會試的事情完了，唐伯虎的案子卻陷入了兩難境地。該如何辦？
徐經是有錢人，唐伯虎與主考官特別是程敏政、吳寬、王鏊等人關係很好，特別是後兩個人還是他的同鄉前輩，既有錢又有人。難怪令人懷疑他們徇私舞弊。
其後，工科給事中林廷玉上奏，提出了解決辦法。這在《明孝宗實錄》卷一四八中有所記錄。
工科都給事中林廷玉，以嚐為同考試官與知內簾事，曆陳敏政出題閱卷取人有可疑者六，且曰：“臣於敏政非無一日之雅，但朝廷公道所在，既知之不敢不言，且諫官得風聞言事。”曰，“昶言雖不當，不為身家計也。”今所劾之官晏然如故而身先就獄，後若有事誰複肯言之者。但茲事體大勢難兩全，就使究竟得實，於風化何補。莫若將言官、舉人釋而不問，敏政罷歸田裏。如此處之，似為包荒，但業已舉行又難中止。若曰朋比回護顛倒是非，則聖明之世理所必無也。
簡單地說，林廷玉開的方子就是：言官“風聞言事”是法律賦予的權力，不能因此治罪。如果治罪了，以後再有貪贓枉法的事情，誰還會舉報？要知道官員的壞事往往是從民間先傳來，其後官員才會重視。然而，既然是“風聞言事”就會有搞不清楚的地方。科場舞弊這件事情全天下的士子都知道了，而且都擔心官官相護把這件事情大事化小小事化了，所以，為了維護皇帝您的尊嚴，為了維護考試的尊嚴，隻能犧牲程敏政和兩位舉人了。
林廷玉說完之後，給事中尚衡、監察禦史王綬等人，紛紛上書要求釋放華昶，逮捕程敏政。其後，徐經開始抗辯，說華昶“挾私誣指”。程敏政也上奏要求和所謂的證人對質。就在雙方爭辯的關口，風向立轉。徐經承認送了程敏政金幣，於是左都禦史閔圭等眾人，再次要求逮捕程敏政。弘治皇帝這時候，將奏折扣了十多天沒準奏。這一下，幾乎所有言官都齊刷刷地要求皇帝逮捕程敏政。
最終皇帝沒有辦法，拖了足足兩個月終下令將程敏政緝拿歸案。
到了六月份，華昶帶著他的證人與程敏政在午門對質。對質雙方為：程敏政、唐伯虎、徐經等人和華昶、無錫舉人方學等人。
最終經過多部門會審，由閔珪牽頭查證，徐經供認：
來京之時，慕敏政學問，以幣求從學。間講及三場題可出者，經因與唐寅擬作文字，致揚於外。會敏政主試，所出題有嚐言及者，故人疑其買題，而昶遂指其實。未嚐賄敏政，前懼拷治，故自誣服。
用現代文來說就是：徐經和唐伯虎來到京城後，二人敬慕程敏政的才學，向他求學並談及可能的考題會是什麼（那時，程敏政還不是考官，考官名錄未發）。因為明朝官員工資低，許多人都幹兼職，程敏政看中徐經的錢便教二人學問，做起了“猜題老師”。這個其實很常見，上過學的人都知道，每到中考、高考、自考，老師們總是根據曆屆考題猜題，程敏政也是如此。隻不過猜題太多，等後來真的成了考官之後，他也忘了自己猜過什麼題。
因為後來徐經與唐伯虎根據可能的考題進行了試卷模擬。而這些他們都沒有避諱，都對外進行過宣講，與好朋友談及過。前者之所以供認敏政賣考題，乃是受了拷打所致。
唐伯虎供認：自己確實給程敏政送過禮，但卻是為了請程敏政給自己的伯樂梁儲寫踐行文章，因為梁儲要“外放”做地方官。對於這個禮物是什麼，曆來說法不一，《二科誌》和《堯山堂外紀》都說是“持帛一端”；而王世貞卻說送了“一金幣”。
如此，案情大白，華昶“言事不察實”有過；“（徐）經（唐）寅等夤緣求進（溜須拍馬以求得官）之罪”。弘治皇帝命“輕罪重罰”，具體如何判處由閔珪等人擬定。最終結果出爐：程敏政退休；華昶調南京太仆寺任主簿；徐經、唐寅皆廢功名，交了罰款後去當吏役。皇帝準奏。如此，徐經、唐寅就將永世不得為官。
程敏政出獄後，憤懣不平發癰而卒。也有人說他被一些人羞辱，吐血而亡。
唐伯虎出獄後，被謫往浙江為小吏。正如他在《與文徵明書》中所說“士也可殺，不能再辱”。唐伯虎知道了這個任命後便掛冠而去。
徐經自此走上了8年上訪路，他屢次說“我是屈打成招的”，最終被平反，其後亡故，享年35歲。
程敏政和徐經冤不冤
對於這個案件，曆來就有爭論。有的人說唐伯虎很冤，徐經雖然可氣但也冤，乃是政治紛爭讓他們受了苦。當然，也有人認為他們不冤，原因很簡單，程敏政的名聲不好、徐經的才學一般，富人買題很正常，唐伯虎的才學嘛仁者見仁智者見智。