在認識的起點上，兩人的分歧是：笛卡爾尋找的是一個剝去了物質的純粹精神的點——“我”，而伽森狄則確立的是一個現實的、活生生的人。一個把“思想的我”當作認識的邏輯起點，一個則把活生生的人當做認識的現實起點。一個通過理性的推演來完成，一個通過感性經驗來實現。一個說：我思維我存在；一個說：誰在思維誰就存在。伽森狄繼續追問，那個思維著的我是什麼呢？是不是一個完整的人呢？顯然並不是，按笛卡爾的理解僅僅是一個靈魂。伽森狄反問到：“你開始不再把你視為一個完整的人，而把你視為你自己最密切、最隱秘的那一部分，也就是你在前麵所認為的靈魂。”‘‘為什麼你不可以仍然是一陣風，或者是被心髒的熱或不拘什麼別的原因所刺激起來的、有你最純的血所形成的一種非常精細、非常稀疏的、散布到所有的肢體裏的精氣，它，就是你，給你的肢體以生命，並能用眼睛看，用耳朵聽，用大腦想，就是這樣執行著通常歸之於你的一切功能？”伽森狄這裏所理解的靈魂其實就是動物靈魂，他認為靈魂和肉體一同生長、發育、吸收營養。而笛卡爾則認為，攝取營養和行走不是靈魂的屬性，靈魂在笛卡爾看來，指的是人的精神。所以，當笛卡爾認為我是一個思想的東西時，就把人的靈魂和肉體分開了。伽森狄並不理解笛卡爾此舉的意義和目的，站在現實認識的角度，他要捍衛人的完整性，他責怪笛卡爾：“在你裏邊除了精神以外你什麼都不承認，為了這一點，你甚至不願意同意你有眼睛、手以及身體的任何別的器官……假如沒有眼睛，沒有手，你就不能看見，不能摸到，或者按照你的說法，也不能想看見，想摸到。”
看來，無論笛卡爾怎麼解釋，伽森狄總是不理解他的思路和意圖；無論伽森狄怎麼爭論的激烈，我們總覺得他所說都是題外話，根本不能觸及笛卡爾問題的實質。這樣不相交的爭論，其實是沒有意義的。
兩人爭論的問題表麵上看是人的問題，實質上是對思維這一現象的理解。由於當時曆史條件的限製，他們都沒有正確地理解人的認識。笛卡爾認為：物質有廣延但不會思維，精神無廣延卻會思維，二者相互對立、平行發展。他沒有看到思維對物質的依賴性，更不可能發現思維是人腦特有的一種機製。相反，伽森狄卻看不到人的理性思維的特殊性，把它簡單地歸為物質的運動形式。兩人的爭論自然是難分勝負，伽森狄嘲笑笛卡爾“在娘肚子裏思維”，笛卡爾嘲笑伽森狄是塊“沒有精神的極好的肉”。
對第三個沉思的反駁
雙方主要圍繞上帝及上帝的存在這個敏感問題而展開。
伽森狄對笛卡爾推導上帝存在的每一步都進行了反駁。笛卡爾說，我心理分明有個上帝的觀念；伽森狄則問：可是並不是所有人的心裏都有上帝的觀念。你笛卡爾可以說上帝觀念在你心中存在著，而且很明確，屬於真觀念。可你笛卡爾又是如何保證上帝在別人心中也是真觀念呢？如果再追究一步，“非常清楚、非常分明的東西”難道就一定是真實的嗎？“為什麼在人們之間有那麼多不同的見解？每個人都認為他非常清楚、非常明確地認識了他所辯護的見解。”看來，這個衡量真理的標準首先就值得懷疑。因為，“認為真理是隱藏在上帝本身的心裏或者高深莫測的，那麼難道不能懷疑這個準則可能是錯誤的嗎？”伽森狄告訴笛卡爾，“你不要再費心證明你那個所謂的準則，而最必要的是你應該告訴我們一種好的辦法，使我們學會指導我們的思想，使我們知道：每次當以為清楚、明白地領會了什麼事物時，我們到底是弄錯了，還是沒有弄錯”。
既然總的原則不正確，那麼以此推出的上帝的觀念也就不正確了。伽森狄認為，所謂觀念，其實都是感官從外部世界接受來的，不可能有什麼天賦的觀念，他追問笛卡爾：“至於你所稱之為天然的，或者你所說的與我俱生的那一類觀念，我不相信有任何一種觀念是屬於這一類的，我甚至認為人們用這個名稱稱謂的一切觀念似乎都是外來的。”我們頭腦中的類概念或一般概：念，都是從許多個別觀念中抽象出來的共同的東西。“我們習慣於加到上帝身上的所有這些高尚的完滿性似乎都是從我們平常用來稱讚我們自己的一些東西裏抽出來的，比如時間的延續、能力、知識、善、幸福等等，我們把這些都盡可能地加以擴大之後，說上帝是永恒的、全能的、全知的、至善的、全福的等等。”如果說上帝是無限的，而我們人類的精神卻是有限的，伽森狄指出：“既然人類精神領會不了無限，那麼它就既不能具有、也不能想得出一個表象著無限的東西。從而，誰要說一個無限的東西，誰就是給一個他所不懂的東西加上一個連他自己也不能理解的名稱。”笛卡爾反駁說：“一個有限的精神不能懂得無限的上帝。不過這並不妨礙精神知覺他，就像人不能擁抱一座山，可是很可以摸著它一樣。”