值得注意的是，在論證上帝和清楚明白的關係上笛卡爾似乎陷入了一種循環論證。我們還記得，他在論證上帝存在時，是以清楚明白為根據的。基本的步驟是這樣的：我心裏上帝的觀念是如此的清楚明白，所以上帝的觀念就是真觀念；而無限完滿的上帝觀念不可能是我有限的理智所能創造的，他一定是由某種原因刻印到我的心裏，根據原因一定包含著結果的原則，那就一定有一個外在於我的上帝存在。可是當笛卡爾再轉回頭論證內心裏的“清楚明白”時，他在第五個沉思裏卻說：“當我認識到有一個上帝之後，同時我也認識到一切事物都取決於他，而他並不是騙子，從而我斷定凡是我領會得清楚、分明的事物都是真的”，“一切知識的可靠性和真實性都取決於對於真實的上帝這個惟一的認識，因而在我認識上帝以前，我是不能完滿知道其他任何事物的”。由此我們看出，當笛卡爾論證上帝時，是以“清楚明白”為根據的，而當他論證“清楚明白”時又是以上帝的存在和被認識為根據的，這就是一種循環論證，這個論證被阿爾諾稱為“笛卡爾圓圈”，即：如果笛卡爾的綱領的確是一種激進的“摧毀一切，完全從基礎重新開始，那麼，假定他完全拋棄了先前的信念，他在重建的第一步就不用必須去預先假設他並沒有賴以建立的結果了嗎？1648年，笛卡爾會見德國年輕的學者博曼時，兩人曾就此問題交換了意見。笛卡爾回答道：“當我實際上正在關注一個完全清楚明顯的命題時，並不需要神的保佑；一個清楚明顯的命題並不具有超出我當下感知的額外意義，因而並不存在可能對其真實性產生懷疑的懷疑論綱領，無論是激進的還是極端的。”
第五，針對信仰、理智和真理問題，反駁者指出：笛卡爾認為意誌隻有在正確理智的指導下才能達到目的，反之則失敗。那麼你把信仰又放在什麼位置呢？如果按照笛卡爾的推論，對一個不信基督的野蠻人，當他不信基督的時候不能成功，即便他信仰了基督，如果沒有正確的理智指導仍然不能成功。這個問題的本意就是要問笛卡爾，在追求真理的問題上，信仰和理智哪個更根本。這其實也是17世紀一個很敏感的話題。
笛卡爾對這個問題有些吃驚，他本以為這幾乎應該是個自明的問題，可竟被這些有學問的人們提了出來，“我奇怪你們會懷疑當意誌按照理智的模糊不清的認識行事，就有達不到目的的危險；因為，假如它所按照其行事的東西不是被清楚認識的，誰能使它靠得住呢？有誰（不管是哲學家也好，神學家也好，或者僅僅是運用理性的人也好）不承認，在給予同意之前領會的越清楚的東西上，我們所麵臨的達不到目的的危險就越小，而那些對於原因還不認識就貿然下什麼判斷的人就會失敗？”
關於信仰問題，笛卡爾在此做了一個調和，他說，有人認為“信仰是對付模糊不清的東西，可是我們之所以信仰那些東西的理由卻不是模糊不清的，而是比自然的光明更清楚、分明的”。
笛卡爾在這裏很巧妙地把信仰分為形式和材料兩方麵，笛卡爾認為，我們之所以要信仰，是因為我們相信那種東西是真的，這正是推動我們去信仰的動力，不斷地追求這種真正的東西就是推動我們信仰的動力。“我們的意誌由之而能夠激發起來去相信的那種清楚性、分明性有兩種：一種來自自然的光明，另一種來自上帝的恩寵。”至於說我們所信仰的材料，“從來沒有人否認它可以是模糊不清的，甚至它就是模糊不清本身”。
從笛卡爾的上述言語中不難看出，他所謂的信仰，早已不是中世紀的信仰，在他的信仰中孕育著新時代的種子。笛卡爾明確指出，信仰追求的目的和動力都是為了“更清晰分明的東西”，來自信仰的動力不僅僅隻是“上帝的恩寵”，還有“來自自然的光明”，在這裏，他無形中就用理性的力量和自然的力量削弱了上帝的力量，也許笛卡爾並沒有意識到這個作用，他的本意隻是為了協調信仰、理性和真理三者的關係，可他的這個協調作用本身就是對上帝的地位和作用的動搖和削弱。難怪宗教界人士對他提出這樣和那樣的非難，他們所維護的是宗教原來的勢力，他們似乎已感覺到笛卡爾柔弱、中允的背後所蘊含的革命和叛逆。
至於反駁所謂異教徒的事，笛卡爾是這樣回答他們的：“我敢說，一個不信基督教的人，他被排除於任何超自然的聖寵之外”，但是這些異教徒們“由於受到某些錯誤推論的引導，他也會信仰和我們所信仰的同樣的那些東西”，盡管這種信仰是自發的，他們也有可能獲得某些成功。，他們的失敗並不是來自於上帝的懲罰，“他之所以犯罪是由於他沒有很好地使用理性”。在笛卡爾的宗教觀裏，包含著宗教的寬容和自由，人與理性在人的活動中占有很重要的地位，人的錯誤和罪過是由於沒有很好地使用自己的理性，人為自己承擔了失敗的責任。