敵機在滬、寧一帶狂轟濫炸，她不得不陪著她的老母和侄女開始流亡，飽受戰亂之苦，輾轉顛沛於後方西南城鄉。當李漪從昆明折往重慶之時，適逢顏福慶教授由上海到達重慶。李漪與顏先生交情介於師友之間，顏先生曾任過協和醫學院的副院長，又是上海醫學院的創辦人，是一位著名醫學家和教育家，且是一位正直、愛國的知識分子。為奔赴國難，從海外歸來。1939 年他自香港抵達上海，汪偽政府企圖誘迫他出任醫務衛生方麵的要職， 日本侵略者也誘迫他為所謂“東亞共榮”充當吹鼓手，出席“東亞醫務衛生會議”。顏先生不懼敵偽脅迫，擺脫糾纏逃離上海。李漪與顏先生既有舊交，又有新知，因此更加敬佩。顏先生建議李漪到貴陽醫學院，因貴陽醫學院辦得很不錯，就是缺乏教學臨床人才，尤其病理學方麵人才難得。李漪很尊敬顏先生，同時在川滇境內流亡，深深感到處於西南大後方的川滇貴等省應辦好幾所大醫院，救死扶傷，培養醫學人才，亦屬救國救民之舉。於是接受顏先生舉薦，不顧西南公路曉行夜宿，顛簸行旅之苦，又登程赴貴。一到貴陽醫學院，就挑重擔，一身擔任病理、細菌、寄生蟲三科主任。每天從早到晚工作事務多、學生多，病人還包圍著她， 能夠安安靜靜吃上一頓飯，睡上六七小時覺都很不容易。戰爭失利，敵軍迫近西南，貴陽遭到敵機轟炸。轟炸機隆隆地低空盤旋，機槍叭叭地掃射，作為醫生，她不能扔下病人、放下手術刀去躲警報 她說：“我才不怕炸彈在我身邊開花，我擔心的是手術中停電 。”轟隆的敵機聲、炸彈爆炸聲，嚇壞了手術台上的病人。有一次敵機來了，炸彈響了，病人都轉移了，醫護人員也進了防空洞， 李漪最後撤離病室。平日缺乏這種“跑警報”鍛煉，她下樓梯時摔傷，造成左腿骨折。大家為她擔心，而她僅僅請同事為她在辦公桌底下鋪設了一個床位，每天就龜縮在桌子底下，還說：“蠻好，蠻好！”又養傷，又躲警報，就近過問科裏、病房裏之事。不誤工作。不久，貴陽醫學院與上海醫學院奉令合並，建院重慶。李漪因腿腳仍不便於行，隻接受教授聘書，暫時擺脫其他行政和醫務工作。專心致力於病理學。
1941年。侵華日軍已成強弩之末，四川醫學院在擬挑選一名醫生去美國進修。這是很多人向往之機，尤其經過了漫長的戰時艱苦歲月，而李漪卻似乎天生與眾不同，對於出國升遷一類名利攸關之事從不關心，更不追逐。可是這個機會卻落到了她身上。由於眾多醫學界前輩名家推薦，特別是原協和美籍教授、著名醫學家威斯？霍普的推薦，美方也希望李漪前往。於是，國民政府教育部做出派遣李漪赴美的決定，於1945年夏初發出了正式通知。李漪把她母親和侄女托付給親友後，便整裝隻身前往美國。
三、身居異國心懷故土
李漪啟程赴美時，戰爭還沒有正式結束，隻能乘飛機到印度，而後改乘海船。這是當時由大西南去美國唯一途徑，也是極艱苦的旅程 她經過一個多月的海上生活，才到達大洋彼岸。20年“遊方郎中”的艱苦生活，特別是戰爭年代，艱苦倍增，她又很少注意自身健康，常常廢寢忘食地工作，加之這一趟漂洋過海， 飽經風波之苦，抵達加拿大，她就病倒了。嚴重的維生素缺乏症， 使她渾身無力，不要說行走，就是站立都很困難，不得不住院治療了幾個月，才得以康複。
李漪這次出國，雖係國民政府派遣，但也是美國邀請的訪問學者，一切費用都由美方擔負，提供的條件也是比較優越的。機不可失，時不可待，盡管她身體還有些虛弱，卻以堅韌的毅力堅持著，從加拿大開始參觀、訪問。在蒙特利爾市大學醫學院，內分泌研究室主任親自陪她參觀。詳細地向她介紹學院實驗醫學研究所的情況，這對於她後來回國創辦動物實驗研究室有一定的影響和啟發。到了多倫多，她又會見了原來在北京協和醫學院擔任客座教授的醫學家焦森？尼登，這真是“他鄉遇故知”，倆人都高興極了。經焦森 ？尼登教授的介紹和推薦，李漪到了揚特大學板亭物質代謝研究所。這裏的生物研究所正在著手細胞體外培養的科學研究。當時這還是一個新的科學研究領域。李漪參加了這方麵的科研活動，親手做了小鼠乳腺細胞培養，並且取得成功。外方很器重這位來自東方的醫學界女學者，研究所擁有各種各類腫瘤的實物標本，都提供給李漪使用。她得以觀察了各種各類的腫瘤實物，也促使她對研究腫瘤、癌症病理學專業的興趣更加濃厚。