征的解釋既有對前賢往哲們觀點的繼承，又有自己獨到的創新和發揮。他理想中的君臣關係應該是“君禮而臣忠”，“上下同心，君臣交泰”，君是明君，臣為賢臣，皆能避惡而向善，止惡而興善，同心同德，仁、義、禮、智、信五常兼備，朝中盡君子，舉國無小人，君比跡於堯舜，臣追蹤於稷、契，則國家可達到君臣歡洽，天下無事的喜人局麵。
魏征的君臣關係理論是對君臣這一對矛盾體中的君強調得多一些，認為君臣對國家之治亂，社會之興衰，盡管都有關係，但君的責任無疑要大些，君的作用相應也大些，因此對君的行為規範之要求也就應嚴一些。並且認為，臣對君盡忠，天下之臣民對君主的敬畏是很自然的事，故而臣事君以忠就比較容易做到。而君王一旦坐上寶座，擁有君臨天下、口銜天憲、手操生殺予奪的大權之後，就很容易因貴生驕，因威生惡，因富生欲，自然難以較好地待臣下以禮，如驕傲自滿，拒諫塞聽，文過飾非；錯喜而濫賞，過怒而謬罰；輕信讒邪，重用小人；懷猜忌之心，不信任大臣，抱刻薄之態，嚴防將相；更有甚者，以天下為私物，視臣民為牛馬，任意驅使，隨便折磨，偶有不快便喊打，稍不高興就曰殺，把臣下的起碼人性和生存保障都抹殺了，結果臣子“伴君如伴虎”，隨時有被吞噬之虞，怎麼可能使君臣關係達到形同一體的境界呢？可見，君與臣的關係處理得好壞與否，主要取決於君主這一方，而且在封建君主專製製度裏，君的權威大得無以複加，如果在他這一方不加以約束，則臣這一方就難以正常發揮作用，君臣關係也就勢必難以保持正常。魏征在許多表疏中都強調君王應自加約束，千萬不能濫用權威，並與此相應地一再呼籲大臣的基本權利應得到保障，他們的地位也應改善和加強。“貞觀十六年，太宗謂侍臣曰：‘或君亂於上，臣治於下；或臣亂於下，君治於上。二者苟逢，何者為甚？’魏征對曰：‘君心治，則照見下非，誅一勸百，誰敢不畏威盡力？若昏暴於上，忠諫不從，雖百裏奚、伍子胥之在虞、吳，不救其禍，敗亡亦繼。’太宗曰：‘必如此，齊文宣昏暴，楊遵彥以正道扶之得治，何也？’征曰：‘遵彥彌縫暴主，救治蒼生，才得免亂，亦甚危苦。與人主嚴明，臣下畏法，直言正諫，皆見信用，不可同年而語也。”這則君臣問答的文獻記載是體現魏征的關於對國家冶亂與否的影響和作用上，“君重臣輕論”的典型史實證據。唐太宗提出了一個帶假設性的問題：有的是國君在上昏亂，臣下在下治理；有的是臣下在下作亂，國君在上治理，兩種情況假如都出現了，那麼哪種嚴重？魏征用古代史實為例回答是君王昏亂、臣下治理的這種“君惡臣善”情況要可怕些。唐太宗不服氣，也舉齊文宣帝之史實來辯駁。魏征又糾正了唐太宗的以偏概全的認識錯誤，進一步申明了臣下對國家的冶與亂的作用遠遠不能與君王的作用相比，二者“不可同年而語也”。正因如此，魏征一生都把注意力放在帝王身上，深知帝王的一言一行，一舉一動都與國家的盛衰成敗幹係重大，不可不謹慎小心。帝王容易犯種種錯誤，根本原因就在於他是最高統治者，擁有至高無上的權力，這種過於廣大而集中的權威稍一疏忽，就會使封建政權的運行機製因失衡而出現故障，甚至會停止運轉。如何適度地控製和調節帝王的權力機製，使君權過重而臣位太輕的狀況得到改善，君與臣的位置恰如其分地安排，適得其所地發揮效能，使之各自如頭腦與四肢一樣健康地、正常地、按比例地、協調地生長活動，來組成一個完整無疾的人體，而不是讓人體的哪一部位無限製地太過於發達和碩大，而另一些部位則過於瘦弱、短小，甚至萎縮、壞死，那麼這個人體勢必是病態的、畸形的、失比例的、失調的，因而絕無力量可言，更談不上會健康長壽。魏征經常看到的是一種頭部碩大而四肢短小瘦弱的封建社會特有的畸形兒，因而診治這一畸形病的最直接做法就是要使其頭部不再瘋長，而讓其四肢健壯發達一些，這樣才使之逐漸接近協調正常。於是，他在各種場合都在為尊重臣下、重視臣下、善用臣下而不懈地大聲疾呼，有時甚至是抗辯力爭。
不僅如此，魏征還在此基礎上進一步要求君王在處理君臣關係上應負主要責任，包括君王應明辨臣下的忠與奸、賢與愚、良與劣、長與短等人品才智，應首先向臣下表明公正和誠信，慈惠和禮敬，才能換取臣下的忠心和擁戴，勤勞和智慧。反之，則臣下就不會也不應去忠君、擁君，不必去付出辛勞和智慧替君王服務。
魏征對唐太宗的諸多進諫和奏對中，識別人、判斷人，亦是一重要內容，並提出了一整套理論和主張，乃至判斷官員的標準原則，其中許多亦被唐太宗當作至寶而欣然采納，於是使之成為貞觀年間乃至整個唐代和封建社會中後期帝王擇官用人的標準，他的這套主張集中在貞觀十四年（640年）的一篇上疏文章中：
臣聞知臣莫若君，知子莫若父。父不能知其子，則無以睦一家；君不能知其臣，則無以齊萬國。萬國鹹寧，一人有慶，必藉忠良作弼，俊義在官，則庶績其凝，無為而化矣。故堯、舜、文、武見稱前載，鹹以知人則哲，多士盈朝、元、凱翼巍巍之功，周、召光煥乎之美。然則四嶽、九官、五臣、十亂，豈惟生之於曩代，而獨無於當今者哉？在乎求與不求、好與不好耳。何以言之？夫美玉明珠，孔翠犀象，大宛之馬，西旅之獒，或無足也，或無情也，生於八荒之表，塗遙萬裏之外，重譯入貢，道路不絕者，何哉？蓋由乎中國之所好也。況從仕者懷君之榮，食君之祿，率之以義，將何往而不至哉？臣以為與之為孝，則可使同乎曾參、子騫矣。與之為忠，則可使同乎龍逄、比幹矣。與之為信，則可使同乎尾生、展禽矣。與之為廉，則可使同乎伯夷、叔齊矣。