笛卡爾發現，他的心裏還存在著許多觀念，這些觀念並沒有外在的對應形式，而是以純粹主觀形式存在著，但它也有自己確定的質。例如，當我們想起一個三角形時，不管外部世界有沒有三角形，也不管能否看到具體的三角形，在他的心中，三角形由三條邊構成，內角和等於180度等，這些屬性都是始終與三角形這個觀念結合在一起。笛卡爾由此得出結論說：“凡是我清楚、分明地認識到是屬於這個東西的都實際屬於這個東西。”由此原理出發，笛卡爾對上帝作進一步的論證。
既然三角形的存在都不能和它的本質分開，那麼上帝的存在自然也不能和他的本質分開。如果我們說一個上帝有本質卻不存在，那他就不算完滿；如果我們說一個完滿的上帝隻存在於人的心裏，不存在人的心外，那他就受製於人，也不算很完滿。所以，如果我們承認上帝的本質是完滿的，那他就不僅存在於人的心裏，而且也存在於人的心外。在這裏，上帝是本質、存在和功能三位一體，因為上帝的本質就是完滿性，而存在性就是其完滿性之一。“每當我想到一個第一的、至上的存在體，並且從我心的深處提出（姑且這樣說）他的觀念時，我必然要加給他各種各樣的完滿性，雖然我不能把這些完滿性都一一列舉出來，而且也不能把我的注意力特別放在這些完滿性之中的每一個上麵。這種必然性足以使我（在我認識了存在性是一種完滿性之後）得出結論說，這個第一的、至上的存在體是真正的存在。”笛卡爾的這一番證明使我們想起了安瑟倫關於上帝的本體論證明。所不同的隻是安瑟倫的上帝最初就是個絕對的實體，而笛卡爾的上帝是以觀念的形式出現的。經過一番概念置換和邏輯推演，笛卡爾的上帝就與安瑟倫最初的上帝實現了統一。應該承認笛卡爾對上帝的論證與他的前人相比實在也高明不到哪裏去。
笛卡爾在論證了上帝的本質和存在的統一後，就進一步分析內心的真觀念和假觀念。他說：“我不能捏造事實，因為我不能想，除了我能夠領會得清楚、明白的東西外，把別的東西接受到我的思維中來。”他認為帶翅膀飛的馬就是一種假的假定，而上帝卻是與我俱生的真觀念，“是真實、不變的本性的形象”。
上帝不僅以真觀念的形式存在於人的心裏，而且還具有客觀性，不管人們認識與否，他都存在著。笛卡爾通過上帝和人們的認識表現了思維與存在的關係問題，他試圖說明的是，上帝是客觀存在的，當我對他的存在有分明清楚的認識的時候，我就能確認他存在；那麼當人一時認識不到，上帝依然存在著。當然，從認識的角度看，人還是能夠“更早、更容易”地認識上帝的存在的，因為在我們的心裏沒有一個觀念比上帝的觀念“更清晰、更分明”。
確立了上帝存在後，笛卡爾就要利用上帝的無限完滿的存在體，為外在物質體的存在作保證，也通過上帝的“信譽擔保”來確認“我”與外在物體之間的認知關係。“我非常清楚地認識到，一切知識的可靠性和真實性都取決於對真實的上帝這個惟一的認識，因為在我認識上帝以前，我是不能完滿知道其他任何事物的。”他在這裏運用了“因果原則”和“上帝不是騙子”來解釋。
從理性主義觀點看，感覺經驗的東西總是靠不住的，真正的知識來自於理性。然而，如果沒有上帝的支持，僅靠人自身的判斷，那會很容易被另一個人所駁倒，“假如我不知道有一個上帝，就有可能出現別的理由使我很容易改變看法”。有了上帝，他就可以在理性的推演中求得上帝的支持。上帝創造了一切也決定了一切，而且上帝也決然不會欺騙人。憑著上帝的能力和至善的德行，“凡是我領會得清楚、分明的事物”，上帝都有能力使它成為真的，這一點笛卡爾深信不疑。我頭腦中分明有關於物質的觀念，這個觀念是如此明確，可我又知道我是不可能創造這樣的觀念的；如果我不能創造，那就一定是上帝創造出來先天地放置在我的心中，上帝是不會欺騙人的，所以我心中的物質觀念一定是真的。
既然我認識了上帝，我就可以從上帝那獲得無窮無盡的完滿知識，因為這個世界是他創造出來的，我不僅可以從他那裏獲得關於上帝的知識，而且還可以獲得上帝以外的其他的知識，比如關於物體性質的那些知識。幾何學關注的是物體的廣延性的形式，物體的狀況、運動、結構等屬性也是其他自然科學關注的內容。他用上帝支持了外在物體的存在，同時也為其他自然科學的存在和發展提供了合理的保障。