害之權皆出於我，我以天下之利盡歸於己，以天下之害盡歸於人”。這樣，君主實際上就成為天下人民的大害。“向使無君，人各得自私也，人各得其利也”，因此，人們怨恨君主是應該的，把君主看成寇仇，稱為獨夫，也是應該的！“豈天地之大，於兆（一萬億）人百姓之中，獨私其一人一姓乎？”
黃宗羲對封建君主專製的否定是大膽的。梁啟超曾就此評論說：“此等論調，由今觀之，固甚普通、甚膚淺；然而在二百六七十年前，則真極大膽之創論也。”的確，在封建君主專製根深蒂固的時代，這種言論如千鈞霹靂，猛烈地衝擊了黯然窒息的思想界，成為中國民主思想的先聲。
在批判君主專製的基礎上，黃宗羲提出了自己的社會改革方案。他主張實行虛君製，擴大宰相職權，設立政事堂，下設吏房、樞機房、兵房、戶房、刑禮房。政事堂及五房任用新科進士及待詔者作為辦事人員。宰相由德才兼備的人擔任，職務不能世襲，他可以以平等的地位與君主討論國家大事，可以規勸和批評天子的過失。宰相權力大於君主，凡經宰相批準的決定，可以直接下達執行。
黃宗羲還提出以學校為議政機關的設想，認為學校不僅是為了培養人才，而且應該成為獨立的輿論機關。根據這一設想，最高學府中的長官祭酒“其重與宰相等，或宰相退而處之”，祭酒可以當麵直指朝政得失，“政有缺失，祭酒直言不諱”。這樣，學校就在政治上具有判定是非的最高權力，“天子之所是未必是，天子之所非未必非，天子亦遂不敢自為非是，而公其是非於學校”。各地方郡縣學官，也應請著名學者擔任，他們對地方官同樣有批評監督之權。每月初一、十五學官講學，地方官應“就弟子列”。如果地方官政事上有過失，“小則糾繩，大則伐鼓號於眾”。這樣學校就成為名副其實的議政機關，頗類似於後來西方資產階級的議會製。盡管這一設想在當時不可能實現，但卻具有反對封建獨裁的進步意義。