朱憲彝永遠不滿足已有的成就。20世紀80年代初，他借鑒甲狀腺腫和克汀病防治的經驗，基礎與臨床結合，現場與實驗室結合，理論研究與實踐結合，研究機構與衛生防疫部門結合，又開始對另一嚴重危害人類健康的地方病一一中毒進行攻關。中毒是我國六大地方病之一，這種病是由於外環境含氟量高而引起的，症狀是腰酸腿疼和氟斑牙，嚴重時，肢體變形，行動不便甚至癱瘓，受害人數約達5000萬。1980年中央地方病領導小組提出：“進一步加強科研，迅速解決中毒的防治問題。”朱憲彝起而響應。他充滿信心地說：“我要在有生之年，把病因找出來，打個殲滅戰。我活著就是為了解除別人的痛苦，使人們生活得更美好。”他結合早年鈣磷代謝的研究，從氟的代謝及人體組織和、氟與脫氟入手，通過實驗找出人體脫氟的方法。他還悉心指導自己 的博士和碩士生從事氟骨症的研究。1981年他組織調查小組到保定地區的淶源縣、天津薊縣禮明莊和東郊（現東麗區）的赤土鄉進行現場調查。通過對3000多人的臨床檢查，3200多份的化驗分析，為早期診斷和鑒別氟骨症提供了一些資料和論據。在動物實驗方麵，成功地培育了雞和大鼠模型，為深入研究氟骨症的發病機理創造了條件。經過幾年的努力，朱憲彝不僅弄明白了氟骨症的發病機理，而且，還研製出了治療預防氟骨症的藥品，在一定範圍內給病人服用，取得較好的療效。非常遺憾的是，還沒等到在這一領域有更成功的突破，朱憲彝教授就突然逝世了。可以告慰朱先生英靈的是，他指導的這一研究項目已經按照他的設計思想，取得了明顯的進展，他創建的這些實驗室已成為國內活躍的實驗室之一，一批在國際學術舞台上嶄露頭角的年輕一代也迅速成長起來了。
創建天津醫科大學
天津曆史上曾兩度辦過醫學院校，首先是著名的北洋醫學堂，它是中國曆史上第一所培養西醫的高等教育機構。後來河北醫學院曾一度遷來天津，但解放後又遷保定。天津市中央醫院於1946 年底正式開診後，曾經建議與南開大學合辦醫學院，終因時局動蕩，未付實施。天津擁有大批中西醫專家，其中不乏全國知名人士。能否在天津創辦一所醫學院校，一直是有識之士所關注的問題。
天津解放前夕，朱憲彝的朋友曾勸他盡早南下或出國，憑他的資曆和才能，定能闖出一片新天地。但朱憲彝眷戀著生養自己的這塊熱土，決計留在天津，再圖發展。他把兩個兒子送到解放區參觀考察，了解共產黨的政策和政績。天津解放後，市政府領導到家中看望朱憲彝，開始他很拘謹，但經一番交談，感覺這些共產黨的幹部很平易，且頗具才華。他對共產黨的知識分子政策很是欣賞。朱憲彝的淵博學識、精湛的醫術和剛正的作風也頗受推崇。朱憲彝在抗美援朝運動中的模範行動更贏得市領導的信任。
朱憲彝代表範權、方先之等專家向黃敬市長提出創建天津醫學院的建議，井坦率誠懇地表示：我們這些人本來都是協和醫學院搞教學的，如果天津能建一個醫學院，我們願意放棄自己開業，為天津培養醫學人才 。1951年3月天津市政府采納了他的建議，批準成立了由黃鬆齡、楊石先、朱憲彝等各界權威人士組成的天津醫學院籌備委員會。同年6月，朱憲彝被正式任命為天津醫學院院長。
對此任命，朱憲彝是喜憂參半。喜的是自己的倡議這麼快就可以實施了；憂的是個人能力有限，恐有負重托。他曾積極向市領導推薦楊濟時教授擔當此任。楊濟時教授 1926 年畢業於北京協和醫學院，兩次留美，出任過湘雅醫學院代理院長、武漢醫學院院長等職，資深閱廣，是知名的內科學家、醫學教育家。但現在領導既已決定，自己隻有殫思竭力，迎難而上了。
朱憲彝是一位精於籌謀的實幹家，任命三個月後，他就完成了籌建醫學院的大部分工作；與南開大學議妥醫預班教學事宜；洽購南開大學東院房舍，確定原總醫院為天津醫學院臨床教學基地；選派臨床教師赴北京等地高等醫學院進修基礎醫學；籌建基礎教研室；與一些正在國外工作的醫學家聯絡，爭取其回國執教；選聘有才學的教師來院任教；設計基礎教研室，著手訂購儀器設備；物色精幹的秘書、行政及工勤人員，建立起行政機構。到9月份，第一批50名本科生就正式進入南開大學生物係醫預科學習了。經過一年的緊張的準備，新校舍基本安排停當，進修教師陸續返校工作。