施錫恩一直本著認真負責、精益求精的醫德來治病救人。在任泌尿科代理主任時，有一位患者因尿閉一星期十分痛苦，到醫院由施錫恩應診。當時這位患者因七天七夜無尿己幾陷昏迷，並得知該患者曾在別的醫院，經日本醫生診斷為尿毒症，曾兩次采用放血療法均無效果。麵對這樣的病人，施錫恩決定把病人收下住院進行全麵認真的檢查。結果發現患者血液中非蛋白氮為127毫克，證實為尿中毒。他又用膀胱鏡仔細觀察，發現患者膀胱內無尿液，又在 X光照片上發現其右輸尿管有一陰影，可進 一步診斷為結石梗阻，而奇怪的是患者左側輸尿管口不能看到，於是懷疑其左腎已失去功能，考慮是結石所致。他將診斷結果向科主任以及當時在協和醫院任客座教授的美國博士SMAP- PER 做了彙報，二人同意施的意見對患者手術，取出結石以利通尿，緩和病情。當時病人正昏迷，進行手術是要冒風險的，但施錫恩在手術中大膽心細，取出結石，術畢已是深夜。盡管取出結石的過程比較順利，但為了觀察是否能達到通尿目的，以及手術後病情變化，施錫恩一夜沒有休息，一直守候到第 二天下午4點多鍾。這時患者開始排尿，醒過來，情況立即好轉，施錫思才如釋重負。接著，他反複思考為什麼患者的左腎會失去功能，應該查出原因，以便從根本上為這位患者診治。施錫恩對患者認真詢問，才了解到原來患者在20年前曾患有腎結核長期住院，治愈後隻保存了右腎，左腎從此失去功能。這樣施錫恩才得知這一疑難病症的根源，找到了患者得病的症結所在，而進行手術取出結石使患者右輸尿管開始導尿，是治愈患者病症的唯一辦法。
為了更好地建立中國的泌尿外科，協和醫學院於1939年，再次派施錫恩到美國芝加哥大學醫學院深造，導師是曾獲諾貝爾獎的泌尿外科專家赫金斯（Charles Huggins）教授在幾年內能夠兩次得到公費出國深造，是很難得的。施錫恩非常珍惜這些學習的機會，在導師指導下，勤奮鑽研。1939 年施錫恩出席了檀香山泛太平洋外科學會會議，並且宣讀了關於中國泌尿科的論文。從1935年到1940年，施錦恩還先後出席了美國泌尿科和美國醫學科學聯合年會，而且在這些會議上宣讀了有關泌尿科學的學術論文，引起與會者的重視。1939 年施錫恩與另一位協和同學林巧稚一同被選為美國自然科學榮譽學會（Sigma Xi）會員，領得證書和金鑰匙。回國後仍任教於協和醫學院。
來到天津 ——創辦醫院
施錫恩很熱愛協和的學術空氣和工作環境，因此畢業後沒有考慮回南方的家鄉，當時無錫的普仁醫院高薪聘請他去，還給房子，而施錫恩決心留在協和繼續深造。20世紀30年代，協和正處在興旺發達時期，人才濟濟，競爭也很激烈。這時，年逾 30的施錫恩與馬月欄女士結了婚，馬月欄的賢能和美德，給予了施錫恩極大的鼓舞和幫助。結婚後，他們住進協和北極閣的教授宿舍。那時住房比較寬敞、舒適，環境也比較幽靜，施錫恩滿以為能在這個優越的條件下，全身心地投入到泌尿外科的研究。可是，1941 年冬太平洋戰爭爆發，侵華日軍侵占協和，醫學院被迫關閉，侵華日軍限定時日讓協和醫院的大夫們搬出北極閣。麵對失業，在思想上、經濟上都毫無準備，甚至棲身失所。當時，北平醫療衛生機構為數不多，協和突然停辦，醫務人員密集北平，“粥少僧多”，終非良策。有人勸施錫恩去美國。他回答說，若是去美國，我兩次去美國進修時早就留在那不回來啦！我是中國人，還有中國人的自尊心，不願意做一個“白華”。